Спустя некоторое время после прибытия на рейд Гринока началась подготовка "Петра Великого" для дальнейшего следования по мелководной реке Клайд, соединявшей Гринок с Глазго, где и находился завод Эльдера. Через несколько дней оставшиеся 300 тонн угля были выгружены на берег и проданы английским судовладельцам, порох и снаряды из-за отсутствия на берегу специальных хранилищ выгрузили на баржи, а баржи отбуксировали в район завода и поставили на мертвые якоря в реке Клайд. Проход по реке больших кораблей осуществлялся только во время приливов, периодичность которых составляла один раз в две недели. По соглашению с В. Пирсом буксировка назначалась с 15 июня в момент начала очередного прилива. Пришлось в ожидании стоять в Гриноке. Но состоявшийся прилив вызвал 19 июня наибольшее возвышение воды в реке 7,3 м, а корабль без угля, пороха, снарядов и воды в задних котлах имел углубление кормой 7,2 м. В тот же день капитан 1 ранга В. Г. Басаргин через нашего консула в Глазго уведомил правление завода Эльдера о готовности к переходу. Правление ответило, что не следует рисковать, а лучше подождать очередного прилива в конце июня, так как осадка "Петра Великого" в пресноводной реке увеличится еще на 0,1 м. Не желая терять лишних 12 дней, В. Г. Басаргин решил еще более облегчить корабль, для чего пришлось перенести в нос всю сухую провизию, а для выравнивания дифферента заполнить два междудонных носовых отделения. Все эти меры уменьшили осадку до 7 м. Во время следования по реке предполагалось построить всю команду на баке. Добиваясь буксировки в этот прилив, командир "Петра Великого" лично посетил завод, на котором выяснилось, что глубина под краном, где предполагалось ставить броненосец, была всего 6,5 м. Это окончательно задержало ввод корабля в бассейн завода до конца июня.

Как видно, завод не прилагал усилий для скорейшего начала работ, ведь, согласно ст. 3 контракта, машины должны были быть готовы к установке не позже 15 июня, а сроки работ по их установке исчислялись с момента прихода "Петра Великого" в бассейн завода. Прождав еще 12 дней в Гриноке, в следующий прилив корабль, имевший осадку кормой 7,1 м, 30 июня в 10 часов утра с лоцманом на борту на буксире 6 пароходов пошел в Глазго. Мощности этих буксиров явно не хватало и приходилось постоянно работать машинами на малый ход вперед, имея для этого пар в шести носовых котлах. Несмотря на мягкий грунт, подводная обшивка периодически касалась дна, из-за чего приходилось делать остановки и с большими усилиями стаскивать корабль. Не дойдя до завода Эльдера около 5 миль, в час дня при начавшемся уже отливе остановились и легли днищем на грунт. К 10 час. 30 мин. вечера при увеличении уровня воды "Петр Великий" всплыл и пошел к заводу, несколько раз останавливаясь из-за недостаточной глубины, и к бассейну завода подошел только в 1 час 45 мин. ночи. Вновь начавшийся отлив помешал входу в бассейн, вырытый перпендикулярно руслу реки. Поставив корабль бортом вдоль левого берега реки, имеющей в этом месте ширину 95 м, при следующем приливе переменили место стоянки, оттянув нос далее от берега, уже в третий раз оставаясь в малую воду на грунте. При последней стоянке корабль, видимо, сев на твердые породы грунта, повредил себе днище. Непроницаемость обшивки не нарушилась, но оказались вдавлены несколько шпангоутов. Лишь к 3 часам утра 2 июля "Петр Великий" ввели в бассейн завода, где он и остановился у крана. Обследование повреждений дна, произведенное А. Е. Леонтьевым, выявило, что они не представляют никакой опасности и исправление их в доке не будет создавать больших трудностей.

"Петр Великий" на отмели в реке Клайд. 30 июля 1881 г.

