Лисандр избрал своей базой Эфес, окруженный владениями варваров. Он направил к порту со всех сторон грузовые суда, открыл верфь для постройки триер, возобновил торговлю в гавани и работу ремесленников, за что получил поддержку местного населения. Так как Спарта не могла ему предоставить большие средства, а персидский сатрап Тиссаферн, имевший повеление помогать союзным спартанцам и вытеснить афинян с моря, оказывал поддержку скупо, Лисандр отправился к царю Персии Киру и убедил его продолжать войну. К спартанцам стали перебегать гребцы с судов противника, привлеченные повышенным жалованьем.

В морском бою у мыса Нотия (407 г. до н. э.) афиняне потерпели поражение. Лисандр взял 15 триер.

Тем временем истек годичный срок командования флотом. Так как законом не допускалось продление этого срока, на смену прибыл Калликратид. В морском сражении у Аргинусских островов вблизи Лесбоса афинский флот в 406 году до н. э. нанес поражение спартанскому флоту. Спартанцы лишились 77 кораблей; уцелевшие отошли к острову Хиос. Афиняне потеряли лишь 25 кораблей.

Последствия блестящей победы афинян оказались неожиданными. Стратеги направились с главными силами к Митилене, оставив отряд судов для спасения моряков и воинов с погибших триер. Из-за бури почти никого спасти не удалось. Народное собрание, в котором главными обвинителями выступили триерархи, не выполнившие приказа стратегов, постановило казнить полководцев. Шестерых казнили, двоим удалось бежать. В результате Афины сами обезглавили свой флот. Это событие способствовало Лисандру, которого по настоянию союзников и персидского царя Кира вернули на флот. Так как по законам Спарты никто не мог быть дважды командующим флотом, назначили Арака, но фактически власть была в руках Лисандра.

Кир, пригласив флотоводца в Сарды, дал денег и порекомендовал не вступать в сражение, пока он не приведет кораблей из Финикии и Киликии. Он доверил Лисандру управление и сбор податей с городов.

Узнав о том, что берегов Гелеспонта (Дарданелл) афиняне не охраняют, в 405 году Лисандр повел флот и взял союзный Афинам город Лампсак. Однако к устью пролива подошел афинский флот со 180 боевыми кораблями. Пополнив запас продовольствия, афиняне расположились в устье реки Эсгопотамы.

Лисандр избрал своеобразную тактику. В течение дня афиняне выманивали противника в море. Спартанцы спокойно ожидали атаки. Так же Лисандр действовал и в следующие дни. Афиняне, убежденные в слабости противника, потеряли осторожность. На пятый день они высадились при Эсгопотамах, а посланные Лисандром быстроходные суда, подняв на мачту блестящий щит, подали сигнал о том, что все сошли на берег, спартанский полководец спешно направился к месту афинской стоянки. Расстояние в 15 стадиев (менее трех километров) суда прошли быстро.

В итоге смогли спастись только быстроходный государственный корабль «Парал», поплывший в Афины, и 8 кораблей Конона, направившиеся к Кипру. Лисандр торжественно привел трофейные суда к Лампсаку, где 3000 пленных афинян были казнены.

Вскоре Лисандр сообщил в Спарту, что с двумя сотнями кораблей идет на Афины. Под стенами города уже стояла большая пелопоннесская армия. Осажденный с моря и суши город страдал от голода. В 404 году город капитулировал. Лисандр посадил в городе правительство Тридцати тиранов, которые истребляли сторонников демократии.

Доставив в Спарту многочисленную добычу, в том числе золотые и серебряные деньги, стратег возбудил среди части спартанцев страсть к наживе. Сам он богатств не скопил, все добытое отдавал на государственные нужды. Но с этого времени Лисандр, видя уважение к себе и даже преклонение, стал проявлять заносчивость и самонадеянность. Он был коварен и жесток с побежденными. В конце концов после жалобы перса Фарнабаза на грабежи войск Лисандра в его владениях полководца вызвали в Спарту.

После встречи с эфорами Лисандр получил разрешение отправиться на поклонение храму Аммона. На самом деле он уходил из-под власти Спарты. Встревоженные его отъездом цари, опасаясь, что Лисандр воспользуется созданными им по всей Греции тайными обществами, организовали контрперевороты, чтобы изгнать сторонников стратега. В первую очередь афиняне ликвидировали в 403 году Совет тридцати. Вернувшийся Лисандр убедил лакедемонян в необходимости помочь олигархам. Он предпочитал действовать силой оружия.

