2-я англо-голландская война 1665–1667 годов вспыхнула, как и первая, из-за торгово-экономических противоречий. Когда Рюйтер возвращался с 20 кораблями из Вест-Индии, англичане развернули 70 кораблей, чтобы его перехватить. Однако голландский флотоводец, предупрежденный об этой операции, проложил курс к северу. Придерживаясь берегов Норвегии, он миновал эскадру адмирала Сэндвича и прибыл благополучно в Эмс 8 августа 1665 года. Моряка сразу произвели в лейтенант-адмиралы и назначили главнокомандующим флотом Республики Соединенных провинций.
Приняв командование, он выделил от каждой из трех эскадр по 7 кораблей и организовал эскадру резерва, которой следовало следить за действиями других эскадр и идти им на помощь по указанию главнокомандующего. Рюйтер разрешил в ходе боя командирам эскадр, если из-за дыма нет возможности различать его сигналы, действовать самостоятельно и давать своим подчиненным сигналы об абордаже и другие распоряжения, следя за тем, чтобы они соответствовали основным намерениям главнокомандующего. В бою следовало твердо соблюдать установленный строй, за выход из которого командир первый раз подвергался штрафу, а при повторении – казни. Погоню разрешалось начинать лишь по сигналу адмирала. На случай разъединения перед выходом следовало установить место рандеву (встречи).
Каждая эскадра выделяла для разведки по три фрегата и три галиота; несколько фрегатов и галиотов требовалось иметь для спасения утопающих. Особые галиоты были предназначены для подвоза продовольствия и боеприпасов из портов, а часть их следовала с флотом. На борту было необходимо иметь свинец, чтобы при угрозе захвата судна топить секретные документы. На кораблях значительно увеличили число врачей. Командирам полагалось обратить внимание на улучшение пищи моряков. Для подъема духа был установлен приз за потопление брандера.
На адмиральские корабли собрали лучших лоцманов, хорошо знающих берега Англии. Моряки учились выигрывать направление ветра, схватываться на абордаж, передавать сигналы. Все эти мероприятия наряду с укомплектованием эскадр боевыми кораблями специальной постройки способствовали созданию регулярного флота Голландии.
9 октября 1665 года после ремонта судов, пострадавших от шторма, флот вышел к берегам Англии. Разведывательные галиоты нашли 17 кораблей в Гарвиче. Однако перед появлением Рюйтера английская эскадра скрылась в Темзу. Три недели голландцы блокировали устье, провели промеры глубин, но из-за массовых болезней пришлось вернуться 4 ноября в Тексель, оставив отряд для блокады.
Зимой в Голландии строили новые корабли специально для военной службы. К апрелю все 96 голландских кораблей были сосредоточены в Текселе, тогда как английские 80 кораблей стояли на Темзе. К голландцам должны были присоединиться 30 французских кораблей из Бреста. Рюйтер намеревался соединиться с французами и дать генеральное сражение противнику. Однако англичане, чтобы помешать встрече союзников, оставили главные силы Монка против Рюйтера, а эскадру Руперта послали для задержки французской эскадры Бофорта. Рюйтер воспользовался разделением англичан. Он вышел в море и 10 июня встал на якоре между Дюнкерком и Нортфорлендом. Здесь его и атаковал с 35 кораблями Монк, арьергард которого отстал. Рюйтер приказал рубить якорные канаты, однако, находясь под ветром, долго не мог вступить в сражение. На траверзе Дюнкерка английский авангард, повернув, столкнулся с центром Рюйтера и был им расстроен. Голландский флотоводец догнал уклонившихся от боя англичан, отрезал им путь и взял два английских флагманских корабля. Один из трех пущенных голландцами брандеров имел успех. К ночи английский флот прошел мимо остававшегося вне боя голландского арьергарда. Два следующих дня противники продолжали бой. Благодаря умелому маневрированию Рюйтер спас от поражения К. Тромпа, оторвавшегося от главных сил, но его корабль получил значительные повреждения. Монк держался и вечером 13 июня соединился с Рупертом, а утром вновь перешел в атаку, имея свежие корабли в авангарде.
