В 1803 году после многочисленных попыток законопроект о реформе медицинского образования и врачебного сословия наконец-то был принят. Однако закон был урезан и уступал более прогрессивным планам Гийотена. Лишь в 1891 году, спустя 100 лет после предложения Гийотена, реформа была проведена, причем она соответствовала в общих чертах его требованиям относительно организации преподавания и клинического обучения медицине.

После закрытия Национального собрания Гийотен примкнул к клубу фельянов, более умеренным членам якобинского клуба, который был основан в 1791 году; фельяны стремились к конституционной монархии. С закрытием в 1791 году Национального собрания закончилась в основном и политическая деятельность Гийотена.

Перейдем непосредственно к той стороне деятельности Гийотена, которая в силу рокового недоразумения создала ему одиозное имя. Исходя из благородного стремления уничтожить укоренившиеся в государстве злоупотребления и реализовать начала равенства перед законом, Гийотен выступил в знаменитом заседании 1 декабря 1789 года с декларацией прав человека, давшей повод к изобретению слова «гильотина». В то время обсуждался новый уголовный кодекс и вопросы исполнения наказаний. Гийотен выступил ярым защитником равенства наказаний для всех осужденных без различия ранга и состояния. При старом режиме дворянин пользовался исключительной привилегией, если его приговаривали к смерти, то обезглавливали. Казнь посредством обезглавливания считалась более благородной, чем колесование, виселица и т. п., предназначавшиеся для простых смертных и носившие обесчещивающий характер. Добавим, что колесование и повешение влекли за собой позор не только для осужденного, но и для всей его семьи, между тем как обезглавливание никак не отражалось на семье казненного дворянина. Принятый в 1789 году принцип равенства всех перед законом повлек за собою, естественно, и равенство перед наказанием, которое должно варьироваться сообразно преступлению, а не общественному положению осужденного.

10 октября 1789 года Гийотен предложил Национальному собранию установить равенство казней для всех, а равно укорачивать страдания осужденного. Первого декабря он защищал свои предложения, и они были приняты с большим энтузиазмом. Национальное собрание вотировало следующие 4 статьи, предложенные Гийотеном: 1) об установлении однообразного способа казни, независимо от принадлежности осужденного к тому или другому сословию; 2) о запрещении конфискации имущества казненных; 3) о выдаче семье тела казненного для погребения; 4) о запрещении упоминать в метрическом свидетельстве о казни, так как провозглашен принцип, что на семью не должен ложиться позор. Помимо этих предложений Гийотен, исходя из принципов гуманности, особенно настаивал на необходимости избавлять осужденного от медлительности, нерешительности и неловкости палачей; он предложил производить обезглавливание машиной. Во время прений Гийотен, отвечая на возражения, неосторожно воскликнул: «При помощи моей машины я в одно мгновение отрублю вам голову без малейших страданий с вашей стороны». Неосторожное выражение, за которым последовал взрыв смеха, оказалось роковым для имени Гийотена.

Употребив выражение «моя машина», Гийотен оговорился. Он хотел лишь сказать, что машину нужно будет ввести в употребление. Сам он не высказывал никакого плана подобного аппарата. Гийотен высказался лишь за обезглавливание посредством механического приспособления, ибо подобные инструменты давным-давно, в Средние века, использовались в Италии, Шотландии, Германии и самой Франции. Существует старинная немецкая гравюра, изображающая обезглавливание посредством подобного рода. Она относится к 1555 году. На ней изображена казнь орудием, называемым «mannaja». Однако его восклицание послужило неистощимой темой для шуток: инструмент, еще не изобретенный, был уже задолго окрещен в роялистском журнале именем «гильотина». Вначале гильотина носила другие названия: «Louisette» (по имени хирурга Луи) и «Mirabelle» (от Мирабо).