Добившись того, что новым царем избрали Агесилая, Лисандр уговорил его идти воевать с варварами в Азии. Авторитет полководца оказался столь велик, что Агесилай оказался как бы в его тени.

Без финансовой поддержки Персии спартанцы не смогли выстроить новый флот, разбитый афинянами в 395 году. Так, оставив флот без талантливого флотоводца, Агесилай заложил основу будущих поражений Спарты от воссозданного Афинского морского союза.

Лисандр в ходе коринфской войны организовал поход против Фив, активных сторонников афинской демократии. Он погиб в бою под городом Галиартом (Алиартос) в 395 году до н. э. и был похоронен за границей Беотии, на земле союзного города Панопея.

В 264 году до н. э. римские войска высадились на Сицилии; однако на нее претендовали и карфагеняне. Последние благодаря сильному флоту перехватывали суда, которые Рим посылал на остров. Римский сенат решил создать флот. Были построены 100 пентер и 20 более крупных кораблей.

Командовавший войсками на Сицилии консул Гай Дуилий происходил из знаменитого римского плебейского рода. Именно ему было доверено командовать впервые созданным римским флотом. Понимая, что флоту недостает умения вести борьбу на море, он сделал так, что римляне воевали, как на суше. Консул изобрел абордажные мостики-вороны, снабженные на концах когтями. При абордаже они впивались в палубу неприятельского корабля, и по мостикам с перилами римские воины врывались на вражеское судно.

Первую блестящую морскую победу благодаря этому изобретению римляне одержали в 260 году. В сражении при Милах карфагенянам пришлось отступить, оставив в руках победителей 31 корабль и 7000 пленных. Еще 13 кораблей с 3000 человек римляне потопили; их потери оказались невелики. За первую морскую победу Дуилия удостоили триумфа. Решением сената Дуилия всюду должны были сопровождать два флейтиста и факелоносец, извещавшие о прибытии героя. В 258 году до н. э. Дуилий состоял цензором.

Марк Аттилий Регул, римский полководец и политический деятель, будучи в 267 году до н. э. консулом, завоевал город Брундизий. В период 1-й Пунической войны, во время своего второго консульства Регул вместе с коллегой Люциусом Манлиусом Вулсо разбил карфагенский флот у мыса Экном, на юго-востоке Сицилии, и высадил армию в Африке.

После победы при Милах римляне решили перенести войну на территорию противника. В 256 году до н. э. римский флот (330 судов) отправился от мыса Экном у южного побережья Сицилии к Африке. Он включал 230 боевых и много транспортных судов с войсками. Ожидая атаки карфагенян, римляне избрали строй, позволявший отбиваться со всех сторон. Первые два отряда составляли клин, третий замыкал крылья клина и вел на буксире грузовые суда, а четвертый отряд прикрывал их с тыла. Карфагенские адмиралы Гамилькар и Ганнон имели 250 судов. Они решили атаковать грузовые суда и сопровождавший их конвой, чтобы истребить запасы продовольствия для экспедиции. Для отвлечения двух передовых отрядов карфагеняне прибегли к хитрости. Они развернули три четверти флота в одну линию, выдвинув правое крыло далеко в море, а левое образовало тупой угол с линией и упиралось в берег.

Римские консулы первыми атаковали передовыми кораблями неприятельский центр, который сразу начал отступать, увлекая римлян. Когда первые два отряда значительно удалились от остальных, Гамилькар повернул свои силы и вступил в решительный бой. В это время правое крыло из легких судов под начальством Ганнона решительно атаковало четвертый отряд, а левое крыло – третий. Таким образом, жертвуя центром, карфагенские флотоводцы сосредоточили против конвоя превосходящие силы. Однако в результате продолжительного боя корабли Гамилькара не выдержали натиска римлян, которые применили абордажные мостики и взяли несколько кораблей. Когда главные силы карфагенян отступили, консулы поторопились на помощь арьергарду, ибо четвертый отряд с трудом держался против Ганнона, а третий был прижат к берегу. Прибытие консулов привело к победе. Римляне заставили Ганнона бежать, а левое крыло окружили и почти полностью захватили. Они потеряли 24 судна, 10 000 раненых и убитых. У карфагенян было потоплено 30 судов, 64 взято в плен, они потеряли 40 000 убитых и пленных.