Несмотря на личные встречи с Рузвельтом и Черчиллем весной и летом 1944 года, Бор не смог убедить ни одного из лидеров в недальновидности англо-американской монополии на ядерные исследования. Гровс позднее сказал Оппенгеймеру, что Бор «временами был шилом в одном месте у всех, кто с ним имел дело, — возможно, из-за слишком большого ума». Как ни странно, снижение влияния Бора на политическое руководство сопровождалось ростом его авторитета среди физиков Лос-Аламоса. В который раз Бор был богом, а Оппи — его пророком.

Бор приехал в Лос-Аламос в декабре 1943 года, встревоженный встречей с Гейзенбергом, на которой узнал о перспективе создания бомбы немцами. А весной покинул Лос-Аламос в уверенности, что, по сведениям разведки, немцы скорее всего не имели эффективной программы создания бомбы. «Судя по утечкам информации о деятельности немецких ученых, — заметил он, — практически нет никаких сомнений в том, что страны оси не достигли существенного прогресса». Если уж Бор был убежден, то Оппенгеймер и подавно должен был понять, что немецкие физики, скорее всего, намного отстали от американцев. По свидетельству Дэвида Хокинса, генерал Гровс в конце 1943 года передал Оппенгеймеру, что немецкий источник недавно сообщил о прекращении немцами первоначальной программы разработки атомной бомбы. Гровс подчеркнул, что эти сведения трудно проверить — источник мог подбросить дезинформацию. Оппенгеймер лишь пожал плечами в ответ. Хокинс запомнил свои мысли на этот счет: слишком поздно, люди в Лос-Аламосе были «полны решимости создать бомбу независимо от успеха или неуспеха немцев». 

Оппи всегда был на виду. Разъезжал по «холму» в армейском джипе или на своем большом черном «бьюике». Не объявляя заранее, появлялся то в одном, то в другом лабораторном кабинете. Обычно он садился поодаль и, куря сигареты одну за другой, молча слушал обсуждения. Его присутствие буквально электризовало людей, побуждая их удваивать усилия. Викки Вайскопфа поражала способность шефа появляться в аккурат к очередному прорыву. «Он всегда находился в лаборатории или конференц-зале, когда производились измерения нового эффекта или рождалась новая мысль. Нельзя сказать, что он вносил много идей или предложений. Он иногда это делал, однако его главное влияние заключалось в постоянном, внимательном присутствии, вызывавшем у всех ощущение прямого участия». Ханс Бете запомнил день, когда Оппи заглянул на совещание металлургов и стал слушать сбивчивые дебаты о том, какой тип огнеупорной емкости следовало выбрать для плавки плутония. Выслушав споры, Оппи подвел итог. Он не предложил окончательное решение сам, однако к тому времени, когда покинул помещение, ответ стал ясен сам по себе.

А вот визиты генерала Гровса неизменно вносили сумятицу. Однажды Оппи привел Гровса в лабораторию, и генерал со своим немалым весом наступил на один из трех резиновых шлангов, подающих горячую воду в корпус насоса. Как рассказывал Макаллистер Халл историку Чарлзу Торпу: «Шланг оторвался от стенки, и в помещение ударила струя горячей воды — почти кипятка. Если вы видели фигуру Гровса на фото, то поймете, какое препятствие струя встретила на своем пути». Оппенгеймер глянул на промокшего генерала и пошутил: «Вот вам доказательство несжимаемости воды».

