Лекции Сербера была уготована долгая жизнь. Пользуясь тезисами Сербера, Эд Кондон отпечатал на пишущей машинке обзорную лекцию на двадцати четырех страницах. Ее размножили на мимеографе и переплели в брошюру под названием «Лос-Аламосский букварь», которую выдавали новоприбывшим ученым. На лекции Сербера побывал Энрико Ферми, после чего сказал Оппенгеймеру: «Я вижу, что ваши люди горят желанием сделать бомбу». Оппенгеймер заметил налет удивления в высказывании Ферми. Коллега только-только приехал из Чикаго, где среди ученых наблюдалась странная покорность судьбе, в то время как в лаборатории Оппи царили возбуждение и приподнятость. Все — хоть в Лос-Аламосе, хоть в Чикаго — считали, что бомбу, если ее вообще возможно создать, первыми сделают немцы. Но в отличие от Чикаго, где этот вывод вызывал у ведущих ученых тревогу и угнетенность, в Лос-Аламосе под ненавязчивым руководством Оппенгеймера это понимание, казалось, лишь подгоняло людей на трудном пути.

Однажды Ферми отвел Оппенгеймера в сторону и предложил новый способ массового истребления немцев. Продукты радиоактивного распада, предположил он, можно было бы использовать для отравления продовольственных ресурсов. Оппенгеймер отнесся к идее серьезно. Попросив Ферми больше ни с кем ее не обсуждать, Оппенгеймер доложил о предложении генералу Гровсу, а потом обсудил его с Эдвардом Теллером. Теллер якобы ответил, что в ядерном реакторе во время цепной реакции можно выделить стронций-90. Однако в мае 1943 года Оппенгеймер рекомендовал приостановить работу над предложением, причем по шокирующей причине. «Работу в этом направлении, — писал он Ферми, — мне кажется, не стоит даже начинать, если мы не сможем отравить достаточно продовольствия, чтобы погубить хотя бы полмиллиона немцев, потому что из-за неравномерности распространения действительное число пораженных, несомненно, окажется намного ниже». От идеи отказались, но лишь потому, что она не гарантировала уничтожения населения противника в достаточном количестве.

Война побуждала порядочных мужчин выдвигать прежде недопустимые идеи. В конце октября 1942 года Оппенгеймер получил конверт со штампом «секретно» от старого друга и соратника Виктора Вайскопфа, который сообщал ужасную новость, полученную в письме от живущего в Принстоне физика Вольфганга Паули. Паули писал, что его бывший немецкий коллега, нобелевский лауреат, физик Вернер Гейзенберг, был назначен директором Института кайзера Вильгельма, центра ядерных исследований в Берлине. Кроме того, Паули узнал, что Гейзенберг планировал выступить с лекцией в Швейцарии. Вайскопф обсудил событие с Хансом Бете, и оба пришли к одному и тому же выводу — надо было что-то делать. «Я считаю, — писал Вайскопф Оппенгеймеру, — что лучше всего организовать похищение Гейзенберга в Швейцарии. Именно так поступили бы немцы, если, скажем, вы или Бете приехали бы в Швейцарию». Вайскопф даже вызвался добровольно участвовать в такой операции.

Оппенгеймер без промедления ответил, поблагодарив Вайскопфа за «интересное» письмо. Он сообщил, что уже слышал о предстоящем визите Гейзенберга в Швейцарию и обсудил вопрос с «надлежащими властями» в Вашингтоне. «Вряд ли вы услышите об этом что-либо еще, тем не менее я хотел бы поблагодарить вас и заверить, что делу будет оказано должное внимание». «Надлежащие власти», с которыми Оппи действительно успел переговорить еще до получения письма, были представлены Ванневаром Бушем и Лесли Гровсом. Им же Роберт отдал письмо Вайскопфа. При этом он высказался против предложения, так как похищение Гейзенберга, даже если бы оно удалось, показало бы нацистам, какое большое значение союзники на самом деле придавали ядерным исследованиям. С другой стороны, Оппенгеймер не удержался и сказал Бушу, что «намеченный визит Гейзенберга в Швейцарию предоставляет нам неординарную возможность».

