В 1906 А.А. Миллер стал сотрудничать с Этнографическим Отделом (ЭО) Русского музея императора Александра III (PM). Таким образом, самостоятельную трудовую научную деятельность он начал в полных 30 лет.

В 1907 ЭО и ИАК командировали А.А. Миллера на Кавказ, где на Черноморском побережье он в течении лета изучал материальную культуру абхазов и черкесов, собирал коллекции, производил археологические разведки и раскопки.