Подчас вмешательство Оппи коренным образом содействовало успеху проекта. Он быстро понял, что главным тормозом создания пригодного к использованию оружия выступали скудные поставки делящегося материала, и поэтому постоянно искал пути ускорения производства таких материалов. В начале 1943 года Гровс и исполнительный комитет S-1 приняли решение вырабатывать обогащенный уран для лаборатории в Лос-Аламосе методом газовой диффузии и электромагнитного разделения изотопов. На тот момент еще одна технология — жидкая термодиффузия — была отвергнута как трудноосуществимая. Однако весной 1944 года Оппенгеймер, прочитав составленные год назад отчеты о жидкой термодиффузии, решил, что отказ от нее был ошибкой. Он считал, что эта технология представляла собой относительно недорогой способ получения обогащенного урана для последующей электромагнитной обработки. Поэтому в апреле 1944 года написал Гровсу, предлагая использовать жидкую термодиффузию как временную меру. Эта технология позволяла получать частично обогащенный уран для электромагнитной диффузионной установки, ускоряя тем самым производство делящегося материала. Оппенгеймер писал: «Я рассчитываю, что производительность [электромагнитной] установки Y-12 можно увеличить на 30–40 процентов, немного улучшив обогащение, что на несколько месяцев опередит сроки, запланированные для К-25 [установки для газовой диффузии]».

Продержав у себя рекомендацию Оппи целый месяц, Гровс дал добро. Установка была спешно построена и к весне 1945 года произвела достаточное количество частично обогащенного урана, чтобы к концу июля 1945 года делящегося материала хватило на одну бомбу.

Оппенгеймер всегда верил в «пушечную» конструкцию бомбы, при которой болванка из делящегося материала выстреливалась в мишень из дополнительного количества такого же материала, создавая критическую массу и ядерный взрыв. Однако весной 1944 года возник кризис, грозивший полностью сорвать все планы по конструированию плутониевой бомбы. Несмотря на то что Оппенгеймер разрешил Сету Неддермейеру проводить опыты по разработке имплозивного ядерного заряда — обложенной взрывателями сферы из делящегося материала, которую было бы можно мгновенно сжать до получения критической массы, — он всегда полагал, что для плутониевой бомбы больше походит обычная пушечная конструкция. В июле 1944 года опыты, произведенные с первыми небольшими количествами плутония, однако, показали, что пушечная конструкция не позволит создать эффективную плутониевую бомбу. Более того — любая такая попытка неизбежно привела бы к катастрофическому преждевременному взрыву внутри «пушечного ствола».

Одно из решений предлагало увеличить сепарацию плутониевых изотопов, чтобы сделать элемент более устойчивым. «Можно было бы отделить плохие изотопы плутония от хороших, — объяснял Джон Мэнли, — но это потребовало бы дублирования всех действий, предпринятых для сепарации изотопов урана, включая строительство новых больших установок. На это элементарно не было времени. Оставалось забыть об изобретении цепной реакции, дающей плутоний, и потраченных комплексом в Хэнфорде [штат Вашингтон] усилиях и времени, если только кто-нибудь не придумал бы способ, как расположить плутоний таким образом, чтобы сделать из него взрывной заряд».

Семнадцатого июля 1944 года Оппенгеймер с целью разрешения кризиса созвал в Чикаго совещание с участием Гровса, Конанта, Ферми и других. Конант настоятельно советовал удовлетвориться созданием низкоэффективной бомбы имплозивного типа из смеси урана и плутония. Такое оружие имело бы тротиловый эквивалент всего лишь в несколько сотен тонн. Лишь тщательно протестировав такое оружие, можно уверенно переходить к созданию более мощной бомбы, утверждал Конант.

Оппенгеймер выступил против этой идеи, потому что она вызвала бы значительные проволочки. Хотя поначалу он скептически отнесся к предложенной Сербером идее имплозивного взрыва, теперь предложил бросить все силы на создание плутониевой бомбы имплозивного типа. Это был смелый, рискованный и блестящий шаг. С весны 1943 года, когда Сет Неддермейер добровольно вызвался проверить идею на практике, он мало в чем преуспел. Однако осенью 1943 года Оппенгеймер привез в Лос-Аламос принстонского математика Джона фон Неймана, и тот рассчитал, что имплозия — по крайней мере, теоретически — была возможна. Оппенгеймер решил рискнуть.