Третьим по важности общеимперским органом являлся имперский камеральный суд, заседавший в Шпейере. Согласно положениям Аугсбургского мира, он превращался в главную судебную инстанцию империи при спорах и исках представителей католической и лютеранской конфессий. Суд основывал свою деятельность на юридическом подходе, что позволяло достигать решений на сугубо правовой основе в тех случаях, когда истец и ответчик принадлежали к разным вероисповеданиям. Организация судопроизводства и процедура принятия решений основывалась на принципах равенства (сенат камерального суда состоял наполовину из католиков, наполовину из лютеран). Авторитет суда был довольно высок. Так, за период его работы с 1559 по 1589 г. было опротестовано только семь приговоров.

Продолжали функционировать и другие имперские институты (визитационная комиссия, имперские округа и имперские окружные съезды, имперские надворные и тайные советы). В целом же до конца XVI в. структуры империи были устойчивы и осуществляли свою деятельность на условиях конфессионального и политического согласия. Однако при этом нельзя переоценивать степень централизации империи. Ее стабильность была результатом не только эффективной деятельности имперских учреждений, но и активно осуществляемой князьями, при попустительстве императора, политики по укреплению собственной власти. К тому же усиление централизации в княжествах и концентрация основных ресурсов в руках князей вызвали обострение религиозных противоречий между католиками и протестантами на рубеже XVI-XVII вв. Агрессивная политика князей в отношении своих религиозных оппонентов, однозначность решений императора в пользу католиков, складывание союзов на конфессиональной основе подорвали авторитет имперских структур в начале XVII в. и привели к их параличу. Поэтому решающее значение для политического развития германских земель играли процессы, происходившие на уровне княжеств.

В середине и второй половине XVI в. продолжается процесс территоризации, который сыграл ведущую роль в становлении княжеского абсолютизма. Он включал в себя создание территориального единства и концентрацию всех видов власти в руках князя, утверждение его суверенного права решать вопросы войны и мира, распространение на всей территории его права высшей юрисдикции. Князья «округляли» свои территории посредством скупки мелких сеньорий, наступали на владельческие права, ограничивали юрисдикцию различных светских и духовных феодалов, мелких имперских чинов, городскую автономию, стремясь превратить население подвластной территории в однородный слой подданных, обязанных государству выплатой налогов и службами. Для увеличения территории княжеств использовались и династические браки. Так, браки между членами семей бранденбургского курфюрста Иоахима III Фридриха и прусского герцога Альбрехта Фридриха привели в 1618 г. к присоединению Пруссии к Бранденбургу.

Территоризация проходила рука об руку с конфессионализацией. Князья, используя как повод религиозные конфликты, захватывали новые территории и устанавливали политический и церковный контроль над ними. Наиболее масштабные аннексии осуществили баварские герцоги и бранденбургские курфюрсты. Реформация в целом укрепляла позиции княжеской власти и способствовала складыванию новых форм государственности. В протестантских землях постепенно утверждается новая концепция всеобщего подданства: светский князь становился и духовным главой подданных. Кроме того, секуляризация расширила финансовые возможности княжеской власти.

Длительный процесс превращения сословий в княжеских подданных в XVI в. еще был далек от своего завершения. Сохранялись многочисленные элементы средневековой государственности: неразделенность в большинстве княжеств дворцового и территориального управления, земской и княжеской казны. Сохранялось ленное рыцарское войско, государственные налоги переплетались с традиционными формами феодальных поборов и повинностей (строительство укреплений, извоз, обеспечение войска продовольствием и т. п.). В курфюршестве Трирском мелким имперским чинам удалось сохранить статус имперского подчинения. Право освобождения своих владений от княжеских налогов отстояла знать в Бранденбурге.

XVI-XVII вв. — время становления княжеского абсолютизма в Германии. Он был обусловлен процессами модернизации, затронувшими и сферу политики. Социально-экономические и религиозные изменения сделали неэффективной средневековую систему управления. Феодальное рыцарство уже не могло играть роль опоры княжеской власти. Вассально-ленные связи разрушались, унося за собой в прошлое и старые принципы управления. Традиционные виды ренты не удовлетворяли увеличивавшиеся запросы князей. Слабость императорской власти и Реформация позволяли князьям с оглядкой на мнение сословных органов идти по пути «наращивания» собственных привилегий.

Таким образом, изменившаяся ситуация требовала от князей использования новых инструментов власти. Князь вынужден был учитывать влияние экономически и социально активных предпринимательско-бюргерских слоев и в какой-то мере опираться на них. Их сравнительное финансовое благополучие и упадок рыцарства заставляли князей отказываться от ориентированных только на запросы феодалов действий. Учитывая, что в княжеских доходах немалое место занимали поступления от промышленности и торговли, князья шли на проведение политики меркантилизма. Под воздействием сословных изменений укреплялась идея подданства, всеобщей зависимости от княжеской власти. Реформация, давшая в руки князя инструменты церковного влияния, закрепляла эту зависимость в духовной форме.

Новая организация центральной власти базировалась на упорядоченной системе финансов, налогов, на новом аппарате управления. Создавались институты административного контроля, армия, полицейский аппарат и уголовное право. Компетенция органов сословного управления ограничивалась, постепенно они подчинялись и включались в состав административно-территориальных бюрократических институтов. Особенно выраженным это развитие было в крупных территориальных княжествах: Саксонии, Баварии, Бранденбурге. В XVI в. намечается постепенное разделение компетенции и функций между территориальным управлением и княжеским двором. В Саксонии в 1548 г. из княжеской придворной курии выделилось земское правительство во главе с канцлером. Аналогичный процесс наблюдался в Баварии.

Необходимость регулярного сбора налогов, осуществления административных и судебных функций требовали создания специализированного аппарата чиновников. Высокая деловая квалификация бюргерско-патрицианского элемента уже с середины XVI в. вела к тому, что выходцы из крупнейших торгово-предпринимательских фамилий возобладали в сфере дворцового и территориально-административного управления. Аристократия сохраняла в своих руках высшие должности в финансовом, судебном и административном ведомствах. Престижные и прибыльные должности в княжеском управлении занимали выходцы из мелкого и обедневшего дворянства, стремившегося получить юридическое образование в университете.

Центральные органы государственного управления, как правило, включали тайный совет, состоявший из аристократических сановников и чиновничьей верхушки (высший орган государственной власти), кабинет и канцелярию во главе с канцлером (административная власть), специальное финансовое ведомство двора и земли (отвечавшее за налоги и пошлины), аппарат секретарей, дворцовый суд, военный совет. В протестантских княжествах специальные учреждения управляли церковными делами. Княжества делились на судебно-административные области («ландфогтства» — в Бранденбурге, «должностные округа» — в Баварии и Саксонии); управление ими осуществлялось также с помощью чиновничьего аппарата — амтманов, фогтов и др. Княжества имели свои столицы (место постоянного пребывания центрального аппарата управления): Берлин — в Бранденбургско-Прусском курфюршестве, Дрезден — в Саксонском курфюршестве, Гейдельберг — у Пфальцских курфюрстов. Слабой стороной княжеского абсолютизма оставалось почти повсеместное отсутствие регулярных армий. В некоторых княжествах (Гессен, Нассау, Брауншвейг) в конце XVI в. создавались военно-административные округа и отряды самообороны из добровольцев (дефензии). Однако основные военные силы к началу Тридцатилетней войны чаще всего состояли из небольших, но профессиональных наемных подразделений. Лишь экономически сильные герцогства могли позволить себе содержать постоянные армии, комплектовавшиеся обычно из крестьян, как это было в Баварии.