Оппенгеймер отошел от профсоюзной деятельности осенью 1941 года, однако замысел создания профсоюза ученых в лаборатории радиации не умер. Чуть больше года спустя, в начале 1943 года, Росси Ломаниц, Ирвинг Дэвид Фокс, Дэвид Бом, Бернард Питерс и Макс Фридман — все они были учениками Оппенгеймера — действительно вступили в профсоюз (группу FAECT № 25). Примечательно, что обычные в таком случае движущие мотивы отсутствовали. Ломаниц, например, зарабатывал в лаборатории радиации 150 долларов в месяц — в два раза больше прежней зарплаты. На условия труда никто не жаловался. Любой сотрудник лаборатории был готов работать столько часов, сколько позволят. «Нам хотелось сделать театральный жест, — вспоминал Ломаниц. — Задор молодости… <…> Смехотворный предлог для создания профсоюза».

Ломаниц и Вайнберг убедили Фридмана взять на себя роль организатора. «Это был не более, чем титул. Я ничего не делал», — вспоминал он. Однако принципиальную идею создания профсоюза Фридман одобрял. «Отчасти нас тревожило, в каких целях могли использовать атомную бомбу. Это во-первых. Во-вторых, мы считали, что ученые [занятые в проекте бомбы] должны иметь право голоса в отношении того, к чему могут привести их усилия».

Профсоюз быстро привлек внимание офицеров разведки сухопутных войск, следивших за лабораторией радиации, и в августе 1943 года в военное министерство поступило предупреждение о том, что несколько сотрудников лаборатории являются «активными коммунистами». В донесении упоминался и Джо Вайнберг. В приложенной разведсводке говорилось, что группа FAECT № 25 — это «организация, которой управляют члены и сторонники Коммунистической партии». Военный министр Генри Л. Стимсон добавил от себя записку президенту: «Если это немедленно не прекратить, боюсь, ситуация станет угрожающей». Вскоре администрация Рузвельта официально попросила CIO прекратить профсоюзную деятельность в лаборатории Беркли.

Однако к 1943 году Оппенгеймер давным-давно повернулся к профсоюзной организации спиной. Он сделал это не потому, что изменил свои политические взгляды, а просто понял: если не послушать совета Лоуренса, ему не позволят работать над проектом оружия, способного, по его мнению, нанести поражение гитлеровской Германии. Во время стычки по поводу профсоюзной деятельности Оппенгеймера осенью 1941 года Лоуренс обмолвился, что ректор Гарвардского университета Джеймс Б. Конант отчитал его за обсуждение деления атома урана с Оппенгеймером, не имевшим официального допуска к проекту бомбы.

По сути, Оппенгеймер сотрудничал с Лоуренсом с начала 1941 года, когда тот разработал с помощью циклотрона электромагнитный процесс отделения изотопа урана-235 (U-235), который мог пригодиться для создания ядерного взрывного устройства. Оппенгеймер и многие другие ученые были в курсе того, что в октябре 1939 года президент Рузвельт распорядился основать Урановый комитет, координирующий исследование деления атомов урана. Однако к июню 1941 года многие ученые начали беспокоиться, что германское научное сообщество могло продвинуться в области исследования деления урана куда дальше американцев. Осенью того же года Лоуренс, встревоженный отсутствием прогресса в создании прототипа атомной бомбы, написал Комптону и настоял, чтобы Оппенгеймера пригласили на секретное совещание, намеченное на 21 октября 1941 года в лаборатории «Дженерал электрик» в Скенектади, штат Нью-Йорк. «У Оппенгеймера есть важные новые мысли», — писал Лоуренс. Зная, что имя Оппенгеймера ассоциируется с радикальной политикой, Лоуренс написал Комптону отдельную записку со словами: «Я очень доверяю Оппенгеймеру».

