Огромные потери, нанесенные японской армии защитниками Порт-Артура, вынудили Ноги отказаться от атак северо-восточного участка крепости и принять решение захватить Высокую, оборудовать там наблюдательные пункты и уничтожить русскую эскадру огнем своей артиллерии. После двухдневного непрерывного артиллерийского обстрела против десяти рот неполного состава (от 60 до 140 человек в каждой), оборонявших Высокую и Плоскую, японское командование бросило 15 ноября в бой 1-ю пехотную дивизию, резервный полк и два батальона 7-й дивизии. В течение девяти дней значительно превосходящие силы японской пехоты непрерывно атаковали позиции русских на высотах. Уже после двух дней боев японское командование было вынуждено сменить из-за больших потерь 1-ю дивизию 7-й пехотной. Под прикрытием огня батарей крепости защитники высот мужественно отражали натиск врага. Однако силы были настолько неравными, что к вечеру 22 ноября противнику удалось захватить Высокую.

Учитывая важное тактическое значение Высокой, генерал Кондратенко с большим трудом собрал несколько рот с неатакованных участков крепости и отдал распоряжение выбить противника с высоты. Одновременно он обратился к Стесселю с просьбой выслать подкрепления, но тот отказал ему в этом. Под командованием полковника Ирмана собранные Р.И. Кондратенко роты перешли в решительную контратаку и выбили японцев с одной из вершин Высокой. Но полностью очистить Высокую не удалось: слишком мало было для этого сил. Вскоре истощенные в непрерывных многодневных боях русские войска оставили передовые позиции западного фронта и отошли на основную линию обороны. Дорогой ценой досталась японцам Высокая: они потеряли здесь около 12 тыс. солдат и офицеров.

На второй день после захвата Высокой японцы оборудовали там наблюдательные пункты и стали вести прицельный огонь из 11-дюймовых гаубиц по хорошо наблюдаемым с высоты кораблям эскадры, стоявшим на внутреннем рейде. Положение эскадры стало гибельным. Необходимо было срочно выйти на внешний рейд, занять выгодное положение и дать бой кораблям противника или интернироваться в китайских портах. Однако командовавший в то время отрядом крейсеров контр-адмирал Вирен бездействовал, что и привело к окончательной гибели эскадры.

2 декабря в 20 ч 15 мин в каземат форта № II попал японский 11-дюймовый снаряд. Свод каземата был пробит, и снаряд разорвался в его внутреннем помещении. Погибли герои обороны генерал-майор Роман Исидорович Кондратенко и вместе с ним еще восемь офицеров, в том числе полковник Генерального штаба Науменко и военный инженер полковник Рашевский. Гибель Кондратенко, которого справедливо называли душой обороны крепости, серьезно отразилась на моральном состоянии защитников Порт-Артура.

Во второй половине дня 5 декабря 1904 г. японцы произвели три взрыва под бруствером форта № II. От сильных взрывов средняя часть бруствера обрушилась, образовав глубокую воронку. Одновременно японская артиллерия сосредоточила огонь по соседним укреплениям и траншеям вблизи форта. Под прикрытием огня артиллерии японская пехота двинулась в наступление. Когда пехота противника приблизилась к образованной взрывом воронке, она попала под перекрестный огонь крепостных батарей. С фронта защитники форта поражали штурмующих картечным огнем из двух противоштурмовых орудий, ружейно-пулеметным огнем, забрасывали их ручными гранатами. Очутившись под многослойным перекрестным огнем русских, японские солдаты залегли. Бой длился несколько часов. Неоднократные попытки противника ворваться внутрь форта неизменно отражались артиллерийским и ружейно-пулеметным огнем защитников. Понеся большие потери, вечером остатки японского полка отошли

В то время, когда защитники форта отбивали ожесточенную атаку японцев, назначенный начальником сухопутной обороны крепости генерал Фок решил сдать форт № II противнику. Заручившись согласием Стесселя, он по телефону сообщил об этом генералу Горбатовскому, который ответил, что он будет удерживать форт до последней возможности. Пока Горбатовский принимал меры к усилению гарнизона форта, Фок передал приказание о сдаче непосредственно его коменданту. Солдаты и офицеры форта спешно эвакуировали раненых, вывезли имущество, заминировали и после этого взорвали форт. К большому разочарованию Фока, японцам вместо укрепления досталась груда развалин.

