Этот процесс вызвал политический фурор в ФРГ, хотя гласности была предана лишь очень небольшая часть деятельности Фельфе. В прессе появились яростные нападки на Гелена. Ведущие газеты, такие как «Зюд-дойче цайтунг», «Франкфуртер рундшау» и «Ди цайт», задавали вопрос: как получилось, что бывшие гестаповцы смогли пробраться на высокие посты в БНД — и требовали отставки Гелена. Поднялся шум и в бундестаге, где представители оппозиции выступили с аналогичным требованием. Гелен переживал тревожное время, и однажды наступил момент, когда его отставка казалась неминуемой. Однако на спасение к нему поспешил прийти его старый друг доктор Глобке. Ведомство федерального канцлера выступило с заявлением, в котором говорилось, что «лишь один процент сотрудников БНД ранее служил СД при гитлеровском режиме, причем все они были незаменимыми специалистами, и никто из них не занимал руководящих должностей» — все это было наглым рраньем. Ранее Аденауэр попытался задобрить бундестаг и общественное мнение созданием по подобию Совета Национальной Безопасности США Федерального совета безопасности, возглавляемого видным христианским демократом доктором Генрихом Кроне, бывшим узником нацистского режима. Кроне в ранге министра должен был контролировать деятельность БНД и других спецслужб и инициировать реформы.

Еще до начала суда над Фельфе Гелен стал одной из главных фигур в громком политическом скандале. Понимая, что предстоящий процесс не принесет ему лавров победителя, а скорее наоборот, Гелен стал искать союзников в мире прессы. Редакторы и репортеры всегда недолюбливали его, потому что он на пушечный выстрел не подпускал их к Пуллаху. В 1962 году ведущий немецкий журнал «Дер шпигель» развязал газетную кампанию против министра обороны Франца Йозефа Штрауса. После первых обвинений в коррупции журнал переключился на политическую почву. У Гелена были свои причины для разногласий со Штраусом, который в значительной степени расширил круг полномочий Управления военной разведки своего министерства и не терпел вмешательства Гелена. На враждебное отношение Штрауса начальник БНД отвечал тем же. С другой стороны, эти склоки повлияли на отношения Гелена со своими бывшими помощниками, генерал-майором Герхардом Бесселем и полковником Йозефом Зельмайером, которые стали начальниками управлений Министерства обороны. Говорили, что Бессель стремился занять место Гелена в Пуллахе, и ситуация в 1962 году сложилась так, что он имел все шансы преуспеть в этом стремлении.

Гелен поручил начальнику гамбургского отделения БНД, полковнику Адольфу Вихту, провести негласную встречу с редакторами «Шпигеля», в ходе которой Вихт передал им информацию для нападок на Штрауса. 10 октября 1962 года в журнале появилась статья, разоблачавшая политику Штрауса, направленную на перевооружение бундесвера атомным оружием. Часть сведений можно было классифицировать как секретные, и они явно могли поступить только из правительственных источников. После опубликования статьи Штраус потребовал от Ведомства по охране конституции и полиции принятия срочных мер. Владелец «Шпигеля» Рудольф Аугштайн и несколько его редакторов были арестованы по обвинению в измене. Полиция произвела обыск и выемку документов в редакционных помещениях. Бумаги вывозили грузовиками. Эту полицейскую акцию Штраус предпринял через головы министров внутренних дел и юстиции. В течение двух недель шли переговоры о «локализации» этого дела. Однако Штраус был преисполнен решимости уничтожить всех своих врагов одним ударом.

Вечером 26 октября несколько министров собрались в кабинете Аденауэра. Штраус еще раньше потребовал вызвать Гелена для дачи объяснений, каким образом произошла утечка секретных документов в «Шпигель» через полковника Вихта, который уже был арестован. Пока Штраус обрабатывал восьмидесятидвухлетнего Аденауэра, Гелен ждал в соседней комнате. Штраус утверждал, что Гелен был «соучастником преступления, которое является государственной изменой», и требовал арестовать его и предать суду. Будучи лидером Баварского Христианско-социалистического союза, благодаря которому канцлер опирался на поддержку парламентского большинства, Штраус мог оказать очень серьезное политическое давление. Аденауэр, Христианско-демократический союз которого понес потери на всеобщих выборах в 1961 году, вряд ли мог позволить себе отмахнуться от Штрауса, который к тому же был известен своей настойчивостью и бесцеремонными манерами.

