Люсьен Бонапарт в своих мемуарах (со слов брата Жозефа) описывает беседу, которую в это время первый консул имел со старшим братом Жозефом. Жозеф пришёл убедить Наполеона в том, что Бернадот — умный и порядочный человек и что ему следовало бы подыскать какое-нибудь подходящее занятие.

— Так-так-так, — произнёс первый консул, — если эта дурная южная голова не прекратит осыпать моё правительство упрёками, то вместо какого-нибудь назначения, о котором он ходатайствует, я прикажу его расстрелять на площади Каррузель.

— Вы хотите, чтобы я с этим пошёл к нему? — спросил Жозеф.

— Нет, — уже более благодушно сказал Наполеон, — это совет, который я даю вам, его другу и свояку, чтобы вы посоветовали ему вести себя поумней и осторожней.

Жозеф пожал плечами, пошёл к Бернадоту и пересказал свой разговор с братом. Занесённый над головой меч снова просвистел мимо. Угрозы со стороны диктатора были всего лишь словами, и посягнуть на жизнь Бернадота он не смел. Но отношения между соперниками от этого лучше не стали.

В июне 1802 года первый консул предложил Бернадоту пост губернатора и главнокомандующего французскими войсками в Луизиане, уступленной Франции по миру с Испанией в мае 1801 года, и Бернадот немедленно это предложение принял. Он понимал, что Наполеон избавлялся от него, но это было лучшее из того, на что он мог рассчитывать в своём положении, и с энтузиазмом взялся за подготовку к отъезду А. Блумберг пишет, что генерал всё ещё питал надежду на то, что таким образом ему удастся уйти из-под властной опеки первого консула. Бернадот потребовал выделить ему для отправки в колонию 6000 солдат, которых он намеревался содержать в Луизиане за счёт местных и собственных средств в течение двух лет. Наполеон это требование отклонил, и Бернадот, обиженный отказом, уехал с женой лечиться и отдыхать на воды в Пломбьер. В августе 1802 года в Луизиану уехал генерал Виктор, а потом начались дела с разоблачением антиправительственного заговора в Западной армии.

Летом 1802 года в штабе бывшей Западной армии, офицеры которой проявляли недовольство её роспуском, Амьенским миром с Англией, подписанием конкордата и вообще политикой Наполеона, полиция раскрыла агитационный центр, который выпускал памфлеты с критикой Наполеона. Памфлеты, выходившие в красно-синих обложках, называли первого консула тираном, узурпатором и дезертиром. Савари, шеф личной полиции Наполеона, как гончая, почуявшая добычу, набросился на это дело, надеясь снова добыть улики против Бернадота. Включился в поиски врагов консула и старый друг Бернадота генерал Даву, которого Наполеон сделал шефом ещё одной секретной полиции, наделив его самыми широкими полномочиями.

А началось всё с того, что в адреса военных в мае стали поступать брошюры, вложенные в красно-синие конверты. Брошюры содержали материал с призывом свергнуть диктатора Наполеона, и их получил даже военный министр Бертье. Когда об этом доложили первому консулу, тот дал приказ начать секретное расследование, которое вёл сначала парижский префект Лют Дюбуа. Неожиданно в парижскую полицию с заявлением пришла молодая женщина, которая рассказала, что её любовник капитан Огюст Рапатель и адъютант генерала Симона, находившийся в Париже в отпуске, получил из Ренна целую пачку красно-синих брошюр. За расследование взялся также префект Ренна Мунье, и поскольку Рапатель был родственником генерала Моро, то Мунье тут же взял его на подозрение. Министр полиции Жозеф Фуше, симпатизировавший в этот момент якобинцам, с самого начала выдвинул версию о том, что к памфлетам причастны роялисты, подделавшиеся под стиль якобинцев, и начал собственное параллельное расследование в Сен-Мало (Бретань).

