Реалистическая оценка отношения среднего крестьянина к Советской власти позволила резко изменить политику по отношению к «справному мужику». На съезде было признано необходимым смягчить чрезвычайный налог и оказать середняку финансовую и материально-техническую помощь: снабжать его продукцией городской промышленности и в особенности орудиями труда, машинами, семенами, удобрениями, различными материалами. Курс на союз с середняком сыграл решающую роль в Гражданской войне, существенно укрепив позиции Советской власти среди основного населения России.

Съезд вновь избрал Сталина в состав ЦК, а на заседании ЦК 25 марта Сталин был избран в созданные тогда же высшие органы управления партией– Политбюро (члены– Л.Б.Каменев, Н.Н. Крестинский, В.И.Ленин, И.В.Сталин, Л.Д.Троцкий; кандидаты– Н.И.Бухарин, Г.Е. Зиновьев, М.И. Калинин) и Оргбюро (А.Г. Белобородое, Н.Н. Крестинский, Л.П.Серебряков, И.В.Сталин, Е.Д.Стасова; кандидат – М.К. Муранов).

Через пять дней, 30 марта 1919 года, постановлением ВЦИК Сталин был утвержден народным комиссаром государственного контроля. Предложения, которые выдвинули Сталин и Дзержинский в ходе анализа «пермской катастрофы», легли в основу проекта декрета о реорганизации государственного контроля, с которым Сталин выступил 3 апреля 1919 года на заседании Совнаркома. Таким образом, после VIII съезда партии Сталин помимо новых обязанностей в партийном руководстве, стал руководителем двух наркоматов в Советском правительстве.

Сталин энергично принялся за организацию системы государственного контроля. Внимательно изучив работу наркомата, он реорганизовал его структуру, уменьшив число отделов с 25 до 11. При этом руководство военно-морским отделом он взял на себя лично. 9 апреля Сталин выступил на заседании ВЦИК с докладом о реорганизации государственного контроля, а 30 апреля подписал извещение «Всем гражданам Советской Республики» о создании бюро жалоб и заявлений при Народном комиссариате государственного контроля. 5 мая он уже представил первые плоды своей деятельности Совету обороны, выступив с докладом об итогах ревизии советских учреждений. Так в разгар разрушительной междоусобной войны Сталин предпринимал попытки навести порядок на фронтах и в тылу Советской России.

Вскоре новое обострение военной обстановки потребовало отзыва Сталина из Москвы на фронт. К весне 1919 года 8500 км фронтов республики защищали 381,5 тысячи бойцов Красной Армии, имевших на вооружении 6561 пулемет и 1697 орудий. Столь малочисленные и слабые силы не позволяли обеспечить достаточную оборону на большей части линии фронта, и поэтому практически на любом его участке противник, сосредоточив даже сравнительно небольшие силы, мог прорваться в глубь советской территории. 13 мая 1919 года генерал Н.Н. Юденич, командовавший Северным корпусом (6 тысяч штыков и сабель), при поддержке 1-й эстонской дивизии (6 тысяч штыков) и английской эскадры под командованием адмирала Коуэна, начал наступление на Нарву. Одновременно на Гдов шел отряд Булак-Булаховича, а западнее Пскова подступала 2-я эстонская дивизия. На Петрозаводско-Олонецком направлении активизировались белые отряды, в которых, помимо бывших царских офицеров, сражались финны, англичане, канадцы, сербы, поляки.

Этим силам противостояла 7-я армия красных (15,5 тысячи штыков и сабель), фронт которой был растянут от Онежского до Чудского озеpa. Поэтому неудивительно, что белые части без труда смогли прорвать оборону Красной Армии, овладеть в мае Ямбургом, Гдовом, Псковом и приблизиться к Петрограду. Руководитель Петроградской партийной организации Г.Е. Зиновьев поспешил отдать приказ об эвакуации ее из Петрограда. 17 мая ЦК партии и Совет обороны приняли решение направить Сталина на Петроградский фронт. Сразу же по прибытии в Петроград 19 мая Сталин провел совещание с главкомом, командующим Западным фронтом и командующим 7-й армией о положении на фронте.

