Надеждам Ушакова не суждено было сбыться.

Весною и летом 1799 года от французских побед в Италии не осталось почти ничего. Блестящие победы Суворова у Адды, Нови, Требии метлой вымели войска Директории из Ломбардии.

7 (18) апреля начал свой победоносный поход русский фельдмаршал, у реки Адды он нанес сокрушительное поражение как бездарному Шереру, так и талантливому Моро. Одержал эту победу прославленный полководец по всем образцам новой стратегии: удар по противнику по кратчайшему направлению, с применением охватов центральной группы, разделение (разрез) линии противника на несколько частей и затем разгром отдельных частей — все это образцы высочайшего и революционного для того времени военного искусства.

17 апреля пал Милан, крупнейший центр севера Италии. 15 (26) мая русские и австрийские войска овладели Турином (столицей Пьемонта). Трехдневное и самое крупное в этой кампании сражение на Требии, где против Суворова сражались превосходящие по численности, да и лучшие до сего времени в Европе войска, решило судьбу не только Северной Италии, но и Центральной, и южной части Апеннинского полуострова.

Армия французского генерала Макдональда, занимавшая центральные и южные области, начала передвижение оттуда на север для воссоединения с остатками разбитых войск. Правда, походило это скорее на отступление. Были оставлены владения неаполитанского короля и папская область. Осталось всего несколько гарнизонов в Сант-Эльма, Гаэте, Чивита-Веккии, Риме.

Действия отряда капитана Белле и армии кардинала Руффо привели к 12 (23) июня к занятию Неаполя. Десант англичан высадился, как известно, к концу этой операции. Это дало повод Нельсону и его хватким капитанам приписать себе успех во взятии города. Нельсону это было важно не столько для престижа у Марии-Каролины, а для своих всеподавляющих, державных амбиций, для доброго блеска в глазах его пассии леди Гамильтон. Ушаков же был воспитан на традициях взаимного рыцарства, уважения к противнику, а тем более союзнику. С горечью он пишет Томаре: «В Неаполе крепость Сант-Эльма взята на капитуляцию... Англичане только хитрят и чужую честь о взятии Сант-Эльма себе присваивают, даже и капитуляцию о сдаче крепости на себя написали, да и прежде делали только одно помешательство, о чем меня оттоль же уведомляли. Они стараются всякого больше отвлекать от действительности и делать пустым».

Задача по спасению от краха самого большого королевства Италии военной экспедицией, флотами и войсками союзных войск была на этом этапе решена. Суворов в это же время 7(18) — 9(20) июня разгромил армию Макдональда на берегах Требии.

Летом 1799 года французские гарнизоны остались лишь в Генуе, вблизи Ливорно, в Чивита-Веккии и Анконе.

Корабли контр-адмирала Пустошкина появились под Анконой в мае. Вследствие ложной тревоги Нельсона (о вхождении в Средиземное море для боевых действий соединенной франко-испанской эскадры) они возвратились к Корфу и двинулись дальше к южной оконечности Италии. К Анконе же подошла эскадра под командованием капитана 2-го ранга графа Войновича. Вся же остальная часть эскадры Ушакова готовилась к переходу в Италию.

Летом в Северной Италии продолжались военные действия. Австрийские войска заняли Флоренцию, порт Ливорно, хорошо знакомый русским морякам. Сюда в 1764 году прибыл первый русский торговый корабль «Надежда благополучия», совершивший переход вокруг Европы. Тут останавливались корабли эскадры Спиридова и командующий русской экспедицией граф Алексей Орлов. Тут базировалась эскадра контр-адмирала Сухотина в период «вооруженного нейтралитета».

