Как первый заместитель наркома нефтяной промышленности СССР Байбаков возглавлял созданный в наркомате специальный штаб, отвечавший за обеспечение воинских частей горючим. «Штабы нашей экономики той поры, — отмечает он в своих мемуарах, — были способны к живому, самому непосредственному взаимодействию с “низами”, чутко реагировали на предложения с мест — с тем расчетом, чтобы все лучшее, что дали народная сметка и инициатива, не пропало и входило в практику немедленно и неукоснительно. <…> Помнится характерная черта такого взаимодействия, проявившаяся уже в первые месяцы войны. Трубные заводы тогда уже перешли на выпуск продукции прямого оборонного назначения. Возникла большая нехватка труб, необходимых для строительства нефтепромысловых объектов. Как быть? Вновь, но уже в обратном направлении, переналадить некоторые производственные мощности? На это нужно время, а строительство объекта не могло ждать. И тут сметливые бакинские нефтяники нашли выход из, казалось бы, тупикового положения. Они предложили, например, снарядить водолазные поиски возле острова Артем, обшарить дно — не на дне ли нужное? Предложение мы одобрили и обеспечили поиски всем необходимым. И в результате со дна Каспия было поднято много железного хлама, включая заброшенный трубопровод. Что в мирное время считалось негодным, теперь оказалось ценнейшим и спасительным. Поднятые со дна моря старые, заржавевшие трубы быстро отремонтировали и тут же с успехом пустили в дело».

Настройка топливной индустрии СССР на «войну моторов» потребовала резкого увеличения добычи и переработки нефти в районах «Второго Баку». Урало-Поволжье и Сибирь должны были к концу 1942 года увеличить добычу в полтора раза по сравнению с довоенным периодом и форсировать строительство нефтеперерабатывающих предприятий. Ставилась задача нарастить поисковые и разведочные работы в районах «Второго Баку».

29 июня 1941 года ЦК ВКП(б) и СНК СССР обратились к партийным и советским органам прифронтовых областей со специальной директивой. В тот же день под грифом «совершенно секретно» было принято постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б), в котором говорилось: «В целях разгрузки г. Москвы от учреждений, СНК и ЦК постановляют: перевести из Москвы в другие города наркоматы и ведомства: <…> Наркомнефть — в Уфу».

До 15 октября 1941 года нарком Иван Седин с небольшой группой сотрудников оставался в Москве, затем по распоряжению главы правительства переехал в Куйбышев, куда уже эвакуировался Совнарком СССР. Оперативное руководство работой Наркомнефти в Уфе было возложено на Байбакова.

Как проходила эвакуация, рассказала в своих воспоминаниях сотрудница наркомата С. Русинова: «Нас с детьми и пожитками в Москве погрузили на пароход, отходящий в Уфу… Самолеты долго не давали отчалить, бомбили и днем, и ночью. Наконец под утро мы все же отплыли… Мы не доехали нескольких километров по реке Белой до Уфы, когда на пароходе пронесся слух: “На катере из Уфы нас едет встречать Байбаков”. Какой же восторг вызвало это известие! Какими бурными объятиями, с радостными и благодарными слезами встретили его женщины, когда он по трапу поднялся на пароход! В Уфе нам было выделено большое здание, которое по распоряжению Байбакова было разделено на маленькие комнаты, отдельные для каждой матери с ребенком. Байбаков лично обошел всех, чтобы убедиться, что все устроены вполне прилично».

После разгрома немецких войск под Москвой военная обстановка значительно улучшилась, и в апреле 1942 года Наркомат нефтяной промышленности СССР вернулся из эвакуации в Москву.