По распоряжению Сталина в Петрограде 19 мая 1919 года была проведена мобилизация трудящихся в возрасте от 18 до 40 лет, в ходе которой в армию было зачислено 13 тысяч человек. В отличие от Гражданской войны в Отечественную во время наступления немцев на Ленинград в 1941 году только добровольцами на фронт пошло более 300 тысяч ленинградцев, не считая тех, кто был мобилизован. Совершенно очевидно, что Гражданская война не вызвала такого отклика в сердцах большинства населения страны. Впрочем, не получили массовой поддержки и белые части, наступавшие на Петроград. Сталин имел основания говорить, что у белых армий не было людских резервов и они могли рассчитывать лишь на помощь Эстонии и Финляндии.

Правда, он полагал, что «противник рассчитывал… не столько на свои собственные силы, сколько на силы своих сторонников – белогвардейцев в тылу у наших войск, в Петрограде и на фронтах». В своей беседе с корреспондентом «Правды» Сталин утверждал, что Юденич надеялся на «продажную часть русского офицерства, забывшую Россию, потерявшую честь и готовую перекинуться на сторону врагов рабоче-крестьянской России», «обиженных петроградским пролетариатом бывших людей, буржуа и помещиков», «проживавших в Питере так называемые посольства буржуазных государств (французское, швейцарское, греческое, итальянское, голландское, датское, румынское и пр.), занимавшихся финансированием белогвардейцев и шпионажем в пользу Юденича и англо-франко-финно-эстонской буржуазии».

Телеграфируя Ленину 25 мая, Сталин оптимистично оценивал способность Красной Армии отразить наступление Юденича. Хотя он и теперь просил «три пехотных полка, конечно, боеспособных» для подкрепления и возмущался тем, что «под видом полков 2-й бригады или кавалерийской бригады из Казани направляются почти пустые единицы». Сталин писал: «Нет сомнения, что дело переброски частей теперь поставлено лучше, чем месяца три назад». На сей раз он не пугал Москву угрозой прорыва белых, а успокаивал Ленина и других, поверивших паникерским сообщениям Зиновьева из Петрограда: «Можно не волноваться, так как положение на фронте стало стойким, линия фронта окрепла, а местами наши уже продвигаются». Более того, исходя из интересов государства, а не того участка, за который он отвечал, Сталин предупреждал: «Ни в коем случае не следует брать с Востфронта такое количество войск для Петроградского фронта, которое могло бы вынудить нас приостановить наступление на Востфронте».

В этом же послании Сталин возлагал большие надежды на флот. Он отвергал предложение главкома Вацетиса о сокращении флота и утверждал, что военно-морские суда способны защитить Петроград. Как всегда Сталин подкреплял свои выводы вескими аргументами и цифровыми данными.

Скоро жизнь подтвердила предварительные выводы Сталина. О том, что организаторы наступления белых рассчитывали на своих союзников в тылу Красной Армии, свидетельствовал мятеж, вспыхнувший в фортах Красная Горка и Серая Лошадь 13 июня. Возможно, что аналогичные события могли произойти и в других местах, но подобные выступления были сорваны арестами в Петрограде сотрудников бывших посольств и членов белогвардейской подпольной организации «Национальный центр».

Сталин решил возложить на флот задачу разгрома мятежников. По его приказу 13 июня в море вышли корабли Балтийского флота. Одновременно в Ораниенбауме была сформирована Береговая группа войск, ядро которой составили отряды моряков. 14 июня Сталин прибыл в Ораниенбаум и провел совещание морского и сухопутного командного состава, на котором был принят план захвата форта Красная Горка одновременным ударом с моря и суши. 15 июня наступление на мятежный форт началось. В ночь с 15 на 16 июня форт Красная Горка был взят, а через несколько часов пал и форт Серая Лошадь. Расчет Сталина на боеспособность флота и моряков оказался верным.

В письме Ленину Сталин с удовлетворением отмечал, что в споре с военно-морскими спецами относительно использования флота для штурма сухопутных крепостей он оказался прав: «Морские специалисты уверяют, что взятие Красной Армии с моря опрокидывает морскую науку. Мне остается лишь оплакивать так называемую науку. Быстрое вмешательство со стороны моей и вообще штатских в оперативные дела, доходившее до отмены приказов по морю и суше и навязывания своих собственных. Считаю своим долгом заявить, что я и впредь буду действовать таким образом, несмотря на все мое благоговение перед наукой». Как и рассчитывал Сталин, флот выдержал также неоднократные бои с английской эскадрой.