Особенно близкие отношения установились у Николая Петровича с Н. В. Гоголем. Н. П. Боткин был очень к нему привязан и всегда старался чем-нибудь услужить. Гоголь, со своей стороны, платил ему взаимностью, называл «добрым малым». В 1840 году путешествующий по Европе Н. П. Боткин, будучи в Вене, буквально спас от смерти тяжело заболевшего там Гоголя. Он вывез Гоголя из гостиничных номеров, устроил у себя, лечил, выхаживал и потом поехал с ним в Рим.

В письме к историку М. П. Погодину Гоголь сообщал: «При мне был один Боткин, очень добрый малый, которому я всегда останусь за это благодарен, который меня утешал сколько-нибудь, но который сам потом мне сказал, что он никак не думал, чтоб я мог выздороветь». А их общий приятель В. А. Панов писал С. Т. Аксакову об этом случае в ноябре 1840 года: «Болезнь, от которой Гоголь думал умереть, задержала его в Вене. К счастью, с ним был Боткин. Этот истинно добрый человек ухаживал за ним как нянька».

Дружен был Николай Петрович и с Некрасовым, посвятившим ему в первом своем сборнике стихотворение «Праздник жизни – молодости годы». Все знавшие Н. П. Боткина подчеркивали его удивительную доброту. «Редко встретишь людей с таким истинно добрым сердцем, – писал один из них, – как покойный Н. П. Боткин. Он был добр не по принятому правилу, но по непреодолимому влечению души. Его тянуло на добро. Он был счастлив, когда мог оказать кому-нибудь полезную услугу».

Н. П. Боткин умер 4 мая 1869 года в Будапеште, возвращаясь на родину из далекого путешествия по Египту, Палестине и Сирии. В 1850-е годы у Николая Боткина началось нервное расстройство, приведшее в результате к тяжелому психическому заболеванию, выражавшемуся в мании преследования. В связи с этим существуют разные версии его гибели. Согласно одной, он покончил с собой, выбросившись из окна гостиницы, где остановился. Согласно другой, Николай Петрович, почувствовав себя плохо ночью, поднялся на верхний этаж гостиницы, вероятно, чтобы позвать своего лакея-француза, и в темноте, приняв окно за дверь, открыл его и упал с шестого этажа. Погребен он был, так же как и его старший брат, в Москве, на семейном участке кладбища Покровского монастыря. Мало что известно о третьем сыне Петра Кононовича от первого брака – Иване. По некоторым сведениям, он жил в Москве и скончался около 1885 года.

Из шести сыновей от второго брака Петра Кононовича лишь о рано умершем Владимире не сохранилось сведений. Младшие братья и сестры фактически представляли уже другое поколение семьи Боткиных, так как разница в возрасте между ними и их старшими братьями и сестрами, родившимися от первого брака их отца, была очень значительной. Кроме того, весьма заметной была разница в образовании. Ведь даже Василия Боткина, упорным трудом и настойчивостью приобретшего глубокие познания, но не имевшего высшего образования, его современники и позднейшие исследователи иногда позволяли себе упрекать в дилетантизме.

Следующее поколение Боткиных своим блестящим образованием обязано Василию Петровичу. Имея большое влияние на отца, он младших братьев «провел через университет», а сестрам нанимал на собственный счет учителей по предметам, знание которых считал необходимым. Прекрасное образование и глубокий интерес к культуре, ставшие своего рода традицией в семье Боткиных, упрочили авторитет этой династии как в торгово-промышленном мире, так и в различных слоях образованного общества России во второй половине XIX – начале XX века.

Практически все представители младшего поколения Боткиных преуспели в делах, сумели проявить себя в той сфере деятельности, которую избрали. Старший из них, Павел Петрович (1827–1885), окончил Московский университет и стал юристом, что было редкостью для купеческих сыновей в то время. Одновременно он представлял семейную чайную фирму в Петербурге. Однако П. П. Боткин мало занимался коммерческими делами, основная тяжесть их ведения легла на плечи двух его младших братьев – Петра, ставшего главой фирмы, и Дмитрия. Владельцем дома в Петроверигском переулке, по дележу, стал также Петр Петрович (1831–1907). Между двумя братьями наметилась своеобразная специализация в ведении дел. Вся торговля и переговоры с покупателями в Гостином дворе находились в ведении Петра. Дмитрий же занимался главным образом кабинетной работой. Он был хозяином в «конторе», помещавшейся на Маросейке в фамильном доме. Им самим или под его непосредственным наблюдением велись вся канцелярия и счетоводство, общая координация всего дела и переписка с поставщиками.