Оппи приехал на встречу в Скенектади 21 октября, и его расчеты количества урана-235, необходимого для создания эффективного оружия, составили важную часть заключительно отчета о заседании, отправленного в Вашингтон. Для запуска цепной реакции, считал он, должно хватить ста килограммов. Заседание, на котором присутствовали Конант, Комптон, Лоуренс и небольшая группа других лиц, произвело на Оппенгеймера глубокое впечатление. Павший духом после новостей о наступлении фашистов на Москву, Оппенгеймер горел желанием помочь подготовить Америку к грядущей войне. Он завидовал тем коллегам, которые занимались радиолокацией, и «только после первого знакомства с зачаточным проектом по атомной энергии, — свидетельствовал он потом, — я начал видеть, каким образом смогу принести прямую пользу».

Через месяц Оппенгеймер черкнул Лоуренсу записку, уверяя, что с профсоюзной работой покончено: «…никаких трудностей [с профсоюзами] больше не возникнет. <…> Я говорил не со всеми участниками, но все, с кем я говорил, с нами согласны, так что можешь об этом больше не вспоминать».

Однако, даже оборвав связи с профсоюзами, Оппенгеймер не удержался, чтобы той же осенью не сделать жесткое публичное заявление в защиту гражданских свобод. На другой стороне континента нью-йоркский политик, член сената штата Ф. Р. Кудерт-младший воспользовался должностью сопредседателя Нью-Йоркского объединенного законодательного комитета по расследованию государственной образовательной системы для развязывания громкой «охоты на ведьм» против мнимых подрывных элементов в государственных университетах штата Нью-Йорк. К сентябрю 1941 года один только Городской колледж Нью-Йорка уволил двадцать восемь преподавателей, часть которых состояла в учительском профсоюзе — том самом, в который Оппенгеймер вступил в Беркли. Американский комитет по защите демократии и свободы мысли (ACDIF), в котором Оппенгеймер тоже состоял, опубликовал заявление, осуждающее увольнения. В ответ сенатор Кудерт обвинил ACDIF в связях с коммунистами. Поддержку нападкам Кудерта оказала «Нью-Йорк таймс».

Оппенгеймер вломился в эти политические джунгли с категорическим протестом. Его датированное 13 октября 1941 года письмо сочетало в себе вежливость тона, остроумие, иронию и язвительный сарказм. Оппенгеймер напомнил сенатору, что поправки к конституции гарантировали не только свободу взглядов, пусть даже радикальных, но и право выражать эти взгляды устно или письменно на условиях «анонимности». Действия «учителей, будь то коммунисты или сочувствующие коммунистам, заключались в проведении собраний, выражении своих взглядов и их публикации (нередко анонимной), то есть такие действия защищены поправками к конституции», — писал он. И напоследок бросил вызов, заметив: «Ваше заявление с его ханжескими уловками и нападками на красных окончательно убедило меня, что слухи, ходящие о фальшивом подобострастии, запугивании и фанаберии, царящих в комитете, председателем которого вы являетесь, истинная правда».

В конце 30-х годов прошлого века Оппенгеймер находился в гуще событий, где и желал быть. «Что бы ни случалось, — говорил Кеймен, — достаточно было прийти к Оппенгеймеру и рассказать ему, в чем дело. Подумав, он давал объяснение. Оппи был официальным объяснялой». И вдруг в начале 1941 года у Оппенгеймера появились основания подозревать, что его отодвигают в сторону. «Ни с того ни с сего, — говорил Кеймен, — все перестали с ним разговаривать. Он выпал из круга. Происходили какие-то крупные события, однако он не мог уловить их суть. И поэтому все больше и больше раздражался. Лоуренс тоже очень волновался, чувствуя, что Оппенгеймер рано или поздно догадается о происходящем, так что с точки зрения безопасности делать из него постороннего не имело смысла. Такого человека лучше было иметь на своей стороне. Допускаю, что так оно и случилось. Они, должно быть, решили: за ним проще следить в рамках проекта, чем вне его».

В субботу 6 декабря 1941 года Оппенгеймер присутствовал на вечере сбора средств для ветеранов гражданской войны в Испании. Он потом свидетельствовал, что на следующий день, услышав о внезапном нападении Японии на Перл-Харбор, решил: «Мне поднадоела тема Испании, в мире происходило много других, более насущных кризисов».