Яги-Сиан бежал из города через ворота Святого Павла, но в дороге упал с коня и был брошен спутниками. Когда он лежал без сил, его нашли армянские крестьяне. Один отрезал ему голову, другие забрали пояс и сабельные ножны.

Все это они принесли в Антиохию и передали за вознаграждение крестоносцам. За драгоценный пояс и ножны они получили по 60 безантов.

Сын Яги-Сиана Шамс ад-Дин пробился в цитадель и возглавил ее оборону с тремя тысячами мусульман. Боэмунд пробовал взять цитадель штурмом, но безуспешно.

Не прошло и трех дней, как к городу 5 июня 1098 г. подошла армия Кербоги, по меньшей мере в два раза превышавшая силы крестоносцев. Городские укрепления не пострадали. Можно было укрыть в городе обоз, небоеспособных женщин и детей, раненых и больных. Первым делом нужно было очистить город от трупов, чтобы не вызвать эпидемии. Священники и женщины вычистили оскверненный собор Святого Петра и церкви, чтобы возобновить в них христианское богослужение. Православный патриарх Иоанн был выпущен из тюрьмы и занял патриарший трон. Никто из крестоносцев, кроме Танкреда, против этого не возражал. Турки не раз во время осады выставляли патриарха в клетке на городской стене, его страдания за веру вызывали жалость и уважение.

Армия Кербоги обложила город со всех сторон. Аноним рассказывает: «На третий день после того, как мы вошли в город, турецкие разведчики появились у стен и их армия стала лагерем у Железного Моста. Они взяли штурмом одну башню [у моста] и убили всех, кто там находился, кроме их начальника, которого мы нашли после великой битвы закованным в цепи. На следующий день языческая армия отправилась в путь, подошла к городу и расположилась между двумя реками, где оставалась два дня». Крестоносцы были выбиты из всех наружных укреплений — из башни на холме Мальрегар, из башни Танкреда и из укрепления Ла Магомерия.

Кербога разделил армию на две части: меньшую оставил на южной стороне перед цитаделью, а с главными силами расположился на севере от города, направо (глядя из города) от укрепленного моста через Оронт, в бывшем лагере крестоносцев. Он сместил сына Яги-Сиана с должности командующего цитаделью и заменил его своим приближенным Ахметом ибн Мерваном.

Тактика осады Кербоги заключалась в следующем: он надежно блокировал со всех сторон крепость и выталкивал крестоносцев из города, постоянно атакуя их из цитадели; причем все время заменял в цитадели раненых и уставших воинов свежими.

«Турки, запертые в цитадели внутри города, не переставали днем и ночью нападать на нас, и лишь наше оружие держало их в отдалении. Наши, чувствуя, что не могут более терпеть эти страдания, ибо те, у кого был хлеб, не могли его съесть, а те, у кого была вода, не могли ее выпить, возвели между турками и нами стену из камней, скрепленных известью… чтобы обеспечить нашу безопасность. Часть турок оставалась в цитадели, чтобы сражаться с нами, другая же часть расположилась в долине возле цитадели», — рассказывает Аноним.

Продовольствия в городе почти не было. Все, что можно было съесть, съели во время долгой осады. Штурм и грабеж продовольствия не прибавили: «Эти святотатцы и враги Господа так крепко заперли нас в Антиохии, что многие из наших воинов умерли от голода. Маленький хлебец стоил безант, что уж говорить о вине. Мы ели и продавали мясо лошадей и ослов; курица стоила пятнадцать су, один орех — денье. Все было так чрезмерно дорого, а голод так велик, что варили и ели листья смоковницы, винограда и репейника. Другие варили и ели сухие шкуры лошадей, верблюдов, быков и буйволов» (Аноним).

При этом приходилось непрерывно сражаться против свежих сил сытых турок из цитадели. Очевидец рассказывает, что можно было иногда видеть, как среди боя кто-нибудь из крестоносцев падал не раненый, а от истощения, и засыпал, и, если его не убивали спящим, проснувшись, снова кидался в сражение.