Петр Петрович твердой рукой вел торговое дело, начатое отцом. Он обладал незаурядным коммерческим талантом, имел великолепную память и никогда не записывал ничего в памятные книжки. Под его руководством фирма процветала и вскоре была преобразована в товарищество.

Петр Петрович был очень колоритной и своеобразной фигурой московского купца нового поколения. Он целыми днями сидел в так называемом амбаре в Гостином дворе, за границу выезжал редко, в обществе совсем не бывал. Даже к ближайшим родственникам всегда только «заскакивал», никогда не оставаясь обедать. Отмечали его тонкий и саркастический ум: часто его замечания, сказанные, казалось бы, добродушным тоном, заключали в себе либо осуждение, либо весьма тонкий упрек.

Были в Москве семьи, в том числе и купеческие, которые откровенно недолюбливали богача-чаеторговца. Е. А. Андреева-Бальмонт, дочь владельца известного в Москве магазина колониальных товаров и гостиницы «Дрезден» и жена поэта К. Бальмонта, в своих воспоминаниях дает П. П. Боткину самую резкую характеристику: «Опытный делец, хитрый и лицемерный человек (в Москве говорили, что Щедрин списал с него своего Иудушку)…» Правда, раздражение ее можно объяснить обидой за своего старшего брата, Василия, женатого некоторое время на дочери П. П. Боткина, Анне, вскоре ушедшей от него. Брат тяжело переживал ее уход, заболев нервным параличом. Но было и другое обстоятельство. После ухода дочери Петр Петрович потребовал обратно уже вложенные в дело 200 тыс. рублей, которые он дал за ней в качестве приданого, что тяжело сказалось на материальном положении семьи Андреевых.

Общественной деятельности Петр Петрович избегал, но он состоял церковным старостой в храме Успения на Покровке и одновременно – Архангельского собора. Позднее, чуть ли не со дня освящения храма Христа Спасителя, Петр Петрович стал старостой в нем. Его племянник вспоминает, как видел на пасхальной заутрене, в «невероятно густой толпе», пробиравшегося с блюдом в руках, во фраке и с Владимиром на шее, дядю, собиравшего пожертвования прихожан.

Традиционная для московского купца глубокая религиозность сочеталась в нем с более современным обликом предпринимателя новой формации, что отражалось даже в его внешности: Петр, чуть ли не единственный из братьев, не носил усы и бороду. Вообще, на внешний облик братьев Боткиных удивительно ярко наложила отпечаток профессиональная сфера деятельности каждого. Так, Василий Петрович носил небольшие бакенбарды, обнаруживая влияние времени 1840-х годов, литературной и дворянской среды, где они были в моде. Павел имел вид преуспевающего юриста или судебного чиновника. Это был, по воспоминаниям, «старый холостяк, сладкий, круглолицый, как луна, ценитель красоты вообще и женской – в частности. Прелестный гоголевский тип…». Дмитрий Петрович, компаньон Петра, был тщательно подстрижен. Сергея Петровича, известного клинициста, «всякий, – пишет мемуарист, – хотя бы издали его видевший, мог принять только за профессора или врача. Михаил Петрович мог смело сойти за любого из русских художников – с небольшой острой бородкой, вроде репинской».

Петр Петрович был женат на Надежде Кондратьевне Шапошниковой. У них родилось три дочери: старшая, Анна, вышедшая замуж за купеческого сына В. А. Андреева, и вскоре разведенная; Надежда, бывшая замужем за известным художником и коллекционером икон И. С. Остроуховым; Вера, ставшая в 1887 году женой Н. И. Гучкова – будущего московского городского головы и общественного деятеля, брата знаменитого А. И. Гучкова. Фамильный особняк Боткиных в Петроверигском был назначен в приданое Вере, и она поселилась в нем вместе с мужем. А Николай Иванович Гучков становится директором товарищества чайной торговли «П. Боткин и сыновья».