Несколько раньше, когда первый консул после процедуры подписания конкордата в том же соборе Парижской Богоматери с папой Пием VII 15 июля 1801 года обратился к стоявшему рядом Бернадоту с вопросом: "Не правда ли, всё сегодня, кажется, восстановлено в соответствии со старым порядком?", то вряд ли ожидал услышать из уст Бернадота очередную дерзость: "Да, гражданин консул, всё, кажется, восстановлено в соответствии со старым порядком, кроме тех двух миллионов французов, которые погибли за свободу и которых уже не воскресить".
Дельма собрал единомышленников — генералов Лекурба, Доннадье и др. и на первой торжественной службе в соборе Парижской Богоматери собирался обсудить с ними возможности покушения на Наполеона. На этом летучем совещании присутствовал и Бернадот. Он высказался там за смещение первого консула, но против его убийства. Согласно более поздним заявлениям Бернадота, он якобы в этот день предлагал генералам Ожеро, Массена и Макдональду арестовать Наполеона во время богослужения, лишить его власти на основании параграфа конституции, запрещавшего французам исполнение официальных функций в других странах, и выслать его в Италию. (Накануне Наполеон был избран президентом Итальянской республики и, значит, не мог оставаться первым консулом Франции.) Бернадот предлагал учредить директорию из трёх членов, в которую должны были войти он с Моро. По пути в собор Парижской Богоматери он якобы остановил кареты генералов и сделал им это предложение, но никто из них так и не вышел из своих карет.
Мимо Фуше, а значит, и Наполеона эти разговоры не прошли.
Генерал Моро, не явившийся на праздник подписания конкордата и надевший своей собаке кружевной воротник (с намёком на папу Пия VII) дорого заплатил за своё диссидентство. Даву, ставший начальником ещё одной тайной службы, приказал арестовать ближайших помощников Моро и обвинил их в участии в покушении на Наполеона. Скоро наступила очередь и самого Моро.
Недовольство конкордатом и диктаторскими замашками первого консула проявлялось не только среди военных, но и в первую очередь в среде интеллектуалов, депутатов, сенаторов и чиновников, но их голосов не было слышно, потому что они боялись и пикнуть при Наполеоне. В этот период Бернадот стал постоянным участником вечеров в салонах мадам де Сталь и Рекамье, где собирались оппозиционные к Консульству элементы.
Время до весны 1804 года Бернадот, ожесточённый немилостью Наполеона и подавленный бездельем, провёл в Париже, на курортах или в своём имении Лягранж. Полиция Фуше ходила за ним по пятам и составляла отчёты о его совместных с Массена, Моро, Макдональдом и Ожеро интригах. Любой его контакт с официальным лицом, депутатом или сенатором рассматривался правящим режимом под углом зрения неблагонадёжности. Тем не менее Наполеон пока не трогал строптивого беарнца и утешал его (и вероятно, себя) тем, что непременно найдёт ему новое дело.
Неудачу с луизианским губернаторством Наполеон накануне 1803 года решил компенсировать заманчивым предложением занять пост французского посла в Вашингтоне, чтобы завершить начатые там переговоры с президентом Джефферсоном. И 21 января 1803 года состоялось официальное назначение Бернадота послом в США. Вашингтон не шёл ни в какое сравнение с чопорной и враждебной Веной, и Бернадот с энтузиазмом стал готовиться к командировке. 19 апреля 1803 года он, сопровождаемый женой и сыном, а также адъютантом полковником Жераром, прибыл в порт Рошель, чтобы взойти на борт фрегата, отправлявшегося в Америку. Когда начали грузить багаж, из Парижа по телеграфу пришло указание о том, чтобы фрегат вышел в море для выполнения более важного задания, а Бернадоту и его семье предлагалось воспользоваться другим судном. Другое судно — тоже фрегат — стояло в доке и ремонтировалось. Пока шёл ремонт фрегата, Англия 16 мая 1803 года объявила Франции войну, и английский флот плотно блокировал морские коммуникации Франции. Пересекать Атлантический океан при полном господстве английского флота было рискованно, а Бернадоту, хоть и хотелось удалиться подальше от Наполеона, но проводить свои дни в качестве английского пленника в Тауэре или другой британской тюрьме не хотелось. На дипломатической карьере генерала снова был поставлен жирный — теперь окончательный — крест. Он сложил с себя посольские полномочия и, к величайшему разочарованию Наполеона, вернулся в Париж. Там ему вернули генеральское жалованье, но армии не давали. Бернадот продал свой дом на рю Цизальпин и в предместьях столицы купил имение Лягранж.
