Католическая формула коллективного спасения более соответствовала ценностным ориентирам традиционного крестьянства, чем протестантский догмат о спасении индивидуальном. Поэтому католический культ имел прочную основу именно в деревне. До мирян доносилась формула исповедания католической веры посредством каждодневной просветительской работы священников, утвержденная Тридентским собором. Сохранение культа святых оставило своеобразную нишу для сельского политеизма. Однако и обновленная католическая церковь ограничивала народные праздники.

Церковное управление в католических регионах Германии отличалось гораздо большим единообразием, чем в протестантских княжествах, но все же имело существенные региональные отличия. Каждый католический диоцез (округ) возглавлял епископ, избираемый соборным капитулом. Типичная модель предполагала сосредоточение в руках епископа важнейших функций управления и контроля. Он осуществлял непосредственное управление, посвящал в священники, назначал церковных чиновников, контролировал их. Заместители епископа — вайхбишоф, генеральный викарий и оффициал курировали отдельные направления. Вайхбишоф был заместителем по линии визитации и поддержания обрядов, он курировал монастыри, священников и общины. Генеральный викарий осуществлял замещение епископа по всей административной части, оффициал отправлял церковный суд и суд чести.

Архидьякон непосредственно контролировал священников и прихожан и осуществлял все повседневные судебные дела, визитацию и служебный надзор. Архидьяконат также надзирал за работой капитула. Община выступала подконтрольной сразу четырем инстанциям: вайхбишофу, оффициалу, викарию и архидьякону, хотя реальными возможностям для надзора обладал именно архидьяконат. Дублирование функций должно было обеспечить всестороннее влияние на религиозный быт мирян. Капитул в такой жесткой структуре управления утрачивал самостоятельное значение.

В католических княжествах Германии огромная роль отводилась политическому подавлению лютеранства, кальвинизма и других протестантских течений. Активными проводниками рекатолизации в Германии стали герцоги Баварии. В середине XVI в. Альбрехт V (1530-1579) повел решительную борьбу с протестантизмом в своих владениях, в скором времени сумев подчинить находившуюся в оппозиции земельную аристократию и изгнать всех сторонников новых учений. Как опекун наследника Альбрехт V осуществил католическую реставрацию в Баденском герцогстве. В 1583 г. он предотвратил Реформацию и секуляризацию кёльнского курфюршества, которую был намерен провести архиепископ Кёльна. Восстановление и укрепление римской церкви в этом городе предопределило победу рекатолизации в соседних духовных княжествах — Падерборне, Оснабрюке и Мюнстере. По образцу Кёльна католическую реставрацию, сопровождавшуюся гонениями на протестантов, предприняли епископы Вюрцбурга, Бамберга, Аугсбурга, Регенсбурга, Зальцбурга, а также курфюрсты-архиепископы Майнца и Трира.

Конфессионализация проходила в германских землях в сложной социально-политической обстановке. В отличие от аналогичных процессов в Англии или скандинавских странах, в Германии отсутствовал единый религиозный центр, конфессионализация осложнялась противоборством католиков и протестантов, идейными столкновениями в протестантском лагере, односторонней позицией императорской власти, вмешательством других государств. Агрессивная политика рекатолизации католических князей, поддерживаемая императором, папой и испанским королем, а также насильственное утверждение протестантизма явились, в конечном итоге, одними из главных причин Тридцатилетней войны.

В условиях конфессионального раскола главной задачей императорской власти было обеспечение прочного «земского мира», что было невозможно без эффективного функционирования имперских и сословных институтов. Однако Фердинанду I Габсбургу (1503-1564), ставшему императором в 1556 г., удалось законсервировать положение в империи на условиях Аугсбургского мира 1555 г. Стабилизирующую роль сыграли, в первую очередь, имперские структуры, в рамках которых обсуждались все актуальные, в том числе и религиозные вопросы. На рейхстаге в Регенсбурге в 1557 г. лютеранские князья попытались добиться отмены принятой в Аугсбурге «духовной оговорки»[8]. Фердинанд, блокируясь с католической партией, не позволил внести изменения в принятые статьи религиозного мира, и дело ограничилось лишь протестами лютеранских лидеров. В дальнейшем Фердинанд неоднократно использовал тактику постоянных консультаций с лидерами протестантских и католических групп, что позволило поддерживать стабильность в империи. Имперские сословия при этом регулярно вотировали средства на борьбу с турками.

