Сен-Клер объясняет, почему его брат Альфред одобряет рабство (Альфред, «аристократ», выдвигает ряд аргументов в защиту рабства, сравнивая его с другими политическими системами):

«…американские плантаторы, правда в несколько иной форме, делают то же, что английская аристократия и английские капиталисты, которые полностью подчинили себе низшие классы. […] Рабовладелец может запороть своего непокорного раба насмерть, а капиталист заморит его голодом. Что же касается нерушимости семейных уз, то еще неизвестно, что хуже: когда детей твоих продают или когда они умирают у тебя на глазах голодной смертью. […] Я был в Англии, и мне легко судить, прав ли Альфред, когда он говорит, что его рабам живется лучше, чем большинству населения Англии». (Пер. цит. по изд. Бичер-Стоу Г. Хижина дяди Тома. Минск: Мастацкая лiтература, 1977.)

Ева — идеальная героиня. Стоу мечтает о том, чтобы все были такими же — чистыми христианами, не ханжами. Даже в смерти Ева остается чистой, поскольку она приближается к своему спасителю и обращает других на путь истины. В отличие от своей матери она не прикрывается Библией для оправдания рабства. В отличие от Офелии, она добра и милосердна на деле. В отличие от своего отца, она верит, что рабству можно положить конец и что ее миссия — изменить чувства окружающих, чтобы они освободили своих рабов. Она достигает этой цели через смерть. Ее отец настолько взволнован, что становится более религиозным и начинает готовить бумаги для освобождения Тома. А Топси — озорная, называющая себя «грешницей» юная рабыня — становится доброй, и Офелия начинает думать о Топси как о человеке, способном любить и нуждающемся в любви.

К несчастью, бумаги на освобождение Тома еще не были готовы, когда Сен-Клер гибнет (пытаясь остановить драку — поступок истинного христианина), поэтому Мари продает Тома. Его покупает на аукционе Саймон Легри, человек, избивающий своих рабов, чтобы добиться покорности. Он замучивает их до смерти, затем покупает новых. Сильнее его неуважения к человеческой жизни — желание заставить Тома отступиться от религии, сделать его негодяем. Когда, роясь в имуществе Тома, Легри находит молитвенник, он заявляет: «Ну, я скоро выбью это из тебя. На моей плантации ниггеры не молятся и не распевают псалмы, запомни это. Теперь я твоя церковь! Ты понимаешь, — ты должен быть тем, чем я прикажу». Когда Том отказывается выполнить приказ Легри и избить другого раба, хозяин приходит в ярость. Он говорит Тому, что тот принадлежит ему душой и телом, но Том отвечает:

«Масса Легри, вы купили меня, и я буду вам верным и преданным слугой. Я отдам вам все, что сделают мои руки, все мое время, все мои силы. Но над моей душой не властен ни один смертный. […] Вы можете запороть меня, уморить голодной смертью, сжечь — это только скорее отправит меня туда, куда я хочу отправиться».

Такое отношение пугает Легри, потому что он знает, что грешен и что после смерти он отправится в Ад. Этот страх выливается в ненависть к Тому, столь сильную, что он избивает его до смерти. Том — еще один образец христианского смирения: он скорее позволит убить себя, нежели причинит зло ближнему. Его смерть способствует обращению Касси, пожилой рабыни, отвернувшейся от Бога, потому что она считала, что Он отвернулся от нее. Смерть Тома приводит к обращению Самбо и Квимбо, рабов Легри, управлявших его плантацией и избивавших других рабов. Когда Том умирает, они понимают, какое зло они причинили ему и другим, и раскаиваются. В итоге смерть Тома приводит и к другому изменению: Джордж Шелби, сын старого хозяина Тома, освобождает всех своих рабов.

