Отступать было некуда, приходилось принять вызов врагов, которых он сам приютил в своём дворце. Как и в бою, главное — действовать на опережение. В ответ на письма Антония он сообщил, что, к сожалению, отъезд столь юного принца может послужит поводом для новых смут, поскольку в стране возникнут слухи о конфликте в царском семействе. Однако самый сильный ход был им сделан на общем собрании семей — как своей, так и жены. Царь неожиданно для всех громогласно объявил, обращаясь к Александре, что он хорошо осведомлён о её связях с Клеопатрой и её стремлении свергнуть его с престола и возвести на него с помощью Антония Аристобула. При этом, по его словам, она не сознает, что в случае успеха её незаконного замысла её дочь лишается своего почётного положения, и вообще он будет способствовать возобновлению смуты в государстве. Однако царь готов всё забыть и уступить её желанию. Поскольку Аристобул достиг 18 лет, он готов заменить ранее назначенного Первосвященником Хананиэля из рода Первосвященников и назначить на эту должность юного принца.

Как пишет Иосиф Флавий, радости Александры не было предела. Она, обливаясь слезами, стала оправдываться, доказывая, что добивалась сана Первосвященника, нисколько не думая о свержения царя с престола. Она поклялась ничего не замышлять против Ирода, во всём повиноваться ему и просила заранее извинить её, если она в чём-то нарушит свою клятву. Все закончилось радостным примирением родственников. Иосиф Флавий полагает, что всё это Ирод говорил притворно, желая ввести в заблуждение друзей и родственников. Но возможно, историк, зная последующие события, как бы реконструирует предыдущие. Полагаем, что Ирод слишком сильно любил жену и много сделал для спасения её родных, чтобы отказаться от принципа презумпции невиновности и подозревать её в отсутствии просто благих намерений.

Он честно выполнил свое обещание, передал пост Первосвященника юнцу Аристобулу, нарушив тем самым закон, по которому назначенный Первосвященник пожизненно несменяем. Тем самым он, кстати сказать, защитил его от эротических притязаний Антония, поскольку Первосвященник не имеет права покидать Храм. Однако Ирод продолжал сохранять осторожность в отношении тёщи, установив за ней наблюдение и ограничив её передвижения. Александра пришла в ярость, поскольку было задето её «женское тщеславие». Пылая новой ненавистью к зятю, она вновь тайно обращается к Клеопатре и с её помощью готовит побег. Очевидно, наблюдение за ней было не слишком строгим, поскольку Александру и её сына предполагалось вынести за стены города и донести до моря, где их будет ждать присланный Клеопатрой корабль. Всё было готово, но совершенно случайно о заговоре узнал некий Саббион, которого Ирод подозревал в участии в отравлении своего отца Антипатра. Заметим, что Ирод даже такого человека не только не подверг наказанию, но даже оставил на свободе. Этот Саббион, желая расположить царя к себе, раскрыл ему детали заговора. Ирод приказывает не мешать действиям беглецов, но в решающий момент захватить их с поличным. Когда же беглецы были пойманы и приведены к нему, царь показал своё великодушие и, скрыв свои чувства, простил их. Но, конечно, для него стало совершенно ясно, что Александра сама своими действиями сделала для Ирода и его семейства смертельно опасным врагом прежде всего своего красавца сына.

Развязка наступила скоро. В осенний веселый праздник Суккот 36 года до н.э. юный Аристобул II (его иудейское имя Ионатан) был особенно красив в своем облачении Первосвященника, и во время жертвоприношения и богослужения по ритуалу народ с восторгом приветствовал его, восхищаясь всем увиденным. Затем Ирод пригласил его на обед в свою резиденцию в Иерихоне. Там, повинуясь тяге своего возраста, юный Первосвященник стал купаться в специальных прудах-купальнях и там, как пишет Иосиф Флавий, купающиеся с ним молодые товарищи якобы шутя задержали его под водой, где он и задохнулся.

Греческий поэт К. Кавафис в таких строках описал гибель молодого красавца:

Несмотря на торжественные похороны юного Аристобула, объяснение его гибели несчастным случаем и публичную скорбь царя, версию о сознательном убийстве по его приказу юного первосвященника излагает Иосиф Флавий. Этот историк, сам принадлежавший к дому Хасмонеев, настолько в ней уверен, что прямо называет скорбь царя притворством. Однако попробуем высказать и возможные сомнения. Конечно, на первый взгляд, устранение Аристобула формально выгодно царю, но на наш взгляд, в данном случае возможно имеет место бессознательное перенесение последующих казней других его реальных или мнимых противников, включая членов его семьи, на событие, произошедшее при совершенно других обстоятельствах. Ведь, по описанию самого Иосифа, до гибели Аристобула Ирод из чувства любви к жене прилагал искренние усилия по примирению своих старых и новых родственников, тем более, что юный Первосвященник никакой самостоятельной роли не играл. Более того, гибель Аристобула в тот момент могла подвергнуть самого Ирода смертельной опасности, как это и произошло на самом деле. Царь отлично знал о дружбе его матери с Клеопатрой, обладавшей огромным влиянием на безумно влюблённого в неё Антония. У него не было при этом никаких сомнений, что египетская царица постарается использовать любую возможность завладеть его царством, считая его наследственным владением дома Птолемеев. Сегодня невозможно, конечно, провести независимое расследование, и эта история останется такой же исторической загадкой, как, например, роль Бориса Годунова в гибели царевича Дмитрия. О её обстоятельствах историки спорят уже четыре века, но вина Бориса всё же не доказана, хотя формально устранение царевича оказалось в его интересах.