Оба флота первоначально шли параллельными курсами, ведя артиллерийский бой, причем голландцам сопутствовал ветер. В 10 часов английский арьергард прошел через голландский строй, отделив его часть. Командующий голландским авангардом ван Нес погнался за отрядом английских кораблей, выигравших у него ветер. К полудню только центр Рюйтера продолжал вести бой, используя ветер, а фланги строя отделились от него. К 15 часам Тромп соединился с Несом, но оказался под ветром и не мог присоединиться к центру. Оценив обстановку, Рюйтер пожертвовал наветренным положением и направился на соединение с отделившейся частью флота. Англичане оказались под ударом с двух сторон. Они не выдержали, строй распался. Голландцы окружили неприятеля и преследовали его, пока не помешал туман.
Вернувшись в Вилинген, Рюйтер немедленно приступил к ремонту кораблей. Лично наблюдая за работами, поощряя и раздавая награды, он сумел через 13 дней полностью подготовить флот из 85 кораблей и 18 брандеров к бою и походу. 6 июля флот вышел из Вилингена и направился к берегам Англии. Тем временем англичане спешно подготовили и 1 августа вывели в поход флот из 85 кораблей и 19 брандеров. Зная об этом от сторожевых судов, Рюйтер отошел к Нортфорленду, где позиция была более удобна для генерального боя.
4 августа в 8 милях от мыса флоты сошлись. Рюйтеру пришлось с 12 кораблями выдержать бой против большинства неприятельского флота. Под вечер адмирал решил отступить, прикрывая отход авангарда. Англичане решительно преследовали, пробовали в маловетрие использовать брандеры против корабля Рюйтера, но безуспешно.
Пользуясь тем, что все голландские корабли были сосредоточены в Вилингене, англичане напали 20 августа на порт Вли, высадили десант, истребили торговые суда и склады на берегу и благополучно вернулись в Гарвич. Рюйтер не реагировал на нападение.
6 сентября он вышел с флотом из 99 кораблей и 28 брандеров. Флагман, узнав о выходе 90 кораблей из Гарвича, решил идти навстречу англичанам. При виде противника английский флот начал отступать.
Весной 1666 года голландцы снарядили, кроме 72 кораблей действующего флота, 19 кораблей эскадры для охраны портов, чтобы избегнуть случаев, подобных набегу на Вли. Англичане рассчитывали вести борьбу в колониях против конкурентов в торговле, а в Европе ограничиться обороной берегов, вовсе не вооружая в целях экономии флот. Знавший положение дел Рюйтер 14 июля привел флот к устью Темзы. Отсюда адмирал послал корабли с десантом, которые поднялись по реке, овладели крепостью Ширнесс, дошли до Чатама. Голландцы истребляли склады корабельных материалов, запасы пороха и провианта, захватывали и сжигали корабли. Далее Рюйтер ограничился блокадой. Набег в устье Темзы вызвал панику в Англии и вынудил ее заключить в Бреде выгодный для Голландии мир. В 1671 году Рюйтера произвели в адмиралы, а в 1673 году он получил высшее военно-морское звание – лейтенант-генерал-адмирал Голландии.
В 3-й англо-голландской войне, 1672–1674 годов, он вновь отличился.
На параллели Дюнкерка 31 мая Рюйтер показался неприятелю и сразу стал отступать, заманивая союзников к голландским берегам, но герцог Йоркский не стал его преследовать и ушел в бухту Солебей для пополнения запасов воды и провизии. Он расположился беспечно, не приняв мер для наблюдения за голландцами.
Утром 7 июня голландский флот (91 корабль, 44 брандера) внезапно появился перед союзным флотом (65 английских, 36 французских кораблей, 22 брандера). Голландцы шли стремительно на корабли, стоявшие на якорях; часть их команд оставалась на берегу. Союзникам пришлось рубить якорные канаты и выходить из бухты. Английские центр и арьергард (65 кораблей) после выхода развернулись в линию почти параллельно берегу курсом к северу, тогда как французы направились к югу. Рюйтер схватился с флагманским кораблем герцога Йоркского и дважды заставил английского флагмана переходить на другой корабль.
Сражение завершилось в сумерках – флоты подтянули отставшие корабли и отошли. У англичан один корабль сгорел, девять были выведены из строя, 2500 человек были убиты и ранены, в том числе адмирал и 12 капитанов. Так как на кораблях недоставало боеприпасов (только корабль Рюйтера сделал 2500 выстрелов), голландский главнокомандующий маневрировал, заманивая противника на мелководье у берегов Голландии. Союзники были вынуждены отказаться от запланированного десанта в Зеландии и вернуться в Темзу для капитального ремонта кораблей. Благодаря тактическому умению Рюйтеру при меньших силах удалось заставить противника оставить море.