«Хижина дяди Тома» с самого момента выхода в свет породила множество дискуссий. Тема рабства находилась в самом центре идеологических споров в Америке. Она произвела истинный раскол: как может государство, основанное на принципах равенства, поддерживать систему, в которой пять миллионов населения было унижено и вынуждено находиться в рабском подчинении? Именно поэтому роман вызвал обширную полемику. Многие на Севере хотели знать, правдива ли эта история: живущие вдали от рабства и узнавшие о нем из первых рук не могли поверить в подобную жестокость. Вот почему Стоу включила в издание главу, названную «Завершающие комментарии», в которой она ручается за правдивость всех описанных ею случаев, включая бегство Элизы через замерзшую реку Огайо и печальные сцены разлучения семей на аукционах. Несмотря на дискуссию вокруг романа, и тот факт, что, по словам Джозефа Конлина в книге «Наша страна, наше время», он «был запрещен на Юге», роман быстро стал бестселлером: до начала Гражданской войны было отпечатано и распродано три миллиона экземпляров. В ответ на цензурный запрет разгорелся спор между активистами на Севере и на Юге, выступающими за и против рабства. Те, кто не был согласен с выводами, сделанными Стоу, критиковали роман. Появились, как выразился Джон Теббел, «анти-дядитомовы книги», такие, как «Хижина тети Филлис» или «Подлинная жизнь Юга».

«Хижина дяди Тома» представляла собой опасность не только для рабовладельческой системы. Идея равенства оскорбляла многих. Энн Хейт замечает, что в 1852 году книга «была запрещена во время «цензурного террора» Николая I». Цензура занимает значительное место в истории России, она распространялась не только на книги, но и на периодические издания, пьесы, музыку и другие формы высказывания. Это началось задолго до воцарения Николая I, но в его царствование давление особенно усилилось.

«Хижина дяди Тома» нарушала положения цензурного устава и поэтому оказалась под запретом. Аристократическая система, которую книга Стоу критиковала как антигуманную, процветала и в России. Царь и знать благоденствовали, в то время как низшие классы работали на износ за гроши. Свободная циркуляция подобных идей виделась царю опасной, поэтому роман запретили. Подобная цензура коснулась многих авторов.

Роман запретили и за подрыв религиозных идей — также согласно Уставу от 1828 года. Несмотря на то, что роман прохристианский, многое в нем направлено против церкви и священнослужителей. Стоу и ее герой Сен-Клер осуждают лицемерие христианской церкви, которая толкует Писание в угоду рабовладельцам. Когда Мари рассказывает о проповеди, в которой говорилось, что рабство было установлено Богом, Сен-Клер издевается над этой идеей: «Эта религиозная беседа о таких предметах — почему бы им не развить ее и не показать прелесть этого возраста, когда парень опрокидывает лишний стаканчик, засиживается допоздна за картами, и тому подобных вещей, так распространенных среди нашей молодежи; нам было бы приятно услышать, сколь это правильное и богоугодное дело». В финальном абзаце Стоу говорит: «И Север, и Юг были виноваты перед Богом; и христианская церковь будет отвечать по всей строгости…» Она верит, что церковь должна учить христианским добродетелям — доброте и равенству, а не поддерживать жестокую и несправедливую систему рабовладения.

Мысль, что церковь позволяет существовать этой незаконной системе, стала причиной папского запрета на роман. Хейт пишет, что в Италии и других католических странах в 1855 году «продажа книги была запрещена, несмотря на то, что в «Индекс» ее не включили». «В Индекс запрещенных книг» включались книги, которые было запрещено читать католикам, из-за содержавшихся в них богохульств.

Помимо многочисленных запретов в других странах роман часто запрещался в США теми, кто считал его расистским. Хейт пишет, что в 1955 году в Бриджпорте (штат Коннектикут) «сценическая версия… была опротестована черными как карикатура на реальность». Фактически роман Стоу представляет собой стереотипный взгляд на черных и белых. Например, когда тетушка Хлоя радостно описывает обед, который приготовила, она сравнивает себя со своей хозяйкой и здесь присутствует ряд скрытых расистских высказываний:

«Мы с миссис в тот день чуть не повздорили… Наконец сил моих больше не стало! «Миссис, — говорю, — поглядите вы на свои белые ручки да на тонкие пальчики все в кольцах. […] А у меня вон какие ручищи — словно черные обрубки. Так как же, по-вашему? Кому господь положил печь пироги, а кому сидеть в гостиной?»»