Тишендорф вернулся в Лейпциг в январе 1846 г. Он приехал в Европу не прямо из Синая, а сперва снарядил в Египте еще один караван и после ряда опаснейших приключений, которые вовлекли его даже в племенную междоусобицу, добрался в конце концов до Святой земли. Мы не последуем за ним в его паломничестве к монастырям Палестины и Сирии и в пространном описании его скитаний, доведших его до самого Константинополя. В некоторых местах повторялась та же история с подозрительностью и скрытностью монахов, и точно в таком же жалком состоянии были монастырские библиотеки, в которые ему удавалось попасть только после многих мытарств и нервотрепки. Тем не менее его настойчивость и инстинкт палеографа позволили ему приобрести несколько ценных рукописей, из которых, впрочем, ничто не шло в сравнение с сорока тремя страницами из Синая. Он прибыл в Лейпциг, тяжело нагруженный греческими, сирийскими, коптскими, арабскими и грузинскими документами, которые передал все без исключения в библиотеку Лейпцигского университета в знак признательности правительству за помощь в его исследованиях. Материал был каталогизирован как "Manuscripta Tischendorfiana". Среди них было три греческих палимпсеста. Уникальные синайские фрагменты были помещены отдельно под тем названием, которое их открыватель дал им в честь саксонского курфюрста, — "Кодекс Фридриха Августа". Тишендорф немедленно приступил к подготовке литографического факсимильного издания кодекса, к которому прилагался комментарий.

По возвращении после более чем четырехлетнего отсутствия тридцатилетний ученый, чья репутация палеографа и текстолога-библеиста теперь окончательно упрочилась, был приглашен на должность адъюнкт-профессора Лейпцигского университета. Теперь Тишендорф мог жениться, обзавестись семьей. Он приступил к регулярному чтению лекций в университете и к изданию открытых им текстов. Новое издание греческого Нового Завета вобрало в себя многое из этих свежих материалов и знаменовало собой новую веху в критике Библии. Поглощенный своей работой и семейными делами, Тишендорф, казалось, покончил со своими странствиями. Но в периоды больших университетских каникул он неизменно оказывался в непосредственной близости от старинных библиотек, в частности в Цюрихе и Санкт-Галлене, в Швейцарии, в местах, равно привлекавших и палеографическими ценностями, и красотами природы. Но где бы он ни был, ему не давала покоя мысль о листах, оставленных им в Синае. Тишендорф никому не говорил о них, так как не хотел, чтобы кто-нибудь другой завладел ими. Он во что бы то ни стало должен найти способ приобрести их! Только как заставить монахов Святой Екатерины изменить свое отношение?

Тишендорф вспомнил о Прунер-бее (Ф. Прунер), враче египетского вице-короля, с которым он подружился в Каире. Прунер-бей занимал высокое положение, имел обширные связи, можно было быть уверенным, что он будет действовать осмотрительно. Тишендорф попросил его связаться с синайскими монахами и предложить им приличную сумму за пергамены "Септуагинты". Но Прунер смог только сообщить о постигшей его неудаче. "Со времени вашего отъезда из монастыря, — писал он, — монахи вполне оценили сокровище, которым владеют. Чем больше им предлагаешь, тем крепче они держатся за рукопись". Было ясно, что Тишендорфу надо ехать самому. Даже если ему не удастся выкупить оставшиеся фрагменты, он мог бы скопировать их, а затем издать, чтобы сделать достоянием западной науки. Тишендорф посвятил в свою тайну саксонского министра просвещения, и тот предоставил ему субсидию для организации поездки.

