В объявлении, помещенном в газетах, так было рассказано о деятельности комитета:

«…Военно-революционный комитет объявляет всем рабочим и гражданам гор. Екатеринбурга, что комитетом приняты самые решительные меры для борьбы с заговорщиками и все попытки покушения на Советскую власть, в чем бы они ни выражались, будут подавляться с беспощадной жестокостью.

Ввиду чрезвычайных условий в.р. комитет постановляет: 1) запретить всякую контрреволюционную агитацию, направленную против существующей советской власти, с преданием виновных суду революционного трибунала;

2) запретить всякие митинги и собрания, за исключением тех, которые устраиваются Советом или с разрешения Совета;

3) всякое сопротивление советской власти и ее органам будет рассматриваться как измена и предательство и карается самым решительным образом, вплоть до расстрела.

Военно-революционный Комитет гор. Екатеринбурга».

Относительно «спокойная» жизнь за воротами «Дома особого назначения» кончилась.

Выше упоминалось об экстренном поезде, выехавшем из Москвы 23 мая и направляющемся в Иркутск. В поезде находился Берзин со своим штабом. 28 мая поезд прибыл в Уфу и там застрял из-за закрытия железнодорожного движения в сторону Сибири вследствие захвата линии Златоуст — Челябинск чехословацкими войсками.

9 мая 1918 г. Подвойский отдал приказ № 132, в котором установил новые задачи группы Берзина.

«Приказ Высшей Инспекции Рабочее-Крестьянской Красной армии № 132.

9 июня 1918 года. ст. Уфа.

§ 1

Военного Комиссара Средне-Сибирского Военного Округа тов. Берзина и членов Военного Комиссариата того же округа т.т. Белицкого, Фейербенда, Георгенбергера, Свикке и Стогова назначаю временными членами Высшей Военной Инспекции.

§ 2

Настоящим приказываю вышеуказанным временным членам Высшей Военной Инспекции по пути своего следования к месту своего назначения, под руководством Военного Комиссара Средне-Сибирского Военного Округа тов. Берзина и при участии других членов Военного Комиссариата Средней Сибири, инспектировать Военные комиссариаты и другие воинские части Красной армии и давать все руководствующие указания по организации Военных Комиссариатов, сформирования Красной армии, ее обучения, довольствий и т. д., проверять полевые оперативные штабы и отделы, работающие по ликвидации Чехословацких и других контрреволюционных выступлений, согласуя их действия с общими оперативными планами наркомвоена.

§ 3

Членам Инспекции устраивать лекции, выступать на заседаниях и собраниях, сотрудничать в Советских органах с целью агитации и правильного освещения вопроса о Красной армии и задачах Военного Комиссариата.

§ 4

Об общем положении дел и о всех найденных дефектах доносить мне.

Народн. Комиссар по Военным делам Член Высшего Военного Совета Подвойский.

И.д. Управляющего делами Высшей Военной Инспекции Модестов».

Подвойский попытался договориться с чехословаками мирным путем. Чехословаки, перешедшие к тому времени под французское командование, отказались разоружаться. Началась полномасштабная война. 14 июня 1918 года последовала телеграмма Народного Комиссара по военным делам:

«Мною от имени Центрального Правительства даны тов. Берзину неограниченные полномочия по подавлению Чехословацкого восстания на Челябинск — Омском фронте в целях согласования всех действий к скорейшей ликвидации мятежа Точка

Нарком воен. Подвойский И.д. Управляющего Делами Модестов».

Одновременно, 14 июня 1918 года, поступила телеграмма Главнокомандующего чехословацким фронтом:

«Екатеринбург Военком Берзину 1918 г 14 июня Москва Революционный Военный Совет постановил назначить Вас Командующим 3-й Революционной Советской армией в состав которой входят все войска на Пермско-Екатеринбургско-Челябинском направлениях и Пермско-Екатеринбургско-Ишимском направлении Вам надлежит соорганизовать армейский штаб для штабной работы прикомандируйте офицеров обучавшихся в Академии по соглашению с Начальником Академии этих офицеров считать за Академией и во временной командировке

Главнокомандующий Муравьев Член Кобзев Благонравов»

Берзин появился в Екатеринбурге 11 июня в 2 часа дня.