Внезапно Аденауэр повернулся к министру юстиции доктору Штаммбергеру и сказал: «Арестуйте Гелена. Мы должны разобраться до конца в этой интриге». Штамм-бергер ответил, что для ареста начальника германской разведки по обвинению в измене нет достаточных оснований, и отказался выполнить этот приказ. Тем не менее Гелена всю ночь продержали под стражей в резиденции канцлера. Дверь комнаты, где он находился, охраняли полицейские.

Скандал со «Шпигелем» закончился совсем не так, как ожидал Штраус. Пять министров от СвДП (партия свободных демократов), включая министра юстиции, подали в отставку, отказавшись работать вместе со Штраусом. Всех арестованных журналистов освободили и обвинения с них сняли. В конце концов Штраусу самому пришлось подавать в отставку. После этого он больше никогда не входил в состав правительства. Этот скандал и процесс над Фельфе, начавшийся через несколько месяцев, способствовали падению Аденауэра. Через год после неудачной попытки арестовать Гелена он ушел в отставку, а вместе с ним — и доктор Глобке.

Гелен так и не оправился от пережитого им унижения. Безрадостно было и то, что его бывшие друзья Вессель и Зельмайер выступили против него. Его непререкаемый авторитет и безраздельная власть над разведкой после скандала со «Шпигелем» и разоблачения «кротов», проникших в сердце БНД, развеялись как миф. С приходом доктора Людвига Эрхардта, творца «экономического чуда», приведшего Германию к невиданному процветанию, кресло под Геленом зашаталось. Эрхардт не скрывал своего презрения к «грязным шпионским играм». Первое, что он сделал, перебравшись во дворец Шаумбург в Бонне, приказал офицерам связи Гелена, занимавшим там три кабинета, немедленно убираться. При этом он якобы сказал: «Я не могу оставаться с этими парнями под одной крышей». Затем он резко урезал бюджет БНД и создал комиссию для проверки всей структуры геленовской «Организации».

Нет сомнения в том, что Эрхардт намеревался уволить Гелена, однако советники канцлера выразили мнение, что в этот критический период будет невозможно найти равноценной замены шефу БНД. После возведения Берлинской стены отношения ФРГ со своими восточными соседями вступили в опасную фазу. В целом международное положение было тогда крайне напряженным: сорвана Парижская встреча на высшем уровне, затем разразился Карибский ракетный кризис. Через месяц после того как Эрхардт стал канцлером, был убит президент Кеннеди. Главный мотив, которым руководствовался Эрхардт, оставляя Гелена на прежнем посту, изложил новый министр обороны Кай Уве фон Хассель, бывший офицер абвера, который сказал Эрхардту, что разведка НАТО до сих пор в значительной степени полагается на информацию, поступающую из Пуллаха. Он также заверил нового канцлера, что Гелен «будет в дальнейшем вести себя корректно». Гелен остался верен девизу своей семьи: «Никогда не сдаваться!». Но впервые за всю свою долгую карьеру он стал передоверять многие повседневные дела своим заместителям, Воргиц-ки и Вендланду, которые лучше, чем он, умели находить рбщий язык с министерскими чиновниками и начальниками других спецслужб. Сокращение бюджета БНД его не особенно беспокоило. Еще раньше, будучи «любимым генералом канцлера Аденауэра» и опираясь на поддержку доктора Глобке, он нашел альтернативные источники финансирования. На счета БНД без всякой огласки перечисляли деньги ведущие банки и страховые компании, концерны тяжелой промышленности, корпорации по производству стали и вооружений, судостроители, производители автомобилей и крупные коммерческие фирмы. Гелен позаимствовал этот метод финансирования государственной спецслужбы через частное предпринимательство у своего друга Аллена Даллеса.