Тишендорф покинул Европу в середине января 1853 г. и прибыл в монастырь Святой Екатерины в начале февраля. Его приняли по-дружески. Кирилл, все еще заведовавший библиотекой, казалось, был рад встрече. Но все расспросы о греческих пергаменах были безрезультатны. Кирилл категорически заявлял, что понятия не имеет о том, что случилось с фрагментами, которые Тишендорф извлек из мусорной корзины и столь настойчиво вверял его попечению. Тишендорф твердо верил в искренность библиотекаря и поэтому пришел к выводу, что рукописью как-то распорядились без ведома Кирилла. Он подозревал, что она скорее всего уплыла в Англию или в Россию. Однако кое-что случайно прояснилось, когда он просматривал в библиотеке один сборник житий святых. Он обнаружил обрывок листа "не более чем в пол-ладони", использовавшийся в качестве закладки. Листок содержал несколько стихов (одиннадцать строк) из 23-й главы Книги Бытия. Поскольку это была начальная часть Библии — Первая книга Моисеева, тем самым подтверждалось, что этот экземпляр греческого Ветхого Завета первоначально был полным.

Но, как вынужден был с грустью заметить Тишендорф, "большая часть уже давно была уничтожена".

Постигшая его неудача не помешала Тишендорфу сделать во время краткого пребывания на Ближнем Востоке несколько ценных находок. В этот раз он привез домой шестнадцать палимпсестов — старых сирийских и арабских пергаменов, а также значительную коллекцию караимских текстов, принадлежавших иудейской секте времен раннего Средневековья. Кроме того, он приобрел много греческих, коптских, иератических и демотических папирусов. К маю он уже снова был в Лейпциге.

Он был готов в любой момент услышать о появлении большей части спасенной им "Септуагинты" в какой-нибудь европейской библиотеке или частной коллекции. Но годы шли, а ничего подобного не происходило. Тишендорф надеялся, что сможет вынудить предполагаемого владельца восьмидесяти шести листов нарушить молчание, когда в 1854 г. он опубликовал отрывки из Исайи и Иеремии, скопированные им в монастыре со страниц, которые монахи отказались ему отдать. Отрывки появились в его собственной серии — "Monumenta sacra in-edita" ("Неизданные священные памятники"), — которую он основал специально для опубликования открытых им рукописей и любых других иным способом недоступных текстов. В примечании к отрывку из Ветхого Завета он ясно дал понять, что рукопись, послужившая источником, найдена им, а не кем-то другим. Шло время. Очевидно, его предположение было безосновательным: никто не спешил похвастаться обладанием восемьюдесятью шестью страницами. Как узнал Тишендорф несколькими годами позже, русскому церковному деятелю Порфирию Успенскому, посетившему гору Синай, монахи показывали заветную рукопись, но он в тот момент не сумел оценить ее по достоинству и даже не удосужился выяснить, какие тексты в ней содержатся.

В последующие годы Тишендорф был занят обширными исследованиями в связи с седьмым критическим изданием Нового Завета. Но Восток уже жил в его крови, и "мысль о новых путешествиях и исследованиях", признавался он, никогда не оставляла его; он "отказывался рассматривать свои первые две поездки как подводящие какой-либо итог его миссии". Те, кому довелось побывать на Востоке, отмечал он, уже никогда не могли забыть его. Его надежды вновь ожили, когда один английский ученый (Г. О. Кокс), направленный британским правительством в поездку по Ближнему Востоку с целью приобретения памятников древности, намеренно исключил монастырь Святой Екатерины из своего маршрута, заявив: "Что касается горы Синай, то после пребывания там столь выдающегося палеографа и критика, как д-р Тишендорф, не говоря уже о визитах многих других ученых, вряд ли можно рассчитывать найти там что-нибудь стоящее, чего не заметил бы их наметанный глаз".

Но на этот раз Тишендорф хотел предстать перед хитрыми монахами Синая, обладая прочными позициями. Как Лэйярд и Мариэтт, проводившие как раз в это время буквально революционные археологические раскопки в Месопотамии и Египте, он понял, как много значит, учитывая закоснелость турецких чиновников и невежество местного населения, политическая поддержка, дающая иностранным ученым силу и авторитет для успешного проведения их экскурсов в прошлое. Покровительство прусского правительства могло быть очень полезным. В достигшем уже преклонного возраста Александре фон Гумбольдте, обладавшем значительным влиянием при берлинском дворе, он нашел друга и единомышленника. Однако прусский министр просвещения проявлял значительно меньший энтузиазм. Тогда Тишендорф вновь вернулся к мысли заручиться поддержкой русского царя, который имел несравненно большее влияние в Леванте.