К концу года русские суда собрались в английских базах. Наиболее поврежденные были поставлены в доки на ремонт. С июля по сентябрь 1800 г. русские корабли, совместно с английскими, крейсировали в Северном море, блокируя голландские берега.

16 сентября было получено Высочайшее повеление – возвращаться в Россию. «Александру Невскому» приказано из-за ветхости идти в английский порт на соединение с эскадрой М. К. Макарова, контр-адмиралу К.Е. фон Брейеру с остальными судами идти в Россию.

В начале 1800 г. в портах Англии находились 14 кораблей («Елисавета», «Всеволод», «Мстислав», «Болеслав», «Ретвизан», «Иона», «Александр Невский», «Северный Орел», «София-Магдалина», «Св. Петр», «Европа», «Иануарий», «Михаил», «Эмгейтен»), 6 фрегатов («Счастливый», «Рига», «Рафаил», «Венус», «Николай», «Константин»), катер «Диспач» и два транспорта. Кроме них в Англии находились суда Архангелогородской эскадры, сильно пострадавшие от штормов в 1799 г.

В конце мая суда М. К. Макарова, Е. Е. Тета и К.Е. фон Брейера собрались на Портсмутском рейде: На суда начали перевозить русские войска с английских судов. Всего принято 3185 человек. Остальные войска были отправлены в июле на русских и английских судах.

Первой в Россию 5 июня ушла эскадра К.Е. фон Брейера, 25 июня она пришла в Кронштадт.

19 июня остальные суда эскадр под командованием вице-адмиралов М. К. Макарова и Е. Е. Тета покинули Англию и, зайдя в Копенгаген, 9 июля прибыли на Ревельский рейд.

Фрегаты «Рига» и «Константин» были посланы в Ла-Манш для снятия русских войск с островов Гернзей и Жирзней. 19 июня они, придя к островам, сняли 214 русских солдат. 30 июня фрегаты вышли в море, сопровождая английские транспорты с русскими войсками. В начале августа фрегаты пришли в Ревель, а затем – в Кронштадт.

В Портсмуте остались корабль «Европа» – ожидал оставшиеся войска, транспортное судно «Ландфрейнд» для погрузки артиллерии, которую англичане передавали вместо потерянной русскими войсками в Голландии. В Ширнесе для исправления повреждений стояли корабли «Ярослав», «Москва», фрегаты «Феодосий Тотемский», «Рафаил» и в Лите фрегат «Тихвинская Богородица». Все они переданы под командование вице-адмирала Б.А. Баратынского, с предписанием по готовности судов перейти немедленно в Портсмут и посадив войска следовать в Ревель.

Вице-адмирал Б. А. Баратынский в середине июля с отрядом пришел в Портсмут. Приняв на борт 700 человек войск, суда 19 июля вышли из Портсмута. С русской эскадрой шли два английских транспорта, выделенные специально для перевозки 275 человек больных. Эскадра, зайдя в Копенгаген и из-за противных ветров дважды делая остановки, вставая на якорь, 3 сентября пришла на Ревельский рейд.

Последним 3 июля Англию покинули корабль «Европа», принявший 200 человек войск и взяв под конвой транспорт «Ландфрейнд» с полевой артиллерией и 22 английских транспорта с войсками. 6 август конвой прибыл в Кронштадт.

Конец голландской экспедиции император Павел I оценил по-своему. Щедро наградив чинов флота, государь почти не дал наград сухопутным войскам. Русский флот при блокаде Голландии удачно выполнил цель, с которой был послан – оказание содействия Англии. Успех флота у берегов Голландии, как при тяжелой блокаде Текселя в условиях бурной погоды, так и в атаке крепости Гельдер, произведенной судами и десантом, по справедливости заслужили признательности государя.

На юге основным противником России в 1797–1798 гг. по-прежнему считалась Турция. В начале 1797 г. от капитанов торговых судов, приходящих в Одессу, стало известно о военных приготовлениях Турции. Их парусный и гребной флоты были приведены в довольно хорошее состояние. На многих островах в Архипелаге и на Черном море в Синопе строились новые корабли и фрегаты, а на Дунае – гребные суда. На оружейном константинопольском заводе под руководством французов изготавливались ружья по европейскому образцу, лились пушки.

