Пейн начал писать «Права человека» спустя два дня после выхода в 1790 году книги Эдмунда Берка «Рассуждения о революции во Франции». Берк, едко критиковавший Французскую революцию, до сих пор восхищал Пейна. Однако после выхода «Рассуждений…» Пейн обратился к критике писаний Берка и пороков английского правительства. Многие идеи Пейна связаны с современными ему историческими событиями, но проблемы с цензурой у писателя возникли отнюдь не из-за исторических сведений.

Пейн начинает с опровержения утверждения Берка, что воцарение Вильяма и Мэри в 1689 году на веки ввергло английский народ в вассальную зависимость. Пейн считает абсурдным мнение, что нынешнее поколение как-то связано обещаниями, данными его пращурами. Живые должны иметь преимущество перед мертвыми, поэтому потомки не обязаны отвечать за поступки предыдущих поколений. Пейн также выступает против обычая наследования привилегий. «Человек» — вот самое высокое звание, которое можно получить. Так как титул не несет с собой особых качеств, он становится всего лишь бессмысленным прозвищем, тогда как истоки «человеческого сообщества» — в естественном праве всех людей. Раз уж все люди — дети Господа, то все они равны в правах. К естественным правам, которыми человек обладает с рождения, относятся права интеллектуальные, которые включают свободу читать и слушать, говорить и мыслить. Духовные права также относятся к интеллектуальным. Пейн заявляет, что свобода религии — это не просто терпимость. Люди не имеют ни права, ни власти просто «терпеть» другие религии; говорить о терпимости все равно что предоставить какому-нибудь органу установить закон, позволяющий или — наоборот — запрещающий Богу принимать поклонение от евреев. Понятно, что на земле не существует такой власти, которая могла бы принять подобный закон. Для Бога все верования едины и равны. Помимо интеллектуальных прав у людей есть право на стремление к счастью, если их действия при этом не нарушают права остальных.

На основе естественных прав формируются гражданские права. Существование в обществе требует поступиться частью естественных прав. Но эта жертва должна быть составляющей общественного договора, ни одно правительство не может сократить естественные права своего народа. Люди входят в общество, для того чтобы обеспечить себе гражданские права, которые отдельные индивидуумы им не могут гарантировать.

Основываясь на этих представлениях о праве, Пейн рассматривает возможные формы государственного управления. Власть со жрецами во главе может покоиться на суевериях; государство может управляться военной силой; но власть может основываться на законах разума, на правах и желаниях людей. Последний тип правления — единственный имеет право на существование. Аристократия, напротив, во многом схожа с тиранией: раз способности наследовать нельзя, несправедливо передавать власть внутри одной семьи от одного поколения к другому. Дворянство не ответственно перед народом — вот где корень несправедливости; аристократия покоится на власти, но не на правах; дворянство (отчасти благодаря правилу наследования по старшинству), обречено на постепенное вырождение.

Франция для Пейна — противоположность Англии. Большая часть первой части «Прав человека» посвящена конфликтующим деспотическим притязаниям и крайностям Французской революции. К несчастью для Пейна, всего через несколько лет тирания установится, и он сам станет одной из ее жертв — заключенным в тюрьму во Франции после революции. Но Франция, говорит Пейн, — пример для Англии, ибо у нее есть действующая конституция, а ее законодательство отвечает воле народа. Когда правительство пытается «само себя реформировать», подлинным реформам не бывать, ведь ответственность за них ни на ком не лежит. Пейн убежден, что существующее в Англии государственное управление полностью противоположно желаемому.

Вторая часть «Прав человека» была опубликована в 1792 году. Она снова была хорошо принята читающей публикой. Пейн объясняет, почему представительская форма правления — лучшая. На примере Америки, как модели и провозвестнике перемен, Пейн демонстрирует милитаристскую суть монархии. Кроме того, экспансивная политика монархического государства заставляет его повышать налоги и делать постоянные займы, истощая национальные ресурсы. Чтобы покончить с этим деспотизмом Пейн предлагает уничтожить монархию, деньги раздать бедным и использовать для создания новых рабочих мест.

