Оппи тревожила не только перспектива большой войны, его также волновал ядерный терроризм. Когда его спросили на закрытом слушании в сенате, «способны ли три-четыре человека тайно ввезти [атомную] бомбу частями в Нью-Йорк и взорвать весь город», Оппенгеймер четко ответил: «Разумеется, это можно сделать, и люди могут разрушить Нью-Йорк». На вопрос озадаченного сенатора, «какой инструмент нужен, чтобы обнаружить атомную бомбу, спрятанную в городе», Оппенгеймер съязвил: «Отвертка [чтобы вскрыть каждый ящик и каждый чемодан]». Защита от ядерного терроризма отсутствовала и, как подозревал Оппенгеймер, не могла существовать в принципе.

Международный контроль над бомбой, как позже говорил Оппенгеймер на встрече с сотрудниками дипслужбы и офицерами вооруженных сил, «это единственный способ, позволяющий нашей стране сохранять уровень безопасности таким, каким он был до войны. Это — единственный режим, при котором мы способны жить, мирясь с плохими правительствами, новыми открытиями, безответственными государствами, которые возникнут в ближайшие сто лет, не испытывая постоянный страх перед неожиданным применением этого оружия».

В девять часов и тридцать четыре секунды утра 1 июля 1946 года четвертый в истории взрыв атомной бомбы произошел в лагуне атолла Бикини, части Маршалловых островов в акватории Тихого океана. Целый флот списанных судов ВМС всех форм и размеров либо был потоплен, либо подвергся воздействию убийственной радиации. Демонстрацию оружия наблюдала большая группа конгрессменов, журналистов и дипломатов из многих стран, в том числе из Советского Союза. Оппенгеймер, как и другие ученые, получил приглашение, но демонстративно не приехал.

За два месяца до испытаний Оппенгеймер, ощущая нарастающее раздражение, решил не ехать на атолл Бикини. 3 мая 1946 года он направил президенту Трумэну письмо — якобы с целью объяснить мотивы отказа. На самом деле Роберт хотел показать президенту сомнительность его позиции. Он начал с описания «дурных предчувствий», которые разделяли «пусть не все, но очень многие» ученые. После чего с убийственной логикой не оставил от замысла испытаний камня на камне. Если испытания имели своей целью уточнить эффективность атомного оружия в морском бою, то ответ напрашивался сам собой: «Достаточно сбросить атомную бомбу близко к кораблю, даже самому устойчивому, и он будет потоплен». Следовательно, требовалось лишь определить, на каком расстоянии от корабля ее сбрасывать. Ответ на это способны дать элементарные математические расчеты. Испытание запросто могло обойтись в сотню миллионов долларов. «Более полезную информацию можно было бы получить, — объяснил Оппенгеймер, — потратив меньше одного процента от этой суммы».

Если же испытания преследовали цель сбора научных данных о воздействии радиации на морское снаряжение, продукты питания и животных, то эти сведения тоже можно было собрать куда более дешевыми и точными «элементарными методами в лаборатории». Сторонники испытания утверждают, писал Оппенгеймер, что «мы должны быть готовы к вероятной ядерной войне». Если такова настоящая задача испытания, то всем понятно, что «подавляющая эффективность атомного оружия заключается в бомбардировке городов». По сравнению с ней «подробный разбор эффекта поражения ядерным оружием морских судов выглядит мелочным». Наконец, и это было самым горячим контраргументом Оппенгеймера, ученый подверг сомнению «уместность чисто военного испытания атомного оружия в период, когда наши планы по его эффективному удалению из национальных арсеналов делают лишь первые шаги». (Испытание на атолле Бикини проводилось практически одновременно с выступлением Баруха в ООН.)

В конце письма Оппенгеймер написал, что мог бы остаться в составе президентской комиссии для наблюдения за испытаниями на атолле Бикини, но президенту, вероятно, «не понравилось бы, если бы я представил после испытания отчет», критикующий всю затею в принципе. В таких обстоятельствах, говорил Оппенгеймер, для него лучше быть полезным для президента в другой роли.

