Борис Годунов в 1570 году женился на дочери опричника Малюты Скуратова Марии Григорьевне Скуратовой-Вельской. До этого момента совершенно безвестная девушка послушно подчинила себя политическому восхождению своего супруга и закончила еще более трагично, чем он сам. Борис Годунов убедил царя Ивана IV не только благодаря этой родственной близости к верхушке опричников. Иван ценил этого красивого мужчину за величественную осанку и проницательный ум. Борис Годунов пользовался расположением царя и умел при всяком предоставлявшемся случае советовать Ивану проявлять гибкость, хитрость и глубину. Возможно, что Иван распустил опричнину по настоянию Годунова, потому что бесчинства Ивана IV негативно влияли на его престиж за границей. Политические представления Годунова были настолько далеки от разумения кровавого Малюты Скуратова, что Мария Григорьевна жила в состоянии душевного разлада, от которого ее могла спасти только терпимость. Она правильно поступила, в первую очередь подчинившись воле супруга и полностью оставаясь на заднем плане. Сестра Годунова играла совершенно иную роль.

Иван IV не только женил сына Федора на Ирине, но и образовал регентский совет. В совет входили видные бояре Никита Романович Захарьин-Юрьев (брат первой жены Ивана), князь Иван Петрович Шуйский – Рюрикович – и князь Иван Федорович Мстиславский из рода Гедиминовичей, чей авторитет не уступал Рюриковичам. К ним присоединился опричник Богдан Яковлевич Вельский. Борис Годунов не был призван Иваном в совет. Только после смерти Ивана он сам объявил себя его членом. Как ни домогались все члены регентского совета благосклонности будущего царя Федора, Годунов имел перед ними преимущество: сестру Ирину. В качестве шурина наследника трона он смог приобрести влияние и расширить свою власть. И собственный брак с дочерью опричника Скуратова ему не был в этом помехой. Ирина ухаживала за больным Иваном перед его смертью и позаботилась о том, чтобы Годунов, несмотря на жестокие нападки со стороны бояр, не впал в немилость.

После смерти Ивана IV Годунов изгнал своего самого сильного конкурента Ивана Шуйского. В 1587 году Шуйский, спасаясь, бежал в монастырь, после чего он безуспешно пытался поднять мятеж против считавшегося узурпатором Годунова. Тогда Годунов распустил регентский совет и в 1588 году принял титул: «шурин великого правителя, регент, слуга и конюший, боярин, дворцовый воевода и хранитель подвластных территорий и Казанского и Астраханского царств»[2].  Годунов оставался регентом до смерти Федора в 1598 году. Все эти годы он проводил выгодную для Руси политику, однако неизменно был презираем аристократами как беззастенчивый выскочка и должен был защищаться от многочисленных интриг против себя лично и против своего регентства. Годунов платил той же монетой. Он всегда был в милости у царя Федора, он был обязан как осуществляемой в интересах государства политике силы, так и разумной и посреднической деятельности Ирины, которой он предоставил достаточно свободы действий для самореализации. Доля активности Федора в этом треугольнике была относительно невелика. В рамках общественных и официальных выходов и представительских обязанностей царица Ирина Федоровна была рядом с супругом. Она не только принимала иностранных послов, но и принимала участие в заседаниях Боярской думы. Она имела с Федором исключительно доверительные отношения и умела искусно объяснять ему его задачи как царя.

В изображении современников Ирина была образованной женщиной, прекрасно понимающей нужды подданных. Они хвалили ее усилия к самостоятельности. Существует целый ряд документов, относящихся ко времени правления Федора, на которых рядом с подписью царя неожиданно появлялось и имя Ирины. Особо отчетливо сильная человеческая и политическая позиция царицы проявляется в ее переписке с английской королевой Елизаветой I и патриархом Александрийским. Она прилагала усилия для признания Русской православной церкви, которая тогда еще не являлась патриархатом. Вновь и вновь посылала Ирина патриарху Александрийскому дорогие подарки. В знак благодарности и признания в июне 1591 года ей была прислана из Константинополя часть мощей святой Марии Магдалины. То, что Борису Годунову удалось добиться подтверждения признания Русской церкви патриархатом, является еще одним примером тесного взаимодействия регента и царицы – в интересах Русского государства.