Обнажив проблемы монархии, Пейн сравнивает возможные формы правления и решает, что «чем более совершенной является цивилизация, тем меньше нуждается она в управлении». Более того, правительство должно быть «не более чем национальной ассоциацией, действующей на общественных началах». Однако монархия правит в интересах монарха; аристократия правит в интересах дворянства. Только республика, подобная учрежденной в Америке, существует в интересах благоденствия людей.

Чтобы более детально развить этот аргумент, Пейн демонстрирует читателям процесс становления конституции Пенсильвании, через законы Конфедерации и конституцию США. Он заканчивает книгу с надеждой, что революция и стремление к свободе, которую принесет представительская демократия, могут распространиться по всей Европе, положив конец войне и тирании.

В то время как большинство «Прав человека» кажется современным американцам базовыми и общепринятыми, книга представляла собой недвусмысленный вызов Англии. При жизни Пейн подвергался судебным преследованиям; в сущности, книге прямая дорога в список «наиболее часто» запрещаемых книг Джонатана Грина.

В 1791 году Чарльз Джеймс Фокс представил на рассмотрение палаты общин законопроект, который позволил бы присяжным заседателям решать, что является и что не является клеветой. Хотя законопроект был отвергнут палатой лордов, в 1792 году «Закону Фокса о клевете» пришлось выстоять перед атаками лорда Кеньона и его дружков, чтобы войти в силу. Хотя судьям по-прежнему дозволялось высказываться перед присяжными, присяжные ныне запросто могли проигнорировать советы судей. В то же время, все больше и больше книг и газетных статей громили монархию; появилось предположение, что премьер-министр Уильям Питт использовал безумие короля, чтобы встать во главе правительства.

В этой атмосфере публикация Пейна была подобна поднесению спички к запалу. Первая публикация «Прав человека» была приостановлена в феврале 1791 года. Печатник, известный сегодня под именем то ли Джонсона, то ли Чепмена, решил, что книга представляет «опасное направление» и прекратил работу. В следующий месяц в Англии Иеремия Самюэл Джордан выпустил книгу гораздо большим тиражом. Первый тираж в 10 тысяч экземпляров был распродан в Лондоне за один день. Однако летом 1792 года Джордана арестовали и признали виновным по обвинению в бунтарстве и клевете за публикацию второй части «Прав человека». По некоторым оценкам, первая часть «Прав человека» была продана в количестве не менее чем двух миллионов экземпляров в течение первого года и продавалась по низкой цене.

Вильям Питт соглашался с тем, что Пейн был, вероятно, прав во многих аспектах своей критики, но утверждал, что его писания могли привести к «кровавой революции», если их не держать под контролем. Хотя он не пошел на радикальные меры и не сжег все копии «Прав человека», Питт, как говорят, заплатил участникам демонстрации по пять шиллингов каждому, для того чтобы они вышли на улицы и осудили Пейна. В течение одной ночи в феврале 1792 года изображения Пейна были сожжены в четырех разных местах в Лондоне. Его чучело было вздернуто в Лондоне, Вустере, Кентербери и в других местах. Когда англичане обнаружили, что в американской версии книги Пейна был восстановлен раздел, исключенный из английского (а именно раздел, в котором говорилось, что правительство Англии во всех аспектах является прямой противоположностью тому, каким оно должно быть), Питт предпринял еще более экстремальные действия.

Первая повестка в суд по обвинению в бунтарстве и клевете была вручена Пейну 21 мая 1792 года; 8 июня он предстал перед судом, но настоящее заседание было перенесено на декабрь. Пейн не ослабил свои нападки, но со временем друзья начинали бояться за его жизнь. По легенде, поэт Вильям Блейк настаивал на том, чтобы Пейн покинул страну. 18 сентября, накануне того дня, когда был выписан ордер на арест и заключение без возможности освобождения под залог, Пейн уехал во Францию. К несчастью, во Франции он все же попал в тюрьму — из-за враждебного отношения к якобинцам вкупе с попытками предотвратить казнь Людовика XVI.