Остатки армии Макдональда прокрались по побережью к Генуе, англичане проглядели колонны войск французов и их транспорты, перевозившие артиллерию и снаряжение. Новый командующий французов, вдохновенный и талантливый генерал Жубер (Макдональд был отозван в Париж) вступил в бой с Суворовым при Нови. Для Жубера битва закончилась смертью, для французской армии — разгромом. Путь на Генуэзскую Ривьеру был открыт. Суворов, как всегда, в свое стратегическое мышление включил все факторы: военные, политические, экономические и т.д. В его складывающихся в голове планах дальнейшего наступления флот играл важную роль. Здесь, в Италии, происходило знаменитое, вошедшее в историю военного искусства стратегическое и тактическое взаимодействие русской армии и флота. Суворов, как никто, понимал, что на театре военных действий, где имеется морское побережье, флот должен постоянно взаимодействовать с сухопутной армией, а для этого необходимо, чтобы командующий флотом знал все основные задачи, которые решает армия, включал все силы в их решение. Поэтому, едва прибыв в Вену, он посылает письмо Ушакову (23.III.1799 г.), устанавливая с ним постоянную связь. Ушаков также понимал это, постоянно прислушиваясь к громам, идущим из Северной Италии, чутко следил за развитием событий там. По просьбе Суворова для разрыва коммуникаций французов он постоянно посылает крейсировать корабли в Венецианский залив, устанавливает блокаду Анконы. 16 июля А. В. Суворов пишет Ушакову о том, как была взята цитадель Александрия, о трофеях и пленных. А затем рисует панораму дальнейших своих действий. «Обратя теперь виды свои на Геную, выступил я теперь в поход. Мне надлежит осилить некоторыми крепостями; трудности, препоны отнимают у меня довольно времени, как и изготовление к горному походу; провиант и припасы должны быть доставлены на мулах, а после, когда достигнем берегов Ла-Ривьеры, то уже из Ливорны (ежели она за нами устоит) и морем». План его движения ясен. Какую же роль отводит он флоту, эскадре Ушакова? Очень серьезную. Он просит: «От Пониенты к Леванте и паче от берегов Франции ваше превосходительство покорнейше принять попечительные и благоразумные, свойственные вам меры к пресечению ее, дабы оголодить сию распутно-зловредную армию. Извольте знать, что генуэзцы кормятся сами из чужих мест, то есть особливо и в большом виде припасы свои получали они из Африки и Архипелага. Союзные флоты ныне господа моря и легко в том препятствия утвердить могут».

«Господа моря» действовали по-разному. Нельсон, ознакомившись с посланием Суворова, не особенно утруждал свои корабли военными операциями к северу от Неаполя. Ушаков же, получив это письмо 4(15) августа, послал эскадру вице-адмирала Пустошкина для крейсерства «около генуэзских берегов». Сам же Ушаков, уведомляя Суворова об исполнении послания, пишет, что после Палермо «отправляюсь я оттоль с эскадрою к Неаполю и от оного к Генуе или в те места, где польза и надобность больше требовать будут».

Три фрегата под командованием Сорокина направились в Неаполь. Пустошкин из-за встречных ветров двигался медленно и прибыл в Ливорно только 30 августа. Крейсерство русских кораблей продолжалось у Генуэзской Ривьеры, Ливорно, Неаполя до конца 1799 года. Но положение на севере Италии уже изменилось. Правда, Павел I еще находился в эйфории, считая миссию своих войск богоносной, а себя прозорливым политиком, полководцем, которому внимают попавшие в беду императоры, султаны и короли Вены, Константинополя и Неаполя, к которому прислушиваются в Лондоне и на помощь которого они надеются. Да, помощь монархам и Англии от русского союзника была нужна, но его абсолютистское вдохновение им было чуждо, так же, как нередко и методы ведения войны Суворовым и Ушаковым. Единственно, чего они хотели, так это как можно больше урвать от результатов участия России в этих войнах. И довольно долго водили за нос русского правителя.

Суворов был опасен австрийцам тем, что его победы пробуждали национальное самосознание у итальянцев, восстанавливали в правах бывшие североитальянские государства, владения которых хотела себе присвоить Австрия. Ушаков не давал Оттоманской Порте наложить лапу на бывшие, а ныне «бесхозные» венецианские владения. Вот в этих-то захватнических устремлениях венценосных правителей Вены, Константинополя, Неаполя и толстосумов с Темзы и была основа постоянных столкновений Суворова и Ушакова с их военными представителями (не будем при этом забывать и консервативную политику российского царизма).