Ирина смогла до такой степени укрепить свою позицию, что вскоре сама подверглась нападкам завистливых бояр, которые видели в ней опору и лучшую помощницу Бориса Годунова в его борьбе за трон. В 1587 году бояре организовали заговор против Ирины. Направляемые митрополитом Московским и князем Шуйским, они хотели потребовать от царя Федора, чтобы он разошелся с женой, потому что она до сих пор не произвела на свет наследника. Тогда Шуйский был вынужден спасаться бегством в монастырь. В 1592 году Ирина родила дочь, которая, к сожалению, вскоре скончалась. Рождение этой дочери, вероятно, было взаимосвязано с другой проблемой, которая чрезвычайно волновала как Годунова, так и Ирину, принимая во внимание будущее царского трона.

В 1582 году Мария Федоровна Нагая, последняя супруга Ивана IV, родила сына Дмитрия. После смерти Ивана IV Дмитрий жил со своей матерью в качестве удельного князя в Угличе, на Волге. Царь Федор сослал туда сводного брата и его мать. Инициатором был Борис Годунов. Он опасался влияния Марии Нагой при дворе и распространял слухи, будто бы она сварлива и раздражительна. С высылкой Дмитрия из столицы был удален конкурент в борьбе за трон. В Угличе Мария Нагая не имела никакой власти. Там властвовал ставленник Годунова Битяговский. Между царской вдовой и Битяговским развивалась затяжная ссора, полная личных нападок и злобы. Дмитрий был воспитан в ненависти к Годунову. В мае 1591 года Дмитрий совершенно неожиданно умер. Царица обнаружила его во дворе, истекающего кровью от смертельной раны на шее. Мария Нагая обвинила в убийстве Битяговского. Боярин вместе с сыном и десятью своими сторонниками был убит разъяренным народом. Годунов направил в Углич следственную комиссию. Ее возглавил Василий Шуйский[3].  Комиссия сообщила, что царевич с друзьями играл в ножички. В результате припадка эпилепсии он сам себе нанес рану. Мария Нагая обвиняла Битяговского в убийстве и призывала народ к кровавому восстанию против царя. Московские бояре признали царскую вдову виновной. Мария должна была принять постриг под именем Марфы и уйти в монастырь. Остальные члены семьи были сосланы. Царевич был торжественно похоронен в кафедральном соборе в Угличе. Гибель Дмитрия так и не была до конца расследована и последующие годы давала повод для политической борьбы за власть.

Борис Годунов и Ирина впервые вступили в конфронтацию, когда в январе 1598 года умер царь Федор Иванович и трон «осиротел». Царь, что было довольно необычно, назначил Ирину наследницей престола. Для бездетного монарха это была единственная возможность. Бояре настаивали на том, чтобы Ирина стала преемницей царя. Любой ценой следовало воспрепятствовать вступлению на трон Годунова. Однако Борис Годунов был сильнее. Через девять дней после смерти Федора Ирина объявила, что отказывается от престола, и как монахиня Александра ушла в московский Новодевичий монастырь. Она по своему желанию освободила дорогу своему брату. Боярская дума тотчас приняла на себя обязанности регентского совета. В совете участвовал и патриарх Иов, который сам выступал в качестве правителя. То, что Борис Годунов будет бороться за царскую корону, было ясно из всех предшествовавших событий. Серьезными конкурентами были представители семьи Романовых. Притязания Романовых строились на том, что Анастасия Романовна была первой супругой Ивана IV.

Борис Годунов не мог похвастаться прямым кровным родством, кроме, разве, того факта, что его сестра Ирина была супругой царя Федора, но тем не менее у него были более сильные карты. Именно теперь оправдало себя то, что он предоставил привилегии служилому дворянству. Он мог рассчитывать и на симпатии патриарха. Иов собрал 17 февраля 1598 года Земский собор и представил Бориса Годунова как единственного претендента на престол. В заседании Собора принимали участие патриарший совет, Боярская дума, представители служилых людей, а также московских торговцев и ремесленников. Однако объявился и встречный кандидат – Федор Никитич Романов, племянник царицы Анастасии и старший сын Никиты Романовича. Но влияние патриарха Иова не оставило ему шансов. Первое после брака Анастасии с Иваном IV наступление Романовых на царский престол было отражено. С этого момента семья Романовых больше не прекращала новых и новых попыток добиться трона.