Джо-Сан — суперагент из самурайского рода — проходит через удивительные приключения, выполняя многочисленные миссии по заданию мифического Тайного Ордена Магов (ТОМ) и его боевых структур, созданных в доисторическое время для вселенской борьбы со Злом. Джо-Сану помогают его друзья: ниндзя Рене, учитель Гэнкито Кондзё, старец Феодор Козьмич (Император Александр I), граф Алессандро Калиостро, кот Манул и другие. Действие происходит в разные отрезки времени (от юрского периода динозавров 150 миллионов лет назад до настоящего времени), во многих странах (США, Япония, Китай и т.п), и самых необычных местах (пирамида Хеопса, древнеегипетское царство мёртвых Осириса, московские подземные катакомбы и т.п.). По ходу борьбы с мифическими существами и более реальными врагами ненавязчиво описываются военные тактики, применяемые самураями и ниндзя в сражении и исчезновении с поля боя, вооружение, методы борьбы и психологической подготовки, а также японские эстетические и философские принципы.