1802–1803 годы, по мнению А. Палмера, были самыми опасными в жизни и карьере Бернадота. Наполеон был рассержен в очередной раз — теперь его отказом отплыть к месту назначения в США. Арестовали и отправили в ссылку генерала Моро. Генерал, по своим взглядам республиканец, слишком долго, как и Бернадот, оглядывался по сторонам, чтобы наконец на что-то решиться, а когда настало время действовать, то вокруг оказались лишь роялисты — сторонников Республики всех ликвидировали, и их можно было пересчитать по пальцам.
А роялисты, поднявшие головы после объявления Англией войны и разжигания восстания шуанов в Вандее, вновь представляли определённую силу. У Моро, пишет Венкер-Вильдберг, не хватило силы поднять знамя республики, и он оказался невольным трабантом в лагере роялистов. Моро нехотя, как бы вслепую, вступил в контакт с Жоржем Кадудалем и прибывшим из эмиграции кабинетным генералом Пишегрю, которые на деньги графа-эмигранта Артуа готовили покушение на Наполеона. Полиции Фуше удалось выследить и поймать и Пишегрю, и вождя шуанов Кададуля, а потом вслед за ними арестовали Моро и ещё дюжину роялистских фрондёров. Бернадот, который, как мы уже упоминали выше, предлагал Моро вернуть Францию к состоянию до 18 брюмера и употребил всё свое красноречие, чтобы втянуть в переворот нерешительного и лабильного Моро, теперь и сам оказался замешанным в роялистский заговор.
После раскрытия заговора Пишегрю Наполеон хотел непременно разделаться со всей старой генеральской гвардией, включая и "гражданина Бернадота", и только вмешательство Жозефа Наполеона снова отвело от него беду. Д. Сьюард пишет по этому поводу: "Не оставляет никакого сомнения тот факт, что Бернадот был причастен к наговору, но получил помилование исключительно ради Дезире". Хорошо осведомлённый Жозеф снова оказался верным другом и искренним родственником! Что сталось бы с Бернадотом, не будь над его головой охраняющей длани свояка?
Согласно Венкер-Вильдбергу, разочарованный нерешительностью коллег-заговорщиков, Бернадот якобы успел вовремя отойти в сторону, но зато его супруга Дезире якобы проговорилась о заговоре первому консулу. Впрочем, замечает историк, Наполеон, благодаря Фуше, и без неё находился в курсе событий. Кадудаля казнили, Пишегрю покончил с собой в тюрьме, а Моро отправили в ссылку в Америку. Бернадот, благодаря семейным связям, снова остался целым и невредимым, но без работы. В это же время за несогласие с первым консулом был отправлен в почётную ссылку в Италию его брат Люсьен (позже брат эмигрирует в США). Первый консул в каждом из своих бывших коллег видел теперь соперника или заговорщика и дал полную волю полицейским ищейкам всех трёх служб: Фуше, Савари и Даву.
Опять для Бернадота наступил период безделья, и опять в дело вмешался сердобольный свояк Жозеф. Как вспоминал потом сам Бернадот уже в качестве шведского короля Карла XIV Юхана, "Бонапарт не был склонен к мести, и когда он, для усиления собственной власти, высказал пожелание крепить семейные узы, мир снова восстановился. Когда же Бернадот появился в Тюильри, то встретил там, как человек с талантами к великим делам, дружеское расположение, хотя и постоянно мучился от неудовлетворённого честолюбия… Между тем Бонапарт сказал своему брату, что к причудам Бернадота следовало относиться более снисходительно". Вряд ли так благодушно рассуждал наш герой в описываемое им самим время! Но какие бы строки в свои мемуары ни вписывал король Швеции, нужно наконец признаться, что Наполеон и в самом деле проявил по отношению к нему максимум великодушия, терпения, семейного снисхождения и благожелательства.