Павел 4 февраля 1798 г. подписал рескрипт командующему Черноморским флотом адмиралу Н.С. Мордвинову о приведении в готовность флота на случай нападения Турции: «Господин адмирал Мордвинов! Хотя теперь мы со стороны Оттоманской Порты не видим никаких предназначений к разрыву мира и теперешние вооружения единственно клонятся к усмирению бунтующего Пасван-оглу и его сообщников, но так как французы, завладев прилежащими к Турции берегами и островами Венецианской республики и таковым средством не возбудили бы турок к действию против нас, то почему и предписывается вам по прилагаемым при сем указам привести флоты и берега наши в безопасность, дабы не могли они сюрпризировать. Впрочем, пребываем к вам благосклонны. Павел».

Одновременно император приказал вооружить 12 линейных кораблей и необходимое число фрегатов. Флот должен был находиться в готовности в Севастополе, а легкие суда направить в крейсерство около Крымских берегов.

Известие о готовящейся в Тулоне экспедиции дошло и до России. Уже 9 апреля следует Указ Павла I Ф. Ф. Ушакову о приведении в боевую готовность флота на случай появления в Черном море французской эскадры.

Из опасения, что Тулонская эскадра в соединении с турками может угрожать нашим черноморским портам, спешно была вооружена в Севастополе эскадра из семи кораблей, пяти фрегатов и четырех мелких судов под командой вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова, которому было предписано: «…не удаляясь от берегов Крыма, собирать посредством крейсеров, сведения о движении турецких и французских судов и быть готовым на случай неприятельских действий». В Петербурге еще не знали, с кем придется воевать Черноморскому флоту – с французами или турками? или с теми и другими?

Эскадра 5 мая вышла из Севастополя в крейсерство. Обойдя Таврические берега и Тендру, 15 мая она прибыла в Одессу. Затем вернулась в Севастополь. В июне эскадра вновь выходила в крейсерство.

Указ Павла I Ф. Ф. Ушакову о вступлении в бой с французской эскадрой, в случае ее появления в Черном море 13 мая 1798: «Коль скоро получите известие, что французская эскадра покусится войти в Черное море, то немедленно, сыскав оную, дать решительное сражение, и мы надеемся на ваше мужество, храбрость и искусство, что честь нашего флага соблюдена будет, разве бы оная была гораздо превосходнее нашей, в таком случае делать вам все то, что требует долг и обязанность, дабы всеми случаями вы могли воспользоваться к нанесению вреда неприятелям нашим».

В действительности, как говорилось выше, французский флот с крупным десантом готовился в это время к намеченной Египетской экспедиции под начальством Бонапарта. С целью отвлечения внимания от истинной цели экспедиции французскими агентами усиленно распространялись слухи о том, что она предназначается в том числе и в Морею.

От хозяина купеческого судна, пришедшего 17 июля в Севастополь, были получены сведения о появлении вблизи острова Кандия большого числа французских судов, направляющихся в Египет. Об этом Ф. Ф. Ушаков сразу же направил рапорт Павлу.

Угроза со стороны Франции сблизила еще совсем недавно непримиримых врагов – Россию и Турцию. Турция наравне с Россией была поражена известием о походе Бонапарта в Египет, входивший в состав Османской империи. Гнев султана не поддавался описанию. Разгневан был и российский император. Ведь в прошлом году Бонапарт уже прибрал к рукам Венецию, ее корабли и верфи на Ионических островах. Мальта, Венеция, Египет – каждое новое сделанное французами завоевание толкает Россию к союзу с Турцией. И они действительно заключают союз. Это случилось 3 января 1799 г. Мир между Россией и Турцией будет длиться восемь лет.

Но еще до того как этот союз был заключен, 25 июля 1798 г. Павел I направил указ Ф. Ф. Ушакову о выходе его с эскадрой к Дарданеллам для оказания, в случае просьбы турецкого правительства, военной помощи против французов. «По получении сего имеете вы со вверенною в команду вашу эскадрою немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей, послав предварительно авизу из легких судов к министру нашему в Константинополе господину тайному советнику Томаре, известя его, что вы имеете повеление от нас, буде Порта потребует помощи, где бы то ни было, всею вашею эскадрою содействовать с ними, и буде от министра нашего получите уведомление о требовании от Блистательной Порты вашей помощи, то имеете тотчас следовать и содействовать с турецким флотом противу французов, хотя бы то и далее Константинополя случилось».