Скоро, однако, Мунье удалось выйти на след типографии, отпечатавшей брошюры, а также на человека, отправившего пачку с брошюрами капитану Рапателю в Париж. Последовали аресты, среди которых оказались два адъютанта Бернадота — Фуркар и Марбо — и младший лейтенант Бертран, ответственный в армии за почтовую связь, а значит, и за т. н. чёрный кабинет. Лейтенант успел сжечь все уликовые бумаги, и подозрение Мунье стало концентрироваться на генерале Симоне. Префекту удалось так обработать генерала, что тот был вынужден назвать автором двух памфлетов себя, а в сочинении третьего антинаполеоновского опуса был вынужден сознаться Бертран. Оба офицера категорически утверждали, что никакие другие люди в заговоре не участвовали.

К делу о памфлетах в Западной армии прибавилось ещё дело 82-й полубригады, которая взбунтовалась и отказалась отправляться в Индию. Во время бунта офицеры полубригады, в частности полковник Пиното и командир батальона Мюллер, довольно резко высказывались против диктатора Наполеона.

Виновных отправили в ссылку. Бертран скоро умер в Кайенне, а генерала Симона помиловали и перевели на о-в Олерон. Потом ему разрешили поселиться у себя на родине, а в 1809 году он вернулся на активную службу в армию. Фуркар и Морбо вышли из дела сухими, поскольку к "заговору" они оказались не причастны. Бернадот демонстративно не выступил на их защиту и на их арест дал формальное согласие.

Многие исследователи не сомневаются в том, что Бернадот был главным организатором дела с сочинением и распространением брошюр среди военных. Все арестованные по обоим делам офицеры были близки к нему и пользовались его полным доверием. Владелец злосчастной типографии, ссылаясь на рассказ Бертрана, показал на следствии, что Пиното, вернувшись из поездки в Париж, привёз с собой приказ о начале заговора, во главе которого стоял Бернадот. При этом он и понятия не имел о том, кто такие были Пиното и Бернадот.

Т. Хёйер и в данном случае снова очищает Бернадота от всяких подозрений. Саму идею заподозрить его в участии в этой весьма невинной и неуклюжей акции историк считает абсурдной. К такому же выводу в 1921 году пришёл французский историк Ф. Массон. И в самом деле: неужели опытный генерал, находившийся в верхнем эшелоне власти, отличавшийся чрезвычайной осторожностью (вспомним его поведение во время фрюктидора и брюмера) рискнул бы своей карьерой и будущим ради участия в какой-то гимназической шалости с рассылкой конвертов в адреса известных генералов, включая самого Бертье? Наш герой был очень осторожным человеком и на подобную бы авантюру не пошёл. Бернадоту можно было бы только вменить в вину то, что он вокруг себя создал такую моральную обстановку, которая в конечном итоге сделала возможным выступление Симона-Бертрана.

Сам Бернадот вспоминал, что в момент "заговора" Симона-Бертрана он готовил в Париже базу для конституционного свержения первого консула, так что ничего не ведавший об этом Симон своими неразумными действиями лишь сорвал этот замечательный замысел. В 1833 году Карл XIV Юхан дополнил свою версию новыми деталями, сообщив в своих "Записках о конкордате", что Симон стал жертвой полицейской провокации, целью которой была дискредитация Бернадота. Т. Хёйер считает это объяснение короля вполне достоверным.

Фрондёрство Бернадота продолжилось и в атмосфере "семейного единения", и основания для недовольства Бернадотом у Наполеона были достаточно веские. 18 апреля 1802 года Франция праздновала подписание Амьенского мира и заключение с Ватиканом т. н. конкордата, по которому в стране возобновляла свою деятельность католическая церковь. Заключение конкордата было воспринято как в стране, так и в непосредственном окружении Наполеона неоднозначно. Многим соратникам Наполеона ещё были памятны реакционеры в сутанах, и примирительный по отношению к церкви шаг они считали самоубийственным. Наиболее ярыми противниками конкордата были генералы. После заключительной молитвы Те Deum в соборе Парижской Богоматери генерал Дельма подошёл к первому консулу и бросил ему прямо в лицо такие слова: "Прекрасная капуцинада — не хватает только миллиона людей, которые положили свои жизни на уничтожение того, что Вы сегодня восстанавливаете".