Не все, однако, были такими мужественными. Начались бегства из города. Обычно спускались ночью со стен на веревках и, рискуя быть убитыми или взятыми в плен, старались добраться до гавани Святого Симеона, чтобы сесть на корабль. В городе их называли «веревочными» беглецами. В ночь на 10 июня из города бежал отряд под командой Гийома де Гранмениля и Ламбера де Клермона. Беглецы добрались до гавани Сен-Симеона, объявили, что крестоносцы обречены на гибель, и на кораблях добрались до Тарса. Там они встретили Этьена де Блуа, который, узнав о взятии Антиохии, собирался вернуться, но передумал, напуганный их рассказом. Гийом был женат на сестре Боэмунда, и это придавало паническому сообщению особую достоверность.

Впрочем, вскоре в Сен-Симеон ворвались турки, они подожгли горящими стрелами несколько христианских кораблей, остальные убежали из гавани и принесли на Кипр и в Таре вести о падении Антиохии.

Теперь единственная надежда у крестоносцев в Антиохии была на императора Алексея, который двигался с войсками на помощь крестоносцам. В середине июня в его лагере у Филомелии появились граф де Блуа и Гийом де Гранмениль.

Граф Этьен сообщил о полном разгроме христиан, и василевс, шедший прибрать к рукам завоеванное крестоносцами, немедленно повернул назад. Правда, Анна Комнина пишет, что ее отец долго колебался. На военном совете за продолжение похода на помощь крестоносцам высказался один лишь нормандец на императорской службе, сводный брат Боэмунда Ги. Идти вперед значило поставить на карту судьбу своего государства, и Алексей не мог себе этого позволить. Известие об отступлении императора крайне обозлило паломников. По феодальным законам, не оказав помощь вассалу, Алексей лишался прав суверена, и крестоносцы не раз напомнят ему об этом.

Внезапно по Антиохии пронесся слух, что все князья хотят бежать из города. В дикой панике толпы бросились к воротам, город мог пасть в тот же день. Положение спасли епископ Адемар и Боэмунд, они остановили и успокоили бушевавшие толпы.

В тот же день на военном совете князья назначили Боэмунда на 15 дней главным предводителем войска с неограниченными полномочиями. Это назначение спасло город и христиан. Победить или умереть — другого выбора нет, и лучше умереть на поле боя за Христа, чем в рабстве у неверных, доходчиво объяснил паломникам нормандец.

Твердой рукой он навел порядок: «Увидев, что нельзя было найти людей, чтобы сражаться ночью против цитадели, потому что, закрывшись в домах, одни дрожали от голода, а другие — от страха перед турками, он пришел в большой гнев и приказал поджечь город с той стороны, где находился дворец Яги-Сиана. При виде этого зрелища те, кто находился в городе, покинули свои дома и все свое имущество и обратились в бегство, одни бросились к цитадели, другие к воротам, охраняемым графом де Сен-Жилем, третьи — к воротам герцога Годфрида, каждый к своим войскам. В этот момент поднялась сильная буря с ветром, так что никто не мог устоять на ногах. Мудрый Боэмунд был этим весьма удручен, опасаясь за церкви Святого Петра, Девы Марии и за другие. Эта буря продолжалась с третьего часа [9 часов утра] до середины ночи. Церкви и дома числом до двух тысяч сгорели. Затем бушевавшее пламя угасло» (Аноним).

Голод и чувство обреченности способствовали усилению атмосферы религиозного возбуждения и экзальтации. Последовал ряд пророческих видений, снов и чудес, объяснявшихся как знаки Божьего расположения. В этой атмосфере в окружении графа Тулузского родилось хорошо подготовленное чудо «Святого копья». За всем этим стоял, видимо, хронист-капеллан графа Раймунда Тулузского Раймунд из Агийе.

10 июня к графу де Сен-Жилю пришел бедный провансалец по имени Пьер Бартелеми и попросил разрешения поговорить с ним и с епископом Адемаром. Он рассказал им, что ему были видения, в которых святой апостол Андрей открыл ему, где через пять дней найти величайшую реликвию христианства — копье, которым был пронзен Христос. Адемар не очень-то поверил рассказу. Он, возможно, уже видел в Константинополе такое копье и считал Пьера Бартелеми ненадежным и непорядочным малым, а его рассказ выдумкой. Напротив, благочестивый и доверчивый граф Раймунд воодушевился и пообещал через пять дней присутствовать при поиске копья. Рассказ о Пьере Бартелеми облетел весь город.