Закончившаяся впоследствии смертью болезнь не помешала Варнеру Грайскому после короткого совета с приближенными Готфрида, а также с епископом Рамлы Робером и прежним главой церкви Арнульфом де Ро, с помощью личной охраны Готфрида овладеть цитаделью (Башней Давида). Епископ Робер с двумя рыцарями был тайно послан к Бодуэну сообщить ему о смерти брата и призвать его вступить в наследство. Письмо, видимо, было подготовлено заранее, так как его подписали также несколько рыцарей, находившихся в армии. Это была инициатива лотарингцев и северофранцузов, давних сподвижников Готфрида, не желавших отдавать власть итальянцам и нормандцам. Армия о смерти Готфрида не была извещена.

Армия ушла из Яффы на север, в то время как флот из-за сильного северного ветра оставался у города. В это время в Яффу прибыл гонец, посланный, видимо, сторонниками патриарха, с известием о смерти Готфрида. Венецианец, командующий флотом, немедленно направил три быстроходные галеры известить об этом армию. В армии любили Готфрида, и сообщение привело ее в замешательство. Даимберт не знал, что ему делать — отправиться в Иерусалим или оставаться при армии. Понадеявшись на то, что у лотарингцев нет руководителя, и на завещание Готфрида, патриарх выбрал второе. Танкред предложил не идти к Акре, а с помощью венецианского флота осадить Хайфу, и сам от имени Даимберта направил посланца в Иерусалим, чтобы подготовить цитадель к обороне.

Хайфа была окружена с суши иерусалимской армией, разбившей лагерь на отроге горы Кармель, с моря — венецианской эскадрой, зашедшей в бухту перед гаванью. Небольшой гарнизон и население, в основном еврейское, вооруженное мусульманами, оказало франкам ожесточенное сопротивление. Танкред, узнавший во время осады, что Хайфа обещана Карпенелю, отказался участвовать в боях. Даимберту с большим трудом удалось уговорить его продолжить осаду, пообещав, что «город достанется лучшему». 25 июля, после отчаянного штурма, крестоносцы захватили большую башню и проникли в город. За исключением немногих, сумевших ускользнуть из города, все мусульмане и евреи были перебиты.

Город достался Танкреду, Жальмар Карпенель с лотарингцами был изгнан и отправился в Сент-Авраам (Хеврон), принадлежавший Жерару д 'Авену. В это время в Хайфу прибыл посланец Танкреда, рассказавший, что лотарингцы заняли цитадель (Варнер Грайский умер 23 июля) и отказались передать ее людям патриарха. Даимберт и Танкред пришли к согласию, что нужно вызвать на помощь Боэмунда. Секретарь патриарха был послан с письмом в Антиохию.

В письме Даимберт призывал Боэмунда на помощь, как «Ваш отец приходил на помощь папе Григорию VII, когда германский император [Генрих IV] притеснял его». Боэмунд должен написать Бодуэну Эдесскому и запретить ему приезжать в Иерусалим без разрешения патриарха, а если тот не согласится, силой задержать его. Однако письмо не дошло до адресата.

Секретарь Даимберта с письмом добрался до Латакии и был задержан византийскими властями. Письмо Даимберта, обнаруженное у него, отдали для перевода людям Раймунда. Письмо так возмутило их, что они выдали секретаря византийцам, а письмо позже было передано Бодуэну.

Ситуация, которую застал в Антиохии Боэмунд, возвратившись из Иерусалима, была сложной. Византия с помощью флота отвоевывала Киликию. С юго-востока княжеству угрожали эмир Хомса и Ридван Алеппский, к счастью, не ладившие друг с другом. В будущем можно было ожидать и нападения войск императора с севера.

