По прошествии некоторого времени Микеланджело принялся за роспись второй части свода — более обширной. И на этот раз нетерпение папы было столь велико, что он едва не поссорился с Буонаротти. Микеланджело хотел на несколько дней съездить в родную Флоренцию и пошел просить у папы денег. Но тот спросил:

- Когда же ты окончишь мне капеллу?

- Как успею! —ответил Микеланджело.

- Да я сброшу тебя с подмостков! — воскликнул вспыльчивый папа и дотронулся до него своим посохом.

И тогда Микеланджело вернулся домой, привел в порядок свои дела и только приготовился уехать, как папа прислал к нему своего любимца Аккурзио с извинениями и пятьюстами дукатами. 

- Не мешало бы прибавить фигурам позолоты, — сказал папа, — а то моя капелла покажется очень бедной. 

- Те, кого я написал тут, — возразил Микеланджело, — были все люди бедные.

И никаких изменений вносить не стал.

«Потоп» является первой композицией, выполненной художником на потолке Сикстинской капеллы.

Главной идеей «Потопа» является не всемирная катастрофа, а человек со всеми его сильными и слабыми сторонами. Он показан в бесплодной борьбе со смертью, которая обрушивается на него проливным дождем с хмурого неба. Вся земля покрыта водой, только гребни гор, как маленькие островки, виднеются среди безбрежного океана. Измученные и объятые ужасом люди с пожитками поднимаются на вершину одного из таких островков в надежде на спасение. Среди них мужчины, женщины и дети. Вот жених на руках несет испуганную невесту; мать, держа на руках малыша, пытается укрыть его от разбушевавшейся стихии; рядом обезумевший от страха юноша, надеясь уцелеть, карабкается на гнущееся под порывами ветра дерево. Среди безбрежного моря воды обезумевшие и озверевшие люди борются за место в уже переполненной лодке. Справа на скале группа беженцев пытается укрыться от ливня под большим куском холста. В этой группе тоже все по-разному реагируют на происходящее. Муж с женой с покорностью смотрят на подступающую к их ногам воду; юноша, облокотившийся на бочонок, нашел забвение в вине; старик и женщина протягивают руки, чтобы помочь мужчине, несущему на своих плечах безжизненное тело сына. Вдали виден ковчег, вокруг него тоже бушуют страсти: обезумевшие от страха люди стучат в него кулаками, взывая о помощи и прося пустить их. Микеланджело изображает всех этих людей перед лицом приближающейся смерти, показывая их поведение в зависимости от их душевных сил и качеств. Несмотря на драматичность сюжета, фреска эта не оставляет чувство безнадежности и безысходности, и у зрителя как будто еще остается надежда на спасение отчаявшихся людей. 

А дальше расположена фреска «Сотворение Адама», которую некоторые искусствоведы считают едва ли не самой прекрасной композицией всей росписи. («И сотворил Бог человека по образу своему, по образу Божью сотворил его» («Книга Бытия», I, 27).

Об этом шедевре искусствовед В.Н. Лазарев писал: «Отправляясь от библейского текста, художник дает совершенно новое претворение. По бесконечному космическому пространству летит Бог-Отец, окруженный ангелами. Позади него развевается огромный, надутый, как парус, плащ, позволивший охватить все фигуры замкнутой силуэтной линией. Плавный полет Творца подчеркнут спокойно скрещенными ногами. Его правая рука, дающая жизнь неодушевленной материи, вытянута. Она почти вплотную прикасается к руке Адама, чье лежащее на земле тело постепенно приходит в движение. Эти две руки, между которыми как бы пробегает электрическая искра, оставляют незабываемое впечатление... Расположив фигуру Адама на покатой поверхности, художник как бы создает у зрителя иллюзию, будто фигура покоится на самом краю земли, за которой начинается бесконечное мировое пространство. И поэтому вдвойне выразительны эти две протянутые навстречу друг другу руки, символизирующие мир земной и мир астральный. И здесь Микеланджело великолепно использует просвет между фигурами, без которого не было бы ощущения безграничного пространства. В образе Адама художник воплотил свой идеал мужского тела, хорошо развитого, сильного и в то же время гибкого». 

Во фреске «Отделение света от тьмы» Микеланджело наделяет Бога Саваофа, борющегося с хаосом, собственной творческой страстью...

А потом последовали фрески с библейскими пророками:

«Пророк Исайя»

«Пророк Захария»

«Пророк Иона»

 и другие), а также мифологическими сивиллами:

«Дельфийская сивилла»

«Эритрейская сивилла»

и другие.

Десятки, сотни тысяч страниц написаны на множестве языков о фресках сикстинского потолка. Несметны толкования смысла, который Микеланджело хотел вложить в свои образы. Что представляли они собой по замыслу этого титана эпохи Возрождения? Некоторые исследователи полагают, что это — новое, чисто микеланджеловское толкование Библии, другие видят в его образах новое осмысление «Божественной комедии» Данте, третьи находят в них живописную поэму о восхождении человека от скотского состояния (фреска «Опьянение Ноя»)

до божественного совершенства...

Все это правильно, но ни одно толкование не исчерпывает полностью содержания знаменитых фресок Сикстинской капеллы.

Со смертью папы Юлия II Микеланджело потерял своего покровителя, покинул Рим и вернулся во Флоренцию, где на несколько лет забросил живопись и скульптуру. Новым папой был избран представитель рода Медичи — Климент VII. Во время его понтификатства войска испанского короля Карла V в мае 1527 года захватили и разгромили Рим. Когда весть об этом дошла до Флоренции, Медичи были оттуда изгнаны и была вновь восстановлена республика. Папа же, прежде всего соблюдая интересы своей семьи, срочно примирился с испанцами и подошел к Флоренции, осада которой длилась 11 месяцев. Вынужденная защищаться, Флоренция начала строить форты и башни, для возведения которых Микеланджело рисует планы. Не отказывается он от участия и в самой войне. Это было тяжелое время для Флоренции, да и для всей Италии. Взаимные распри, убийства, преступления отравляли души людские, и тяжело было жить на свете. Когда же Флоренция пала, папа Климент VII объявил, что забудет об участии скульптора в обороне города в том случае, если Микеланджело немедленно возобновит работы в усыпальнице Медичи при церкви Сан-Лоренцо. Испытывая постоянный страх за участь своей семьи и за свою жизнь, Микеланджело вынужден был на это согласиться. А потом папа Климент VII пожелал, чтобы Микеланджело заново расписал алтарную стену Сикстинской капеллы сценами «Страшного суда».

В 1534 году, почти через четверть века после окончания росписи сикстинского плафона, скульптор приступает к работе над одной из самых грандиозных фресок за всю историю мировой живописи. 

Когда Микеланджело свыкся с мыслью, что все-таки придется писать «Страшный суд», когда он очутился наедине с гигантской белой стеной, в которую должен был вдохнуть жизнь, он принялся за работу, хотя в то время был уже далеко не молод. В свои 60 лет он выглядел дряхлым стариком — сморщившимся, сгорбленным, усталым. У него ломило суставы, болели зубы, донимали мигрени и невралгия. Шесть лет понадобилось великому мастеру, чтобы завершить свое творение.