По прибытию в Екатеринбург, члены В.В.И. в составе Берзиня, Белицкого, Фейербенда, Стогова и Свикке отправились в штаб Уральского военного округа, чтобы узнать о положении дел на фронтах и для участия в работе по созданию и строительству Красной армии. Познакомившись с тов. Анучиным, Голощекиным и виднейшими партийными деятелями Урала, Берзин сразу понял, что положение Екатеринбурга критическое. После проигранного боя под Кыш-тымом, почти не было надежд на сохранение Екатеринбурга. Уже было Окружным Комиссариатом Уральского военного округа отдано распоряжение об эвакуации Екатеринбурга. Все артиллерийское, интендантское и инженерное имущество было погружено на колеса. Были приняты меры к вывозу всех ценностей.

Вот как Берзин описывал свое впечатление по прибытию в докладной записке, направленной Ленину в ноябре 1918 года: «11 июля Члены Высшей Инспекции прибыли в Екатеринбург и застали в нем полное отсутствие оперативного штаба и растерянность в среде ответственных Советских работников, по-видимому не ожидавших чехословацкого мятежа, принявшего к тому времени уже значительные размеры, ибо чехословаки к этому времени завладели Сибирской железной дорогой на участках: Ново-Николаевск, Челябинск, Миасс и Кинель — Пенза, отодвинули красноармейские части на восточном фронте на линию Ишим — Шадринск — Уфа-лей — Миасс — Троицк и на Западном — на линию Казань — Симбирск — ст. Кротовка — Бузулук».

В самом Екатеринбурге никаких резервов и войсковых сил не было, кроме 130 человек левоэсеровских дружин и около 180 человек коммунистов. Этих сил было недостаточно не только для защиты города, но, по мнению Берзина, даже и для борьбы с буржуазией и контрреволюцией внутри города.

Штаб Берзина появился в Екатеринбурге в самый разгар мятежа верх-исетских фронтовиков, но участия в подавлении не принимал. Правда, на всякий случай приказал выгрузить два автомобиля с пулеметами и быть наготове. Екатеринбуржцы сами справились.

На фронте не хватало людей. Армия состояла из солдат, рабочих и интернациональных частей. О последних Берзин в своих воспоминаниях писал: «Рабочие сражались с большой энергией и отвагой, нанося большой урон чехословакам во время последнего наступления, но благодаря необученности, сами рабочие понесли большой урон, в одном 2-м Уральском полку — 150 человек. Отряды интернационалистов и мадьяр отличаются дисциплинированностью и стойкостью, но они сильно пострадали в последнем бою».

Однако не все было так гладко. После поражения под Кыштымом среди солдат распространились слухи, что штаб и Комиссар фронта их продают. Часть солдат 7-го Уральского полка отказалась воевать и, под угрозой самовольно покинуть фронт, потребовала отправить их обратно в Екатеринбург. Штаб вынужден был выполнить эти требования — солдат отправили в Екатеринбург, разоружили, зачинщиков предали трибуналу.

Попав в такую сложную ситуацию Берзин даже и не предполагал, что ему придется участвовать в судьбе бывшего царя и его семьи. Ему просто было не до этого. Основной его задачей было защитить и сохранить советскую власть на Урале, а для этого нужно было организовать армию в условиях борьбы с чехословаками.

Но, как говорится: «Человек предполагает, а правительство располагает».

В первой половине июня 1918 года в Москве произошло «незначительное» событие буквально взорвавшее не только российские системы массовой информации, но и зарубежные. Российская газета «Наше слово» рассказала об этом в заметке от 20 июня 1918 г.: «Из Екатеринбурга в советских кругах была получена телеграмма, сообщавшая об убийстве Николая Романова. Телеграмма не была подписана и вызвала естественное сомнение. Однако слухи о телеграмме распространились по всему городу и стали сообщать об убийстве как о факте».