В 1941 году 72 % всей добываемой в СССР нефти приходилось на бакинские нефтепромыслы. Когда началась война, жители Азербайджана ринулись записываться в добровольцы, но… получали бронь. Бесперебойная добыча нефти была здесь важнее массовой мобилизации. И в 1941 году Азербайджан добыл рекордные 23,5 миллиона тонн. Практически вся военная техника — танки, самолеты, суда — заправлялась продуктами из бакинской нефти. Нефтяники работали сутками, недосыпая, получая скудный продовольственный паек. Тех мужчин, что все же ушли на фронт, заменили их жены. «Они не только заменили мужчин, встали на их рабочие места, но и возглавили с истинно женским прилежанием работу цехов и промыслов, — вспоминал Байбаков. — Пять крупных нефтепромыслов из восьми в тресте “Орджоникидзенефть” возглавили женщины: Антонина Бакулина, Медина Везирова, Сурга Гайбова, Сакина Кулиева, Анна Плешко, а в моем родном тресте “Лениннефть” стала руководить промыслом София Крючкина».

Но горючее было нужно и Гитлеру. К началу войны Германия производила лишь около 8–9 миллионов тонн бензина и дизельного топлива, в основном из угля, методом гидрогенизации его под высоким давлением. Своей нефти она практически не имела. Потребность Германии в горючем отчасти восполнялась нефтью из союзной ей Румынии, но этого не хватало. Поэтому германское верховное командование возлагало большие надежды на захват кавказских нефтепромыслов. Еще 3 июля 1941 года начальник Генштаба сухопутных войск Гальдер записал в своем дневнике выступление Гитлера перед генералитетом вермахта: «Пришло время заглянуть вперед. Речь идет об открывшейся возможности завладеть Донбассом и Кавказским нефтяным районом. Для операции на Кавказе потребуются крупные силы, но за нефть следует заплатить любую цену. Тем более что захват Кавказа позволяет оккупировать Иран, оседлать перевалы на ирано-иракской границе».

А за несколько дней до начала войны Геринг, имевший неограниченные полномочия в области «максимального использования обнаруженных запасов и экономических мощностей для нужд Германии», утвердил документ с шифрованным названием «Зеленая папка». В нем, в частности, отмечалось: «Необходимо принять все меры к немедленному использованию оккупированных территорий в интересах Германии. Получить для Германии как можно больше продовольствия и нефти — такова главная экономическая цель кампании».

1 июня 1942 года на совещании штабов группы армий «Юг» Гитлер заявил: «Если я не получу нефть Майкопа и Грозного, я должен покончить с этой войной». А 25 июля немцы начали операцию «Эдельвейс». Она предусматривала вторжение в Закавказье, захват Баку, а затем прорыв на Ближний Восток и в Индию. Группа армий «А» под командованием фельдмаршала Вильгельма Листа обрушилась на Южный фронт советских войск. Уже в первый день наступления немцы прорвали оборону Красной армии. В конце июля — начале августа инициатива в ведении боевых действий на Северном Кавказе полностью принадлежала немецкой армии. Обладая численным превосходством, немецкие корпуса довольно быстро продвигались к Ставрополю, Майкопу и Туапсе. Фашистам удалось с легкостью оккупировать Ставропольский край. Они намеревались развивать наступление на Грозный. Дорога к нефтяным месторождениям была практически открыта.

В один из тех жарких июльских дней 1942 года Байбакова вызвал в Кремль Сталин:

— Товарищ Байбаков, Гитлер рвется на Кавказ. Он объявил, что если не захватит нефть Кавказа, то проиграет войну. Нужно сделать все, чтобы ни одна капля нефти не досталась немцам.

Замнаркома вытянулся по швам. Сталин пристально посмотрел на него:

— Имейте в виду, если вы оставите немцам хоть одну тонну нефти, мы вас расстреляем.

«Я до сих пор помню этот голос, хоть и спокойный, но требовательный, спрашивающий, его глуховатый тембр, твердый кавказский акцент», — описывает эту минуту Байбаков в своей книге «От Сталина до Ельцина».

Сталин не спеша прошелся туда-сюда вдоль стола и после некоторой паузы добавил:

— Но, если вы уничтожите промыслы преждевременно, а немец их так и не захватит, и мы останемся без горючего, мы вас тоже расстреляем.

«Я молчал, думал и, набравшись духу, тихо сказал:

— Но вы мне не оставляете выбора, товарищ Сталин.

Сталин остановился возле меня, медленно поднял руку и слегка постучал по виску:

— Здесь выбор, товарищ Байбаков. Летите. И с Буденным думайте, решайте вопрос на месте».