Особое место в жизни и творчестве Мельникова занимало изучение раскола, как "книжное", так и непосредственное наблюдение над жизнью раскольников, с которыми он сталкивался во время поездок по России. Долгое время (с 1847 г.) он был правительственным чиновником, занимавшимся проблемами раскола. Следует обметить, что чиновничья деятельность Мельникова протекала при двух императорах: Николае I, с его жестоким отношением к раскольникам, и при Александре II, который либерально относился к ним. Поэтому как чиновник, исполняющий государственные поручения, Мельников, вероятно, и не был последователен. Однако следует более внимательно отнестись к суждениям Н. С. Лескова, который также выполнял государственные поручения, связанные с изучением проблем раскольников, "…я по части раскола, – писал Н. С. Лесков, – представлял собою по преимуществу человека той самой школы, которою "политиканы" называли "мельниковскою", но которую, по справедливости, можно бы назвать историческою, научною" [10]. В революционно-демократических кругах раскольников пытались представить как оппозицию к существующей власти. Суть взглядов Мельникова (как и Лескова) состояла в том, что "раскол не на политике висит, а на вере и привычке". "Мельникову, – замечает Лесков, – а после и мне поставили в вину, что мы писали иначе, и на нас тогда было ожесточенное гонение, которое долго было в большой моде, и к этому ополчению охотно приставали многие собственно никогда раскола не изучавшие… Словом, я нес одинаковое с Мельниковым отвержение, но у меня было и свое разногласие с Павлом Ивановичем: мне не нравилось и не казалось справедливым его обыкновение относиться к чувствам староверов слишком по-чепурински, как говорится – "с кондачка". Приведите себе на память Патапа Максимовича Чепурина (в "Лесах" и "На горах"), который "как начнет про скитское житье рассказывать, то так разговорится, что женский пол вон да вон". В мельниковском превосходном знании раскола была неприятная чиновничья насмешливость, и когда эта черта резко выступила в рассказе "Гриша", я возразил моему учителю в статейке, которая была напечатана, и Павел Иванович за нее на меня рассердился" [11].

Проблемы раскола, характера русского человека древлего благочестия лежат в основе дилогии Печерского "В лесах" и "На горах". Дилогия Мельникова, разворачивающаяся в 1840–1850 годах, создана в 1870 г., и это во многом определяет основные темы и проблемы книги, ее художественное своеобразие. Проблема семьи.(как дворянской, так и купеческой, крестьянской), вернее разрушения семейных отношений, становится центральной в русской литературе. Об этом свидетельствуют появления таких романов как "Анна Каренина" Л. Н. Толстого, "Подросток" и "Братья Карамазовы" Ф. М. Достоевского, "Господа Головлевы" М. Е. Щедрина, "Захудалый род" Н. С. Лескова, и многое другое. В основу сюжета дилогии Мельникова-Печерского положены события, происходящие в двух семействах – Патапа Максимыча Чапурина ("В лесах") и Марко Данилыча Смолокурова ("На горах"). Судьбы этих семейств тесным образом связаны с множеством иных: Лохматых, Залетовых, Колышкиных, Заплатиных и др. Это создает масштабную, обобщенную картину особого мира русского человека (старообрядца), доселе обойденную вниманием писателями XIX в.

Изображая вторую половину 40-х – начало 50-х годов, Мельников-Печерский видит в этом времени зарождение явлений и закономерностей, которые особенно болезненно обозначились в 70-е годы: уязвимость семьи, человеческих взаимоотношений в эпоху господства "тельца златого". Недаром Алексею Лохматому везде слышатся одни и те же речи: "деньги, барыши, выгодные сделки. Всяк хвалится прибылью, пуще смертного греха боится убыли, а неправедной наживы ни един человек в грех не ставит". Мать Манефа в беседе с рогожским послом определяет свое время еще строже: "Ныне, друг мой Василий Борисыч, ревностных-то по Бозе людей мало – шатость по народу пошла… на Богу, мамоне всяк больше служит, не о душе, о кармане больше радеют… Воистину, как древле Израиль в Синайской пустыне – "Сотвориша тельца из злата литого и рекоша: сей есть бог"". Вторит ей и Василь Борисыч: "Ваше же слово молвлю: мамоне служат, златому тельцу поклоняются… про них в Писании сказано: "Бог их – чрево"".

