Ремонт автотракторной техники осуществлялся заводами промышленности, Народного комиссариата обороны и предприятиями ВМФ. Другие службы флота также имели свои производственные предприятия, которые ремонтировали средства связи, радиолокации, гидроакустики, навигационное и гидрографическое имущество, оборудование топливных складов, кухонь и камбузов, медицинское имущество.

В целом в ходе войны заводы и специализированные ремонтные предприятия промышленности, а также предприятия Наркоматов судостроительной промышленности и Военно-Морского Флота выполнили большой объем ремонтных работ. Ежегодно на ремонте кораблей, вооружения и техники было занято около 23 тыс. рабочих. Рабочие и инженерно-технический персонал ремонтных предприятий ввели в строй большое количество боевых кораблей и различной техники, поврежденной в ходе боевых действий.

Инженерное оборудование морских театров военных действий в годы войны требовало больших сил и средств, несмотря на то что оно велось в ограниченных по сравнению с довоенным периодом масштабах. В 1941–1942 гг. в основном осуществлялось оборонительное строительство (сооружение береговых и зенитных батарей, оборонительных рубежей на подступах к военно-морским базам, противодесантной обороны). К этим работам широко привлекался личный состав частей и учреждений, гражданское население. Оборонительные рубежи под Севастополем позволили силами и средствами Черноморского флота задержать противника до подхода соединений и частей Приморской армии и подкреплений с Северо-Кавказского фронта. Они сыграли важную роль в ходе восьмимесячной героической обороны города.

В 1943 г. объем оборонительного строительства на флотах стал снижаться. Главное место заняло капитальное строительство на военно-морских базах. Если в 1942 г. оно составляло 18 процентов общего объема инженерных работ, то в 1945 г. достигло 58,6 процента. В общем объеме капитального строительства основное место занимало аэродромное. Остальные виды строительства (жилищное, складское) были сокращены, а в гаванях в основном ремонтировали гидротехнические сооружения.

В 1944–1945 гг. строительные работы были направлены на более широкое обеспечение боевой деятельности флотов и флотилий, усиление инженерного оборудования театров военных действий, развертывание восстановительных работ в освобожденных базах, усиление складского строительства.

В период войны важное значение приобрело инженерное обеспечение десантных операций, обороны военно-морских баз, наступательных операций сухопутных войск на приморских направлениях, боевых действий речных флотилий. При обороне военно-морских баз усиленно строились оборонительные рубежи сухопутных войск, различного рода убежища и укрытия. Инженерное обеспечение десантных операций включало оборудование пунктов посадки, десантных и высадочных средств, пунктов высадки и обеспечение действий десанта на берегу. В операциях по содействию наступающим сухопутным войскам основное внимание уделялось оборудованию пунктов маневренного базирования и быстрому восстановлению минимума объектов в освобожденных базах. В инженерном обеспечении речных флотилий наряду с оборудованием баз и обеспечением боевых действий необходимо было осуществить оперативный маневр речных кораблей с одного речного театра военных действий на другой и между оперативными направлениями (подъем и спуск катеров, размывка перекатов, ликвидация заграждений на реке).

В связи с возрастанием воздушной угрозы потребовалось рассредоточение важных объектов военно-морских баз и их тыла, особенно пунктов стоянки кораблей, судоремонта, аэродромов, запасов материальных средств. Все это было связано с выполнением большого объема инженерных работ.

Передача в состав Наркомата ВМФ ЭПРОНа позволила создать на флотах и флотилиях полноценную аварийно-спасательную службу. Одновременно с этим на Наркомат ВМФ были возложены все обязанности, которые выполнял ЭПРОН: аварийно-спасательное обеспечение всех заинтересованных организаций, подъем затонувших кораблей и судов, различные подводно-технические работы. Последние два вида работ занимали большой процент в общем объеме деятельности аварийно-спасательной службы, особенно в 1943–1945 гг. — в связи с освобождением и восстановлением военно-морских баз.

Аварийно-спасательное обеспечение в операциях осуществлялось по планам штаба флота (военно-морской базы). Его основной задачей являлись мероприятия по спасению и оказанию помощи аварийным кораблям и судам, их личному составу. Обычно спасательные суда на период операции находились в повышенной готовности в военно-морских базах или на подходах к ним. В отдельных случаях они включались в состав отрядов боевых кораблей или обеспечивающих групп. Там, где не было или недоставало современных спасательных судов и служба была не в состоянии организовать спасательные работы непосредственно в районах боевых действий сил флота, она выполняла их на подходах к военно-морским базам, у своего побережья и в базах. Оказание помощи аварийным кораблям и судам вдали от военно-морских баз, в открытом море организовывалось командирами соединений в порядке взаимопомощи.

Аварийно-спасательной службой принимались также меры к спасению экипажей сбитых и севших на воду самолетов. С этой целью надводные корабли, подводные лодки и гидросамолеты дежурили на маршрутах перелета и возвращения самолетов.

Важнейшей задачей аварийно-спасательной службы был подъем и спасение затонувших кораблей. За время войны аварийно-спасательная служба подняла 2780 кораблей и судов, спасла и сняла с мели 2000 кораблей и судов, выполнила подводно-технических работ на 102 млн. руб. Недостаточным оказалось аварийно-спасательное обеспечение подводных лодок в районах их действий и на переходе морем. Имелись лишь отдельные случаи оказания помощи аварийным подводным лодкам другими подводными лодками, действовавшими в соседних районах или специально посланными из баз.

Одним из важных мероприятий, выполненных аварийно-спасательной службой в годы войны, явилась прокладка трубопровода через Ладожское озеро (Кобона — Осиновец) в 1942 г. для подачи горючего в Ленинград. Эта задача выполнялась совместно с инженерными войсками и органами тыла Ленинградского фронта. Работы велись круглосуточно, в сложной обстановке. Укладка трубопровода протяженностью 29,8 км заняла всего лишь 14 дней. Водолазы и другие специалисты аварийно-спасательной службы самоотверженно трудились также при восстановлении портов, мостов, гидротехнических сооружений. Своим героическим трудом они внесли весомый вклад в дело восстановления народного хозяйства освобожденных районов страны. Аварийно-спасательная служба работала на хозрасчете. Она принесла государству значительный доход.

Медицинская служба ВМФ (начальник Медико-санитарного управления генерал Ф. Ф. Андреев) в годы войны решала свои задачи в тесном взаимодействии с медицинской службой Советской Армии. Медицинская служба флотов и флотилий тесно взаимодействовала с медицинской службой фронтов и армий, оказывая взаимную помощь в эвакуации и лечении раненых и больных, особенно в совместных операциях на приморских направлениях и в ходе обороны военно-морских баз. Для эвакуации раненых наряду с госпитальными и санитарно-транспортными судами широко использовались катера и мелкие вспомогательные суда (мотоботы и другие), а также боевые корабли, подводные лодки и самолеты. В течение всей войны морем было эвакуировано около 640 тыс. раненых и больных из состава сухопутных войск и сил флотов (флотилий).

Ввиду большой загруженности ранеными госпиталей Наркомздрава и госпитальных баз Советской Армии в системе медицинской службы ВМФ в годы войны в Кирове, Тбилиси, Баку и других городах были сформированы свои тыловые госпитали. На некоторых флотах лечение раненых осуществлялось во флотских госпиталях до полного выздоровления.