Его сын Максимилиан II (1527-1576), избранный императором в 1564 г., в целом продолжил политику отца. Достижение компромиссов с протестантами ему давалось даже легче, вследствие личных симпатий императора к лютеранству. В своих политических решениях Максимилиан опирался на мнение рейхстага как высшего сословного форума. Ему также удалось повысить авторитет имперского камерального суда, ставшего после 1555 г. главным судебным органом по конфликтам на религиозной почве. Однако реальные возможности императорской власти были по-прежнему сильно ограничены. Так, Максимилиан II на Шпейерском рейхстаге в 1570 г. получил отказ на предложение о реорганизации военно-административных структур империи. Император, полагавший, что практика вербовки наемников в Германии и их военная служба за рубежом истощает военные ресурсы империи, хотел организовать общеимперские контингенты, комплектовавшиеся на основе территориально-окружной системы под эгидой местных имперских чинов. Однако члены рейхстага посчитали, что реформа потребует слишком больших финансовых расходов.

В вопросах религиозной политики Максимилиану удавалось весьма эффективно сдерживать требование лютеранских князей о полной свободе религиозного вероисповедания. Император удачно манипулировал фактором кальвинизма, так как введение кальвинистского вероисповедания в Пфальце в 1563 г. пугало лютеранских богословов новым расколом. Одновременно с этим Максимилиан пошел на компромисс с протестантами в своих наследственных землях, разрешив отправление евангелического культа дворянам в Верхней и Нижней Австрии.

Ведущим имперским учреждением оставался рейхстаг. Совместно с императором рейхстаг сыграл важную роль в стабилизации отношений в рамках империи. Для второй половины XVI в. были характерны частые созывы рейхстага, эффективность работы которого, в первую очередь, заключалась в нахождении компромиссов по рассматриваемым вопросам. Так было, во всяком случае, до конца XVI в., пока религиозное противоборство князей в правление императора Рудольфа II не парализовало работу имперских учреждений.

Во второй половине XVI в. произошли существенные изменения в раскладе сил в рейхстаге. В результате Реформации резко усилились позиции княжеских фракций: коллегии курфюрстов, княжеской и графской курий. К концу XVI в. оформилась и отдельная фракция имперского рыцарства. В этой ситуации мнение городов все реже учитывалось при решении ключевых проблем. Во-первых, статьи Аугсбургского мира давали свободу действий князьям и имперским рыцарям, поскольку в имперских городах зачастую закреплялся паритет между конфессиями. Во-вторых, представители городов в отличие от князей, порой самостоятельно определявших вероисповедание своих подданных, вынуждены были оглядываться на мнение всех конфессиональных партий. В-третьих, происходило усиление олигархического начала в рейхстаге, так как императору, стремившемуся найти компромисс между католиками и протестантами, в первую очередь приходилось добиваться согласия ведущих князей империи (курфюрста Саксонии, курфюрста Пфальца, герцога Баварии).

Параллельно с рейхстагом на основе статей Аугсбургского мира был создан еще один орган сословного представительства — съезд имперских депутатов. Он предполагался как более мобильный и эффективный орган контроля за соблюдением мира в империи. На заседаниях съезда, как правило, велись предварительные переговоры по вопросам, которые затем обсуждались на рейхстаге. В частности, рассматривались проекты имперской монетной реформы, имперского уложения о поддержании порядка, реформы и визитации камерального суда и др. В состав съезда входило 16-20 членов, представлявших все имперские округа, но реально большинство голосов было за имперскими князьями, что «превращало съезды в настоящие ассамблеи княжеской олигархии» и вело к дальнейшему укреплению прерогатив княжеской власти.