Служение мамоне рушит и мир семьи: в скитах оказывается Матрена Максимовна Чапурина (мать Манефа), выросла рядом с матерью, не ведая об этом, а затем пострижена против воли дочь Манефы Фленушка, мучает из-за денег свою жену Алексей Лохматый, а еще раньше губит Настю Чапурину, чем практически разрушает и надежды на счастливую будущность чапуринской семьи. Очень важен один нюанс в изображении Чапуриных: не от изначальной безнравственности ломается судьба Манефы, а от экономической, в сущности, причины (нежелания отца выдать дочь за бедного Стуколова), так же как не расчет сводит Настю с Алексеем. Трусость Алексея, изменяющая отношение к нему Насти, вызвана не только качествами его характера, но и полной уверенностью в невозможности счастья с Настей из-за экономического неравенства в положении его семьи и Чапуриных. В конце концов нравственная гибель всей семьи Лохматых и физическая гибель самого Алексея определяется также пришедшими им в руки "бешеными", "легкими" деньгами. Боязнь лишиться половины капитала заставляет Смолокурова долго бороться с собой, с самыми темными своими мыслями при известии о возможности спасти из татарского плена брата. Капитал чуть не превращает в жертву сектантов и Дуню Смолокурову.

Кончается эпопея отнюдь не идеализацией хороших и честных купцов и их счастливых семей. Кроме описанного в финале разорения скитов, в романе звучит и другая тревожная нота, созвучная духу пореформенного времени: закончен торг, разъезжаются от Макария купцы, кто-то служит благодарственные молебны, а кто-то "прощается" с Главным домом ярмарки.

Можно предполагать, что падение нравов, описанное в конце эпопеи, имеет своим началом, с точки зрения автора и его главных героев, причины, появившиеся не вдруг. В начале первой части выведены автором отец и сын Снежковы, "образованное старообрядцы", "что давно появились в столицах, а лет двадцать тому назад стали показываться и в губерниях. Строгие рогожские уставы не смущали их. Не верили они, чтобы в иноземной одежде, в клубах, театрах, маскарадах много было греха". А Данила Тихоныч Снежков, красуясь перед Чапуриным, рассказывает о семье Стужина, опоре рогожских старообрядцев, у которого сыновья "во фраках… щеголяют… в этакой куртке с хвостиками", а дочери на бал едут в декольте, "по-французски так и режут, как есть самые настоящие барышни". Для Чапурина же расшатывание устоев жизни, обычаев, нравственности и веры – явления одного порядка. В одной из бесед с Колышкиным он говорит: "Ум, Сергей Андреич, в том, чтобы жить по добру да по совести и к тому же для людей с пользой". В этих словах Чапурина заключена суть народного понимания основ жизни. Еще в словаре В. И. Даля в определении слова "нрав" сказано, что "ум и нрав слитно образуют дух", т. е. то, без чего (наряду с плотью и душой) нет человека. В чапуринском же понимании ум как раз и выражается в жизни, соответствующей нравственному закону добра и совести. И хотя писатель не скрывает "темных" сторон характера Чапурина (он крут на расправу, своеволен в семье, часто груб, а иной раз разудало весел), сокровенные его мысли перекликаются с услышанными Константином Левиным словами о старике Фоканыче, который "для души живет. Бога помнит". Как ни сложно сопоставлять образы дворянина Левина, размышляющего о жизни Фоканыча, и "темного" купца Чапурина, строй их мыслей определяется именно эпохой 70-х: не растеряться перед нашествием чуждой силы, не потерять в себе человека, найти нравственную опору жизни.