Внутренняя колонизация осуществлялась в двух формах. Сначала осваивались близлежащие неиспользованные земли. Другая форма заключалась в колонизации более или менее отдаленных заболоченных и лесных массивов с целью основания новых поселений. В процессе внутренней колонизации совершенствовались орудия труда и приемы ведения сельского хозяйства. В XIII в. широко распространяются плуг и борона с железными зубцами, а с конца этого столетия в качестве основной тягловой силы используются лошади, потеснившие волов. Без тяглового скота были бы невозможны ни плужное земледелие, ни широкая колонизация новых земель. Наряду с водяными мельницами в XIII в. появляются заимствованные из Нидерландов и Северной Франции ветряные мельницы. Развиваются хлебопашество, огородничество и садоводство. Ведущими зерноводческими культурами были полба, рожь, просо, овес и ячмень. Позднее распространяются бобовые культуры (фасоль, горох, чечевица). С освоением новых земель было связано утверждение трехполья в качестве господствующей системы севооборота.

В связи с ростом городов, развитием товарно-денежных отношений происходят существенные изменения в характере аграрного строя. Во многих районах Германии в XII-XIII вв. происходит разложение старой вотчинной системы, основанной на использовании барщинного труда лично зависимых крестьян, получившей в немецкой исторической литературе наименование вилликационной системы — от латинского термина villicus — «управляющий центральным господским двором». Повышение спроса на сельскохозяйственную продукцию, вызванное ростом городов и увеличением городского населения, побуждало феодалов отказываться от малопроизводительного труда барщинных крестьян, особенно если имелась возможность повысить другие крестьянские повинности (оброк, денежные платежи).

На смену барщинному хозяйству в XIII в. приходит так называемое Grundherrschaft — крупное землевладение, характерным признаком которого является полное или почти полное отсутствие хозяйских земельных площадей, обрабатываемых с помощью принудительного труда крестьян. Бывшая барская запашка делилась на сравнительно большие участки, которые сдавались в аренду мейерам (первоначально так назывались вотчинные управляющие из числа зажиточных крестьян, а затем крестьяне-арендаторы вообще). Мейер становился получателем ренты, уплачиваемой крестьянами, и контролировал сохранившиеся виды барщины.

Условия мейерской аренды четко фиксировались. Со временем была выработана ее стандартная формула, обстоятельно определявшая права и обязанности мейера, точное количество и качество («хорошее, чистое зерно») поставлявшихся им господину продуктов, сроки поставки, а также срок, на который заключался договор аренды. Обычно он заключался на 9 лет, но в самой формуле предусматривалась возможность его продления на новый срок, «если в течение девяти лет он (мейер) пробудет примерным хозяином, которому не будет сделано каких-либо замечаний».

Grundherrschaft но не с наследственными держаниями, а с краткосрочной арендой уже лично свободных крестьян утвердилась на северо-западе Германии, а также в Баварии. В остальных районах Юго-Западной и Средней Германии (Франкония, прирейнские земли) преобладала так называемая «окаменевшая сеньория», где сохранялась вилликационная система с наследственными крестьянскими держаниями, за которые теперь в основном уплачивалась денежная рента. В центральных районах Германии был распространен смешанный тип вотчинной организации.

С перестройкой сеньории изменился юридический статус крестьян и их держаний. На смену крепостничеству приходит новая форма зависимости, возобладавшая в XII-XIII вв., — Hörigkeit («зависимость»). Она предполагала свободу передвижения крестьян, укрепление их владельческих прав на землю и фиксированный характер повинностей. Изменилась их структура. За счет барщины увеличивалась доля натурального оброка, дополнявшегося денежными платежами. Даже в рамках вилликационной системы совершался частичный переход к денежной ренте, что влекло за собою появление значительного числа лично свободных крестьян, уплачивавших денежный оброк, — чинш.