Остатки гарнизона форта отошли к Куропаткинскому люнету и стали здесь оборудовать траншею, с тем чтобы не дать противнику возможности захватить люнет. Но это также не входило в расчеты Фока: он продолжал ослаблять оборону крепости. Фок сообщил Горбатовскому: «Куропаткинский люнет я не хотел бы занимать сильнее, чем он был занят до настоящего времени. Даже склоняюсь к тому, чтобы его занять слабее, так как нам придется все равно очистить вскоре люнет. Все дело в том, чтобы выиграть время, а потому уменьшить потери…» [56. Т. 8. С. 661].

После падения форта № II основные усилия японцы сосредоточили против форта № III и укрепления № 3. Против форта № III японские саперы продолжали прокладывать три подземные галереи. Защитникам форта взрывами шаровых мин и метанием мин из минных мортир удалось разрушить часть подходов к форту, но воспрепятствовать ведению галерей не представлялось возможным. Не увенчались успехом и контрминные работы. Утром 15 декабря противник произвел 12 подземных взрывов и превратил форт в груду развалин. От взрыва погибла половина гарнизона и была выведена из строя большая часть орудий.

После двухчасового артобстрела два полка японской пехоты двинулись в атаку. Несмотря на большие потери в личном составе и материальной части, остатки гарнизона форта № III встретили противника сильным ружейно-артиллерийским огнем. В бой вступили расчеты противоштурмовых орудий под командованием поручика Данилова. Картечным огнем в упор сметались цепь за цепью, и японцы были вынуждены залечь. Чтобы помочь своей пехоте, японская артиллерия открыла ураганный огонь, в результате чего были повреждены все уцелевшие штурмовые орудия форта № III. Воспользовавшись этим, японцы снова ринулись в атаку и захватили весь бруствер форта. Генерал Горбатовский усилил гарнизон форта несколькими ротами из резерва, и бой закипел с новой силой. 11 ч русские солдаты и офицеры упорно защищали развалины форта от значительно превосходящих сил противника. Когда японские части почти окружили форт, поступил приказ оставить его. Небольшая группа солдат под командованием находившегося там с начала осады коменданта форта капитана Булгакова подожгла деревянные части укрепления и отошла.

19 декабря после интенсивного артобстрела японцы атаковали русскую позицию Орлиное гнездо — ключевую позицию 2-й линии обороны. Русские встретили пехоту противника картечью, но японцам удалось все-таки дойти до укрепления. Завязался рукопашный бой, из 70 русских солдат осталось только 6, но японцы бежали. Орлиное гнездо было занято подошедшим подкреплением русских солдат и ротой моряков. Этими силами были отбиты пять последующих атак японской пехоты.

Вместо посылки новых резервов Фок, минуя непосредственного начальника Орлиного гнезда Горбатовского, отдал приказ об оставлении Орлиного гнезда, Куропаткинского люнета и Китайской стенки.

После боя 28 июля в Желтом море активность русской эскадры была минимальной. Велись лишь незначительные боевые операции. Так, 5 августа все имевшиеся в наличии исправные миноносцы, а их было восемь, во главе с «Выносливым» вышли в Голубиную бухту для встречи прибывшего туда французского парохода «Жорж» с грузом продовольствия. Миноносцы прикрывала канонерская лодка «Гремящий», по пути она подорвалась на мине и затонула.

11 августа для охраны тралящего каравана на внешний рейд вышли миноносцы «Выносливый», «Разящий» и «Расторопный». Около 6 ч вечера «Разящий» подорвался на мине, но остался на плаву. К нему на помощь пошел «Выносливый», он дал полный ход, но на циркуляции тоже коснулся бортом мины. От взрыва миноносец разломился пополам, носовая часть затонула через полминуты, кормовая продержалась на поверхности чуть дольше, она встала вертикально и ушла под воду с вращающимся винтом.