Боэмунд изгнал греческого патриарха Иоанна Оксита, которого подозревал в симпатиях к императору, тот отправился в Константинополь и там сложил с себя сан. Боэмунд назначил патриархом Антиохии латинца Бернара из Баланса, до этого бывшего епископом в Артахе. Греческие священники, изгнанные из города, избрали нового патриарха, теперь в Антиохии оказалось два патриархата. К желанию возвратить Антиохию у императора добавилось непреклонное стремление восстановить в должности в Антиохии греческого патриарха. Отношения Боэмунда с императором испортились окончательно.

Отразив нападение с востока Ридвана Алеппского, в начале лета Боэмунд дошел с войсками до стен Алеппо и опустошил его окрестности. Уладив дела на востоке и укрепив границу на юге, он обратился на север и осадил принадлежавший Византии Мараш. Город мог быть ценным приобретением, так как прикрывал проход через горы Антитавра из Анатолии на антиохийскую равнину, которым могла воспользоваться византийская армия. Город уже был готов сдаться, когда в начале августа Боэмунда попросил о помощи армянский правитель Мелитены Гавриил.

Уже три лета подряд на Мелитену нападал эмир Каппадокии Данишмендид Малик Гази Гюмюштекин. Ожидалось его нападение и в этом году. Гавриил предложил отдать город Боэмунду, если тому удастся разгромить эмира. Гавриил мог обратиться и к своему соседу Бодуэну Эдесскому, но после происшествия с его зятем Торосом предпочел не иметь с ним дела. Боэмунд же, напротив, пользовался у армян хорошей репутацией и имел среди них многочисленных друзей.

Боэмунд не мог упустить случай овладеть крепостью на анатолийском плато и, сняв осаду с Мараша, в середине лета 1100 г. помчался к Мелитене. Не желая оставлять Антиохию без защиты, он взял с собой только три сотни рыцарей, из которых часть была армянами, и отряд пехоты, своего двоюродного брата Ричарда де Принчипато (Салернского) и армянских епископов Антиохии и Мараша.

Беззаботно поднимаясь в горы, он подвергся внезапному нападению из засады турок Данишмендида Малик Гази. Его отряд был окружен и после ожесточенного боя полностью уничтожен, армянские епископы были убиты, сам Боэмунд вместе с Ричардом взят в плен. Это было неслыханно — в руки разбойничьей ватаги попал тот, кому крестоносцы были обязаны победами над полчищами турок! На другой день после победы Малик Гази подошел к Мелитене и продемонстрировал жителям срубленные головы франков и армян.

Перед тем как попасть в плен, Боэмунд успел послать гонца к Бодуэну со своим кольцом и прядью желтых волос. Собрав войска, Бодуэн пришел в Мелитену и прогнал Малик Гази, но тот уже переправил пленников чуть ли не к Черному морю, в горную крепость Никсар. Приняв присягу Гавриила на верность, Бодуэн вернулся в Эдессу, оставив в Мелитене 40 рыцарей, которые помогли Гавриилу отбиться от эмира Данишмендида.

Может быть, Бодуэн и присоединил бы Антиохию к своим эдесским владениям, но как раз в это время он получил более заманчивое предложение и поспешил в Иерусалим с двумястами всадниками и восемьюстами пехотинцами, оставив графство Эдессу своему родственнику, Бодуэну II дю Бургу. Антиохия же осталась без правителя. Франкам не удалось закрепиться на анатолийском плато. Сухопутная дорога по Анатолии европейским паломникам была перерезана турками.

Отправив из Антиохии морем в Яффу свою жену и придворных дам, чтобы не подвергать их риску сухопутного путешествия, Бодуэн Булонский двинулся в путь. В Латакии Бодуэн встретился с новым папским легатом Морицем, кардиналом-епископом Порто[15], прибывшим вместе с сильным генуэзской флотилией (это была уже вторая флотилия, высланная республикой), и, получив его благословение, двинулся далее на юг. Вскоре к нему поступили сведения, что армия Дукака Дамасского собирается напасть на него по дороге. В Триполи, где новый эмир Факр аль-Мульк из шиитского арабского рода Баню Амаров враждовал с Дукаком, Бодуэн получил продовольствие и свежие сведения о дамасской армии.