В то же время происходит усложнение форм феодальной собственности, расщепление на разные ее виды: поземельную, судебную, личную, церковную и территориальную. Вследствие этого крестьянин оказывался в зависимости от разных господ. Обычно он одновременно имел и поземельного господина (Grundherr), и судебного (Gerichtsherr), и церковного, или десятинного (Zehntherr), и личного (Leibherr), и территориального (Landherr).

В условиях прогрессирующего ослабления центральной власти и роста феодальной раздробленности происходило усиление политической власти феодальных сеньоров. Одной из ее форм стало создание так называемых округов банна. Банн (административный иммунитет) — это полученное от императора право ловить преступников, судить их и наказывать. Это право распространялось на целый округ, в том числе и на проживавших там свободных людей.

Важным средством обеспечения феодального господства над всей округой являлись замки — бурги. Начиная с XII в. появляющиеся во множестве рыцарские замки, расположенные в живописных местах, преимущественно на горах и холмах, становятся неотъемлемой деталью средневекового пейзажа, являясь символом могущества их владельцев и устрашения подданных.

Постоянным местом социальной напряженности являлась немецкая деревня, где всякого улучшения своего положения крестьяне добивались в упорной борьбе. Крестьяне боролись за свои права на пользование общинными землями, в местах распространения мейерской аренды они отстаивали свои наследственные права на землю и т. д. Особенно широкое распространение приобрело бегство крестьян в города и на Восток — за Эльбу. Оно достигло такого размаха, что феодалы заключали между собою соглашения о выдаче беглых, добивались у городов обязательств не принимать в свои стены бежавших крестьян, требовали принятия против них законодательных мер.

В XIII в. крестьянские восстания, носившие до этого локальный характер, расширяют свои границы. Они случались чаще всего в тех областях, в основном на севере, где сохранялось много свободных крестьян, подвергавшихся феодальному натиску. Обострение социальной борьбы в деревне приходится на XIV в., когда в ней совершаются глубокие социально-экономические перемены, связанные с дальнейшим ростом товарно-денежных отношений. Знамением времени стало быстрое проникновение в деревню ростовщического капитала, усугублявшее расслоение крестьянства. Оно было выгодно зажиточным крестьянам, поскольку давало им возможность расширить свое хозяйство, но вело к ухудшению материального положения основной массы крестьян, способствуя разорению многих из них и вызывая особую ненависть к ростовщикам.

Против ростовщиков был на первых порах направлен главный удар крупного крестьянского восстания 1336-1339 гг., начавшегося в Юго-Западной Германии и распространившегося по всему правобережью Рейна, а затем перекинувшегося на его левый берег и достигшего своей кульминации в Эльзасе. Известное как движение армледеров, оно, начавшись как стихийное выступление доведенных до отчаяния крестьян, впоследствии обрело определенные организационные формы и даже идеологическое обоснование. Справедливость действий крестьян обосновывалась Божественным провидением. Восстание приобрело выраженный антифеодальный характер, направленный против светских и духовных господ и городского патрициата.

XV в. приносит новые формы крестьянского движения протеста. Он был связан с наступлением сеньориальной реакции в условиях бурно развивавшихся товарно-денежных отношений. Стремясь использовать для увеличения своих доходов рыночную конъюнктуру, феодальные собственники развертывают наступление на крестьян, принимающее особенно интенсивный характер во второй половине XV в. Формы его были многообразны. Ведется наступление на крестьянские общинные земли. За счет захвата общинных угодий растет господское скотоводство. На домениальных землях расширяются посевы льна и других технических культур, на которые резко вырос спрос со стороны бурно развивавшегося ремесленного производства. Это вело к увеличению барщины. Во многих духовных и светских феодальных владениях шло массовое насильственное превращение свободных чиншевиков в лично зависимых крестьян. Возрастают судебные и личные повинности крестьян, в том числе так называемый посмертный побор, юридической основой которого являлась лично-наследственная зависимость крестьян. В районах распространения арендных отношений идет развернутое наступление феодальных сеньоров на права арендаторов. Наследственные держания превращаются в пожизненные, ухудшаются для крестьян условия их получения, разнообразятся методы феодальной эксплуатации арендаторов.