Паш потом засвидетельствовал: он и его коллеги «знали» о том, что Джо передавал технические сведения и графики проекта Стиву Нельсону. Поначалу расследование сосредоточилось на Ломанице, потому что Паш получил информацию о членстве ученого в Коммунистической партии. К Ломаницу приставили «хвост»; в июне 1943 года он был замечен стоящим у ворот Сатер с группой друзей. Они позировали, обняв друг друга за плечи, перед фотографом, который делал снимки студентов за деньги. Когда фотограф закончил фотосъемку, агент подошел к нему и выкупил негатив. Друзей Ломаница быстро опознали как Джо Вайнберга, Дэвида Бома и Макса Фридмана. Все они были учениками Оппи. С этого момента на молодых ученых поставили клеймо подрывных элементов.

Подполковник Паш в своих свидетельских показаниях сообщил, что его следователи «в первую очередь установили, что эти четверо часто проводили время вместе». Не раскрывая «методов следствия и порядка действий», Паш объяснил, что «у нас имелись, с одной стороны, неустановленная личность и, с другой стороны, фотография. Сделав проверку, мы окончательно убедились, что под именем Джо скрывался Джозеф Вайнберг».

Паш не сомневался, что наткнулся на хорошо замаскированное гнездо коварных советских шпионов, и полагал, что для его разгрома хороши любые средства. В июле 1943 года оперативный отдел ФБР в Сан-Франциско сообщил, что Паш намерен похитить Ломаница, Вайнберга, Бома и Фридмана, вывезти их в море на катере и допросить «на русский манер». ФБР указывало, что добытые таким способом сведения будут неприемлемы для суда, «но, очевидно, Паш и не собирался отдавать кого-либо под суд после допроса». ФБР решило, что это уже слишком: «Было оказано давление с тем, чтобы предотвратить подобные действия».

Тем не менее Паш усилил наблюдение за Нельсоном. Еще до того, как в доме Нельсона появились «жучки» ФБР, Бюро установило тайный микрофон в его рабочем кабинете. Подслушанные разговоры наводили на мысль, что Нельсон методически собирал информацию о лаборатории радиации в Беркли среди молодых физиков, симпатизировавших военным усилиям Советского Союза. Еще в октябре 1942 года ФБР перехватило разговор Нельсона с Ллойдом Леманом, организатором Коммунистического союза молодежи, который тоже работал в лаборатории: «Леман сообщил Нельсону о разработке очень важного оружия и о том, что он участвует в научных исследованиях с целью его создания. Нельсон спросил, знает ли Опп. [Оппенгеймер], что Леман член КСМ, и добавил: Опп. слишком “менжуется”. Нельсон заявил, что Опп. одно время активно работал в партии, но потом перестал, и еще сказал, что правительство оставило Опп. в покое благодаря его способностям в научной сфере». Заметив, что Оппенгеймер работал в «учительском комитете», имея в виду профсоюз учителей, и Комитете помощи Испании, Нельсон с сухой иронией пояснил: «Он не сможет утаить свое прошлое».

Весной 1943 года, когда Дэвид Бом попытался написать свою диссертацию о столкновении протонов и дейтронов, на его научную работу неожиданно наложили гриф «секретно». Так как у него не было секретного допуска, собственные рукописные записи Бома с расчетами рассеяния конфисковали, официально объявив, что он отстранен от написания диссертации. Бом пожаловался Оппенгеймеру, и тот написал письмо, удостоверяющее, что его ученик тем не менее выполнил все условия, предъявляемые диссертанту. На этом основании Бому в июне 1943 года присвоили степень доктора наук. Хотя Оппенгеймер лично ходатайствовал о переводе Бома в Лос-Аламос, армейская служба безопасности наотрез отказалась выдать допуск молодому ученому. Оппенгеймеру сообщили, что у Бома оставались родственники в Германии и поэтому ему нельзя доверять особые задания. Это было вранье — на самом деле Бома не допустили в Лос-Аламос из-за связей с Вайнбергом. До окончания войны Бом работал в лаборатории радиации, где изучал поведение различных видов плазмы.