На берегу корабль встречали матросы Н. Новожилов и А. Колюжный, доставившие сюда ящики с торпедными аппаратами из Кронштадта. Аппараты, изготовленные к началу июня 1881 года, а затем разобранные и упакованные в 19 ящиков общим весом 26 т, были доставлены в Кронштадт. Из Кронштадта 20 июня на английском пароходе "Т. Вильсон" их в сопровождении двух вышеназванных матросов отправили в г. Гулль, откуда по железной дороге они и были доставлены на завод.

На следующий день с правлением завода Эльдера начались переговоры по выяснению вопросов чисто организационного характера. Одновременно начались работы по демонтажу надстройки. Спустя три недели 25 июля на корабле, стоявшем под краном со снятыми трубой и мачтой, разобранными надстройками и палубами, начался демонтаж машин. Часть команды к тому времени перевели в заводские казармы, где ранее размещалась команда яхты "Ливадия". В начале августа машины с котлами были полностью вынуты и началась подготовка к постановке "Петра Великого" в док.

При вводе броненосца в док и более детальном осмотре выяснилось, что повреждения серьезнее, чем предполагалось. Оказалось согнутым вправо перо руля, а нижняя его часть с частью медной рамы надломлена. Средний киль и первые к нему боковые кили были стерты почти до наружной деревянной обшивки, а у следующих двух стерты фальшкили. Деревянные наделки под броней в районе клюзов истерты и помяты от лап якорей. Цинковые листы, положенные вокруг корабля для изоляции брони от медной обшивки, почти совсем разложились за время семилетней службы. Наружная обшивка по обе стороны киля при плавании в реке измялась и требовала замены. Для исправления этих повреждений пришлось заключить договор с заводом Эльдера, который оформил представитель Морского министерства в Англии капитан-лейтенант А. М. Линден. Эти работы задерживали сроки готовности к плаванию на две недели. Стало ясно, что даже с учетом десяти льготных дней, обусловленных контрактом, окончательная готовность корабля будет несколько позднее намечавшегося ранее 12 октября.

К моменту постановки в док изготовленные и собранные машины находились на стенде. Были готовы к установке в корабль котлы, дымовые ходы для них, гребные валы и ступицы для винтов. Началась сборка трубы и установка в ступицы лопастей. Готовились к гидравлической пробе паровые трубы. По механической части в доке производились работы по сборке новых фундаментов для машин, заделка отверстий от снятых кингстонов и вырубка новых. Сняли гребные винты, концевые гребные валы, изогнутый руль, медную обшивку, а деревянную наружную частично пришлось заменить. Производилось исправление боковых килей.

Несмотря на летние месяцы, сырой английский климат и бытовая неустроенность экипажа вызвали множество простудных заболеваний, часто переходящих в воспаление легких. 14 августа в береговом госпитале от этого скончался матрос 1 статьи Федор Лихачев. В тяжелом состоянии находились матросы Григорьев, Самсонов и Карпенко. В корабельном лазарете лежали еще 6 человек.

К 14 сентября окончили работы по исправлению подводной обшивки. Далеко продвинулась и установка торпедных труб. Спустя неделю, 21 сентября, началась установка правой трубы и нового руля, вновь отлитого на заводе из марганцевой бронзы. В этот же день управляющий Морским министерством вице-адмирал И. А. Шестаков, находившийся в Англии для ознакомления с судостроением, осмотрел в доке произведенные на корабле работы и на заводе новые машины и котлы. После этого И. А. Шестаков, взяв с собой корабельного инженера А. Е. Леонтьева и лейтенанта Р. де Рибаса, продолжил поездку для осмотра английских адмиралтейств. Через два дня, 23 сентября, работы в подводной части были окончены, но выход из дока заводчики оттягивали из-за малой воды у порога дока. При замене фальшкиля на корабле поставили новые грузовые марки, так как новый сделали тоньше старого для безопасного вывода из дока. Работы по исправлению подводной обшивки обошлись в 10 756 фунтов стерлингов.

26 сентября в 10 часов вечера открыли клинкет дока для впуска воды, и к полуночи "Петр Великий" был выведен из дока и под буксировкой пяти пароходов поставлен в бассейн под кран.