Много позже Гровс всерьез вернулся к идее похищения или убийства Гейзенберга. В 1944 году он отправил агента Управления стратегических служб Морриса Берга в Швейцарию, где в декабре того же года бывший игрок в бейсбол следил за немецким физиком, но в итоге не решился совершить покушение.

Первый настоящий административный кризис разразился в самом начале весны. Получив «добро» от генерала Гровса, Оппенгеймер назначил своим заместителем бывшего геттингенского однокурсника Эдварда У. Кондона. Кондон должен был освободить Оппенгеймера от части административной нагрузки и служить связующим звеном с начальником военного гарнизона Лос-Аламоса. Кондон, блестящий физик и опытный руководитель лаборатории, был на два года старше Оппи. Получив степень доктора наук в Беркли в 1926 году, Кондон продолжил образование постдоком в Геттингене и Мюнхене. Потом десять лет преподавал в нескольких университетах, в том числе в Принстоне, и опубликовал первый учебник квантовой физики на английском языке. В 1937 году он покинул Принстон и стал заместителем директора по науке в «Вестингауз электрик компани», крупном промышленном научно-исследовательском центре. В течение нескольких лет он заведовал в этой компании исследованиями в области ядерной физики и микроволновых радаров. К осени 1940 года Кондон переключился на военные проекты — в основном радиолокацию — в радиационной лаборатории МТИ. Короче говоря, если смотреть на заслуги, то для управления лабораторией в Лос-Аламосе у Кондона имелось куда больше опыта, чем у Оппи.

В 1930-е годы Кондон был не так политически активен, как Оппенгеймер, и уж совершенно точно не имел никаких связей с Коммунистической партией. Он считал себя либеральным сторонником «Нового курса», верным демократом и голосовал за Франклина Рузвельта. Выросший в семье квакеров, Кондон однажды сказал другу: «Я присоединюсь к любой организации, преследующей благородные цели. И мне нет дела, состоят ли в ней коммунисты». Как идеалист и поборник гражданских свобод, Кондон верил, что добротная наука не может существовать без свободного обмена идеями, и рьяно выступал за поддержание регулярных контактов между физиками Лос-Аламоса и других лабораторий страны. Такие действия неизбежно навлекли гнев генерала Гровса, то и дело получавшего от своих подчиненных в погонах доклады о нарушениях режима секретности. «Для меня ограничение доступа к сведениям за пределами своей сферы, — повторял Гровс, — является ключом к соблюдению секретности».

В конце апреля 1943 года Гровс с негодованием узнал, что Оппенгеймер ездил в Чикагский университет, где обсуждал график производства плутония с заведующим металлургической лабораторией (метлабом) Манхэттенского проекта, физиком Артуром Комптоном. Но в грубом нарушении режима секретности генерал обвинил Кондона. Прибыв в Лос-Аламос, генерал ворвался в кабинет Оппенгеймера и обрушил на него и его зама поток упреков. Кондон отстаивал свою позицию, однако, к своему удивлению, заметил, что Оппенгеймер его не поддерживает. Не прошло и недели, как Кондон подал рапорт об увольнении. Он рассчитывал работать над проектом до самого конца, а получилось, что продержался всего шесть недель.

«Больше всего меня возмущают чрезвычайно жесткие меры безопасности, — писал он в заявлении об уходе. — Я не компетентен судить о разумности этих мер, потому как совершенно не в курсе масштабов вражеского шпионажа и саботажа. Хочу лишь сказать, что на меня чрезмерная озабоченность безопасностью действовала болезненно и угнетающе, особенно разговоры о цензорской проверке писем и телефонных звонков». Кондон был «шокирован настолько, что не поверил своим ушам, когда генерал Гровс принялся отчитывать нас. <…> Я встревожен тем, что эти меры ставят вас в положение, в котором вы пытаетесь выполнить очень трудную работу со связанными за спиной руками…» Если ему и Оппенгеймеру не разрешалось встречаться с таким человеком, как Комптон, не нарушая режим секретности, то «научное состояние проекта безнадежно».