Хотя Бома не допустили к участию в Манхэттенском проекте, он все же не потерял работу физика. Ломаницу и некоторым другим повезло меньше. Вскоре после того, как Эрнест Лоуренс назначил его координатором связей между лабораторией радиации и заводом в Оук-Ридже, Ломаниц получил повестку о призыве в сухопутные войска. И Лоуренс, и Оппенгеймер пытались заступиться за ученого, но у них ничего не вышло. Остаток военных лет Ломаниц провел в различных лагерях Сухопутных войск США на территории штата.

Макса Фридмана вызвали на ковер и выгнали из лаборатории радиации. Одно время он преподавал физику в Вайомингском университете, а перед окончанием войны Фил Моррисон устроил его на работу в чикагскую металлургическую лабораторию. Однако служба безопасности добралась до него и там — через полгода он был уволен. После войны, когда его имя попало в списки потенциальных атомных шпионов Комиссии по расследованию антиамериканской деятельности, Фридман не мог найти никакой работы, кроме преподавания в Университете Пуэрто-Рико. Как и Ломаниц, Фридман участвовал в попытках организации профсоюза в лаборатории радиации по заданию группы FAECT № 25. Офицеры армейской контрразведки расценили эти действия как подрывные и, недолго думая, решили избавиться от Ломаница и Фридмана.

Вайнберга взяли под плотное наблюдение, и, когда не удалось найти новых улик, изобличающих его в шпионаже, его тоже призвали в армию и отправили в дальний гарнизон на Аляске.

Незадолго до отъезда в Лос-Аламос Оппенгеймер позвонил Стиву Нельсону и попросил его о встрече в ресторане. Они встретились в обеденный час в закусочной на главной улице Беркли. «Он был возбужден до состояния нервозности», — писал потом Нельсон. За большой кружкой кофе Роберт сказал: «Я просто хотел попрощаться… и надеюсь, что еще увижу тебя после окончания войны». Он не мог рассказать, куда уезжает, но объяснил, что это связано с военными нуждами. Нельсон лишь поинтересовался, возьмет ли он Китти с собой, после чего друзья поболтали о военных новостях. На прощание Роберт высказал сожаление, что испанские республиканцы не смогли продержаться подольше, «чтобы мы похоронили Франко и Гитлера в одной могиле». В своих мемуарах Нельсон написал, что больше не видел Оппенгеймера, «потому что связь Роберта с партией по меньшей мере была зыбкой». 

Жизнь человека может в корне изменить один-единственный малый эпизод. В жизни Оппенгеймера такое событие произошло зимой 1942–1943 года на кухне его дома в Игл-Хилл. Между ним и другом состоялся короткий разговор. Однако сказанное и позиция, занятая Оппи, определили ход его жизни, что вызывает невольные сравнения с классическими трагедиями Древней Греции и Шекспиром. Этот инцидент получил название «дела Шевалье» и со временем приобрел черты «Расёмона», кинофильма Акиры Куросавы 1951 года, в котором одно и то же событие было показано с точки зрения разных персонажей.

Готовясь к отъезду из Беркли, Оппенгеймеры пригласили Шевалье с женой домой на дружеский ужин. Они считали Хокона и Барбару близкими друзьями и хотели попрощаться с ними отдельно. Когда Шевалье приехали, Оппи отправился на кухню приготовить мартини. Хок увязался за ним и передал на словах суть недавней беседы с общим знакомым Джорджем Ч. Элтентоном, английским физиком, окончившим Кембридж и работавшим в нефтяной компании «Шелл».

Что в точности говорил каждый из них, история умалчивает. К тому же оба не сделали каких-либо записей непосредственно после разговора. В тот момент ни один ни другой, похоже, не посчитали беседу такой уж важной, хотя темой для нее послужило возмутительное предложение. По словам Шевалье, Элтентон уговорил его спросить у Оппенгеймера, не согласится ли тот передавать информацию о своей научной работе одному дипломату, сотруднику советского консульства в Сан-Франциско.