Итак, Гийотен действительно первым предложил Национальному собранию введение механического обезглавливания, но орудие для этой цели изобрели другие. За содействием в этом вопросе Национальное собрание обратилось к постоянному секретарю Хирургической академии (с 1764 г.) доктору Антуану Луи (Louis, 1723–1792), известному своими научными трудами по хирургии. Предполагалось, что если он умеет «резать» человека с целью сохранить ему жизнь, то, весьма вероятно, сможет придумать и нечто, быстро ее отнимающую. Профессор Луи обратился к немецкому механику и фортепьянному мастеру Тобиасу Шмидту, который по его чертежам построил гильотину.

17 апреля 1792 года в 10 часов утра произвели первое испытание машины. На маленьком дворе тюрьмы Бисетр присутствовали врачи: Пинель, Кабанис, Гийотен, хирурги Луи и Кульерье (принимавший самое активное участие в изготовлении машины), руководство тюрьмы, прокурор-синдик Парижской коммуны, многие члены Национального собрания и т. д. Потомственный палач Сансон положил труп умершего в тюрьме заключенного на то место, куда упадет нож, и нажал кнопку, соединенную веревкой с ножом, который опустился с быстротой мысли. Пока зрители поздравляли двух медиков, изобретение которых делало смертную казнь более быстрой и менее мучительной, старик Сансон прозорливо заметил: «Прекрасное изобретение, только бы им не злоупотребляли, благодаря легкому способу убивать людей». Изобретенным механизмом первая казнь была совершена 25 апреля 1792 года на Гревской площади. Жертвой стал убийца Польтье.

После закрытия Национального собрания Гийотен оставил политическую деятельность и предался врачебной практике. Он открыто порицал революционные эксцессы, решительно выказывал антипатию к виновникам террора. Гийотен старался защищать жертвы террора. Так, в интересах своих друзей, преследуемых революционерами, обращался с просьбами к коллеге Марату, но тщетно, тот был непреклонен. По словам Soucerotte, Гийотен доставлял жертвам террора яд, который освобождал их, по крайней мере, от мук эшафота. Неудивительно, что при таком отношении Гийотен сам попал в немилость и угодил в тюрьму. 8 октября 1795 года был выдан ордер на арест доктора Гийотена. Ордер можно встретить в музее парижской префектуры полиции. Он сам едва не стал жертвой того орудия, идею о котором внушило ему чувство человеколюбия. Спасло его от смерти 27 июля 1794 года – день падения Робеспьера.

Освобожденный из тюремных застенков, он снова занялся врачебной практикой и добился статуса «Médicin de bienfaisance de la Halle de blé». Огромная заслуга Гийотена в том, что он занялся объединением врачей оставшихся от расформированного революцией прежнего медицинского факультета, а также докторов других факультетов и основал Свободное ученое общество (cerle médical), задача которого заключалась в совместной работе на благо медицины и для поддержки достоинства врачебного сословия. Это Свободное медицинское общество явилось колыбелью современной Академии медицины. Нельзя не сказать и о том, что Гийотен был ревностным защитником Дженнеровского оспопрививания; он был избран председателем вновь образованного французского комитета для распространения нового метода и немало содействовал развитию оспопрививания во Франции.

Жозеф Гийотен своей общественной деятельностью, стремлением к медицинским реформам значительно содействовал прогрессу врачей и клинической медицины в целом. Он остался жив вопреки диким бурям своего времени и скончался не на гильотине, как многие его коллеги, а от банального карбункула. Это произошло 26 марта 1814 года на 67-м году жизни.

Жан-Поль Марат известен как выдающийся деятель Французской революции, вождь якобинцев, блистательный оратор, замечательный писатель. Мало кто знает, что он был великолепным врачом, ученым-физиком. Его отец Жан-Батист Мара, католический священник, предки которого были выходцами из Испании, в 1740 году переселился из Сардинии в Швейцарию и перешел из лона католической церкви в протестантизм. Но не для того, чтобы из аббата превратиться в пастора, а чтобы стать художником и рисовальщиком на фабрике, производящей ситец. На этом его превращения не заканчиваются, далее он занялся химией, стал учителем языков, наконец, медиком. Тогда же, в 1740 году, он женился на дочери ремесленника Луизе Каброль из французской протестантской семьи, вынужденной из-за религиозных преследований покинуть Лангедок, то есть южную Францию.