Если Оппенгеймер надеялся убедить Трумэна отложить или отменить испытания на атолле Бикини, то он ошибся. Вместо того чтобы вникнуть в суть возражений Оппенгеймера, президент вспомнил свою первую встречу с ученым. Оскорбившись, Трумэн отправил письмо исполняющему обязанности госсекретаря Дину Ачесону с краткой резолюцией, в которой назвал Оппенгеймера «ученым-плаксой», жаловавшимся, что его руки испачканы кровью. «Мне кажется, что в этом письме он придумал для себя алиби». Трумэн ничего не понял. На самом деле письмо Оппи было декларацией личной независимости, и это непонимание еще больше восстановило его против президента Соединенных Штатов.

Оппенгеймер преподавал физику в Калтехе, но сердце не лежало к работе. «Я действительно прочитал курс, — потом говорил он, — но даже не могу вспомнить, как это получилось. <…> После большой перемены в виде войны преподавание потеряло свою привлекательность. <…> Меня постоянно окликали и отвлекали от мыслей, потому что я думал не о том». Он и Китти так и не переехали в Пасадену. Китти осталась в Игл-Хилл, Роберт ездил из Беркли в Пасадену и обратно, ночуя раз или два в неделю в гостевом коттедже за домом старых друзей Ричарда и Рут Толмен. Однако звонки из Вашингтона не прекращались, и через несколько месяцев положение стало невыносимым. В конце весны 1946 года в разгар «кочевых» переговоров в Вашингтоне, Нью-Йорке и Лос-Аламосе Оппенгеймер объявил, что осенью возвращается на должность преподавателя в Беркли.

Павшие духом после морального и интеллектуального фиаско с «планом Баруха», Оппенгеймер и Лилиенталь тем не менее продолжали совместную работу. 23 октября ФБР подслушало их обсуждение о том, кого выдвинуть в Комиссию по атомной энергии (КАЭ), учрежденную 1 августа Законом Макмахона. Оппенгеймер сказал новому другу: «Я обязан сделать признание, которое считал неуместным до сегодняшнего вечера: в очень зловещем мире с тех пор, как я встретил вас, я не поддавался печали. Я не могу выразить, Дэйв, насколько я восхищен тем, что вы делаете и насколько ваши действия изменили мой взгляд на весь мир».

Лилиенталь поблагодарил и заметил: «Я думаю, мы еще поборемся за эту чертовину».

Осенью того же года президент Трумэн назначил Лилиенталя председателем Комиссии по атомной энергии, и тот, выполняя требование конгресса, учредил консультативный комитет по общим вопросам, оказывающий поддержку членам комиссии. Несмотря на неприязнь Трумэна к Оппенгеймеру, «отца атомной бомбы» вряд ли можно было отстранить от работы в комитете. Поэтому, прислушавшись к рекомендациям множества советников, Трумэн назначил членами комитета Оппенгеймера, И. А. Раби, Гленна Сиборга, Энрико Ферми, Джеймса Конанта, Сирила С. Смита, Хартли Роу (консультанта из Лос-Аламоса), Худа Уортингтона (служащего компании «Дюпон») и недавно назначенного ректором Калтеха Ли Дюбриджа. Трумэн позволил этой группе самим выбрать председателя комитета. Когда газеты ошибочно сообщили об избрании на этот пост Конанта, Китти обиженно спросила Роберта, почему выбрали не его. Роберт заверил жену, что это «не главное». В действительности же Дюбридж и Раби потихоньку склоняли других к выбору председателем Оппенгеймера. Когда комитет собрался на свое первое официальное заседание в начале января 1947 года, все было уже решено. Оппенгеймера задержала снежная буря, и он лишь с опозданием узнал, что коллеги единогласно избрали его председателем комитета.

К этому времени Оппи растерял иллюзии относительно и американской, и советской позиции. Обе страны, похоже, ничего не собирались предпринимать для предотвращения гонки ядерных вооружений. Под давлением нарастающего отчаяния и новых обязанностей он начал менять свои взгляды. В январе в Беркли приехал Ханс Бете, и Оппи в ходе нескольких пространных бесед с ним признался, что «потерял всякую надежду на то, что русские согласятся с планом». Позиция СССР оставалась негибкой, их предложение о запрете бомбы, похоже, было нацелено на то, чтобы «немедленно лишить нас единственного оружия, способного остановить продвижение русских в Западную Европу». Бете высказал такое же мнение.